בחודש ינואר 2001 נערכה חפירת בדיקה בשיפוליה הדרומיים של ח' בית כופה הסמוכה למושב בית נחמיה (הרשאה מס' 3368-A*; נ"צ — רי"ח 19650/65350; רי"י 14650/15350), כדי לבדוק חציבה עתיקה שנחשפה על ידי י' אלישע בעת פיקוח על תעלות בדיקה במהלך ההכנות לסלילת כביש חוצה ישראל. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון פרויקט כביש חוצה ישראל, נוהלה על יד א' סגל, בסיועם של ש' יעקב-ג'ם (מנהלה), א' האג'יאן (מדידות), צ' שגיב (צילום) וט' קורנפלד (שרטוט).
נחשפה חציבה שמתארה כמעט רבוע (איור 1). בחלקה הצפוני של החציבה נחשף סלע האם בעומק של כ-0.5 מ' מתחת לפני השטח ונראה כי בחלק זה שימש הסלע מחצבה (לוקוס 100). בחלקה הדרומי הועמקה החציבה כך שנוצרה חצר מלבנית שבכל אחת מצלעותיה הקצרות הותקן פתח למערת קבורה (לוקוס 101); בפתחים הוצבו אבני סגירה עשויות גיר קשה ושונות זו מזו: המערבית שטוחה ובעלת קשת בראשה (איור 2) ואילו המזרחית דמוית טרפז הפוך (איור 3).
חציבת החצר לא הושלמה: בעוד שכותלה המערבי (1.2 x 2.2 מ') חצוב למשעי עד לרצפה, הכותל המזרחי הוצר לרוחב של 0.9-0.6 מ'; גם החציבה לעומק לא הושלמה ולא הותקנו קברים נוספים בחלקה הצפוני.
חדרי הקבורה לא נחפרו, אך הקרמיקה שנלקטה מהמילוי של חצר הקבורה הומוגנית וכוללת שברי גוף של סירי בישול וקנקנים. בין הקנקנים נפוצים אלה בעלי רכס דק בבסיס הצוואר, האופייניים לתקופה הרומית הקדומה. לא נמצאו עצמות או כלים באתרם על גבי רצפת החצר ולפיכך ייתכן שלאחר שנחתמו הקברים באבני הסגירה לא היה שימוש נוסף במכלול הקבורה. מעידה על כך חציבת חצר הקבורה שלא הושלמה ושימשה מחצבה.
ח' בית כופה נסקרה בעבר (ר' מפת לוד [80], אתר 145) ולוקטו בה חרסים מהתקופות הביזנטית והאסלאמית הקדומה. בסקר שנערך לקראת סלילת כביש חוצה ישראל אותרו באתר גם חרסים מהתקופה הרומית וכן מערות קבורה (אתר 77, לא פורסם). ייתכן אפוא שהחצר ומערות הקבורה שייכות לאתר, אך ייתכן כי הן שייכות למכלול הקבורה שנחשף בתל חדיד הסמוך, שם קיים רצף קבורה מתקופת הברזל ועד למאה הא' לסה"נ (ר' חדשות ארכיאולוגיות קז: 66- 68).