בחודשים יוני -יולי 2006 נערכה חפירת בדיקה בכפר מיסר (הרשאה מס' 4829-A*; נ"צ — רי"ח 204189-285/704220-80; רי"י 154189-285/204220-80), בתוואי קו ביוב מתוכנן ובעקבות גילוי עתיקות. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון מועצה אזורית מנשה, נוהלה על ידי כ' סעיד, בהשתתפות ש' יעקב-ג'אם (מנהלה), א' האג'יאן (מדידות), צ' שגיב (צילום) ומ' שויסקיה (ציור כלי חרס).
החפירה נערכה במרכז הכפר (איור 1) בשטח של כ-5 דונם, במפגש בין גבעות יעבד למישור השרון. בתי הכפר הערבי (ח' חמאמה – חורבת היונים בפי תושביו) בנויים בחלקם על יסודות מבנים קדומים. הכפר אינו מופיע במקורות התקופה ובמפקד העות'מאני משנת 1596 ונראה שהוקם במאות הי"ח-הי"ט לסה"נ. שם הכפר נגזר מקבר שייח' מיסר מהתקופה האסלאמית הקדומה. בעבר נערכו כאן כמה חפירות שבהן נחשפו שרידי מבנים, מתקנים חקלאיים ובית מרחץ מהתקופות הרומית והביזנטית (חדשות ארכיאולוגיות 113: 50 –51; הרשאות מס' 3602-A-4787 ;A-3925 ;A).
נפתחו שישה ריבועים והתגלו בהם שתי שכבות (איור 2).
שכבה I
נחשפו ארבעה חדרים ממבנה מגורים. קירות החדר המזרחי (W123 ,W107 ,W106) בנויים מאבני גוויל גדולות ורצפתו עשויה טיח ועפר מהודק (לוקוס 117). הכניסה לחדר השני דרך פתח (0.5 מ' רוחב) בקיר 107. אל קירות החדר (W111 ,W107) ניגשת רצפת טיח (לוקוס 115) שהושתתה על אבני גוויל גדולות והיא מופיעה גם בחדר השלישי (לוקוס 121) שקירותיו (W113 ,W112 ,W111) בנויים אבני גוויל מטויחות בטיח אפור. ממערב לקיר 112 ובמקביל לו נחשף קיר נוסף (W120) התוחם חדר מרוצף באבני גוויל בינוניות (לוקוס 132; איור 3). כ-5.5 מ' מצפון-מערב למבנה נחשף קיר מסיבי (W113), הבנוי שלוש שורות אבני גוויל וניגש אליו ריצוף אבן (לוקוס 129; איור 4). במילוי הקירות ותשתית הרצפות נמצאו שברי קערות מזוגגות (איור 5-1:6), קדרה (איור 6:6) ופכים (איור 9-7:6) מהתקופה העבאסית, המאות הט'-הי' לסה"נ.
שכבה II
לאחר פירוק חלק מרצפת שכבה I (לוקוס 115) נחשף בור עגול (לוקוס 130) שנחצב בסלע הנארי ונראה כי חציבתו הופסקה במפלס סלע פריך מדי (איור 5). חלק מבור חצוב שני (לוקוס 128) נחשף לאחר פירוק רצפה נוספת (לוקוס 117). במילוי הבורות נמצאו שברי קערות (איור 10:6) וקנקנים (איור17-11:6) משלהי התקופה הביזנטית, המאה הז' לסה"נ.
על אף ההיקף המצומצם של החפירה, היא מלמדת מעט על תולדות היישוב בתקופה האסלאמית הקדומה. אבנים וחלקי עמודים מתקופות קדומות שנמצאו בקירות והבורות החצובים בסלע מעידים על יישוב קדום יותר.