שטח 2-A (איור 1): מטרת החפירה היתה להסיר את שכבת מפולת הלבנים (יותר ממטר אחד עובי), שהצטברה על החצר המרוצפת חלוקים שמצפון לארמון, ולבדוק את הקשר שבינה לארמון. החפירה הופסקה כ-0.2 מ' מעל לרצפה ותושלם בעונת 2007.

 

שטח 4-A: בשני מקומות, בצפונו ובדרומו של השטח, נערכה חפירה מתחת ליסודות קירות הארמון הקדום, העוברים מתחת לחצר שממזרח לארמון מתקופת הברונזה המאוחרת (ר' חדשות ארכיאולוגיות 117). התברר שקירות הארמון הקדום מתקופת הברונזה התיכונה מושתתים על קירות מבנים מתקופת הברונזה הקדומה.

 

שטח 5-A (איור 2): חפירת השטח שהחלה בשנת 1999 (ר' חדשות ארכיאולוגיות 111) נסתיימה השנה. נחפר כולו האולם הדרומי-מערבי, אחד משלושה (ארבעה?) אולמות גדולים המהווים מכלול ארכיטקטוני אחד. מצפונו נחפרה כמחציתו של אולם נוסף, המופרד ממנו בקיר עבה. פינתו של עוד אולם אותרה ממזרח לאולם הצפוני, וכמה סימנים מעידים על אולם נוסף, רביעי, ממזרח לאולם שנחפר במלואו.
בניית הקירות התוחמים את האולם  הדרומי-מערבי (6 × 10 מ') אחידה: מסד אבן (כ-1.5 מ' גובה) בדרום ובמערב, מושתת ישר על ראש הסלע הטבעי ועליו קירות לבנים המצופים מבפנים ומבחוץ בלבנים בהירות וחומות כהות ובתווך לבנים או חומר לבנים בצבע חום כהה (כ-3 מ' עובי ממוצע, כ-4 מ' גובה השתמרות ממוצע). מסד האבן ומבנה העל מלבנים מצופים בשכבת טיח. הקיר המערבי השתמר לגובה חמישה מטרים! הקיר הצפוני בנוי בתוך תעלת יסוד החצובה בסלע. הקיר המזרחי מושתת על גבי מילוי נמוך המונח על גבי הסלע הטבעי. 
בין הקיר המזרחי לאולם מפריד קיר דק בנוי לבנים המונחות על בסיס אבן, כך שנוצר תא צר (כ-1.5 × 8.5 מ') שבקצותיו הצפוני והדרומי דרגשים בנויים לבנים. על רצפת התא נמצאה טבלת טין זעירה ועליה כתובת אכדית שעדיין לא פוענחה, אך טבלה כמעט זהה בצורתה נתגלתה בעונת 2000  (IEJ 55; 2005).
בארבעת קירות האולם ובתא שבמזרח לא הובחן פתח ולפיכך נראה שהמערכת כולה הייתה תת-קרקעית.
רצפת האולם עשויה שכבת טיח שהונחה על סלע האם והוחלקה ברוב שטח האולם. שקעים טבעיים על פניו של הסלע מולאו עפר המעורב בממצא קרמי עשיר בן תקופת הברונזה הקדומה 3. במילוי זה התגלה בעונת 2003 חותם גליל מטיפוס ג'מדת נאצר וצלמית טין של חיה בת ארבע רגליים.
מעל לראשי קירות המערכת במערב, בצפון ובמזרח הובחנו שרידי בנייה ובור ובהם קרמיקה: מתקופת הברונזה המאוחרת 1 בבור ומתקופת הברונזה המאוחרת 2 בקטעי מיתקן בנוי אבן וריצוף חלוקים. אלו, וכן מאפייני בניית הלבנים של הקירות, מתארכים את זמן בניית המכלול לכל המאוחר לראשית תקופת הברונזה המאוחרת, וככל הנראה אף מוקדם במעט, לתקופת בנייתה של 'חצור הגדולה', במאות הי"ז-ט"ז לפסה"נ.
כפי שכבר דווח בעונות הקודמות, מולאו האולמות במאה הח' לפסה"נ ועל ראש המילוי נבנו בתי מגורים (חדשות ארכיאולוגיות 115: 5-4; 116: 5-4). כל חומר המילוי מכיל אלפי חרסים מן המאה הח' לפסה"נ, שנמצאו הן על הרצפה הן קרוב לקירות הלבנים.
תפקידו של המכלול לא הוברר עדיין וכן לא ברור כיצד שרדו קירות הלבנים לגובה של כחמישה מטרים, במשך קרוב לאלף שנה – מאז בנייתם ועד שמולא החלל במאה הח' לפסה"נ. 

 

שטח M (איור 3): השטח הורחב דרומה והוא משתרע מן המדרון של העיר העליונה בצפון ועד למטרים ספורים מצפון לשער שלמה בדרום. מטרת החפירות בשטח היתה לבדוק פעם נוספת את שכבות תקופת הברזל באתר ובהמשך לברר את תוכניתו ואת אופיו של המבנה המונומנטלי בן תקופת  הברונזה המאוחרת שמתחתם. המבנה, מדרום ל'מכלול הפודיום' (ר' חדשות ארכיאולוגיות 110: 5), קבור עדיין מתחת לשכבות תקופת הברזל ולכן ניתן היה לחשוף עד עתה רק את חלקו הצפוני. הוצע שמבנה זה הוא הארמון האדמיניסטרטיבי של חצור מתקופת הברונזה המאוחרת, אך לא ניתן יהיה לאשש זאת עד שייחשף כולו.
השטח נחפר לעומק של כמטר אחד ונתגלו שתי תגליות חשובות: ממש מתחת לפני השטח נחשף חדר, שהוא חלק  מבניין גדול המשתרע מדרום ומחוץ לשטח החפירה וייחפר בעונה הבאה. מצפון לחדר נחשפו כמה מיתקנים ומשטחי עבודה בני זמנו שעל סמך הממצא הקרמי ניתן לתארכם בוודאות לתקופה הפרסית, שממנה נחשפו עד כה בחצור בעיקר קברים.
מתחת למבנה ומצפון לו נחשפו קירות, חצר גדולה מרוצפת חלוקים וכמה מיתקנים. מתחת לשרידים אלו מבצבצים ראשי עמודי האבן האופייניים כל כך לבנייה הברזלית בחצור, השייכים למבנה שחלקו הצפוני נחפר כבר בשנות ה-90 וחורבנו יוחס לכיבוש חצור בידי האשורים (שכבה V של ידין). הקרמיקה הקשורה בחצר המרוצפת, בקטעי הקירות והמיתקנים שמעל ראשי העמודים היא מתקופת הברזל, ולפיכך יש לתארכם לתקופה האשורית (שכבה III של ידין) או ליישוב הישראלי שלאחר חורבן חצור על ידי תגלת פילאסר השלישי (שכבה IV של ידין). בשלב ראשוני זה נראית האפשרות השנייה. לשתי תקופות אלו (שכבות IV-III) ייצוג ארכיטקטוני דל בחצור עד כה ומשום כך יש לתוצאות החפירה חשיבות מיוחדת כבר עתה.

 

שימור ושחזור: פעילות בתחום זה החלה בחצור כבר לפני תחילת העונה, נמשכה במלוא הקצב במהלכה והשיגה כמה יעדים: הגבהה ניכרת של קירות שער שלמה, סילוק השפכים שנערמו במשך השנים מחוץ לחזית המזרחית של חומת הסוגרים, שחזור קיר לוחות הבזלת (אורתוסטטים) המפריד בין חצר הארמון למבוא לחדר הכס, הצבת מזוזות עץ בפתח הכניסה לחדר הכס וייצוב הקיר המזרחי של הארמון בעזרת תמוכות עץ ששולבו בתוכו. העבודות בוצעו בסיוען הכספי של כמה קרנות, בהן קרן זלץ (ארה"ב), קרן רג'ינלד ואסמה בנימין (אוסטרליה) וקרן הכט (ישראל).