בחודשים יולי 1998, יולי 1999 ויולי 2000 נערכו עונות החפירה התשיעית, העשירית והאחת-עשרה בנחל ברקאי (רשיונות מס' G-10/00 ,G-63/99 ,G-28/98
; נ"צ — רי"ח 1837/6280; רי"י 1337/1280; ר'
חדשות ארכיאולוגיות 110), מטעם אוניברסיטת בר אילן, בראשותו של ש' גבעון. החפירה מומנה על ידי המועצה האזורית יואב, אוניברסיטת בר אילן, אוניברסיטת קלרמונט ואוניברסיטת מקגיל. סייעו בחפירה ת' שניידר וו' קריגר (ניהול שטחים בעונת 1998), מ' גולדמן, ד' ענבר ור' בירן (ניהול שטחים בעונות 1999, 2000), ק' מיאמה וג' דה-טואה (רישום), א' פלדשטיין (מדידות ושרטוט), ד' ענבר (ציור חתכים), ע' קרון (רפאות כלי חרס) ומ' רפפורט (ציור כלי חרס וממצא מיוחד). בעונת 1998 השתתפה בחפירה קבוצת סטודנטים מאוניברסיטת קלרמונט (קליפורניה), בראשות ת' שניידר, ובעונות 1999 ו-2000 השתתפה קבוצת סטודנטים מאוניברסיטת מקגיל (מונטריאול, קנדה), בראשות ב' לוי. קיבוץ כפר מנחם אירח את המשלחת.
החפירה בשלוש העונות נערכה בשטח
H, שבצדו הצפוני-מערבי של התל. בעונת 1998 נחפרו שמונה ריבועים בתחתית המדרון בצפון השטח, ובעונות 1999 ו-2000 נחפרו שמונה ריבועים נוספים במעלה המדרון בדרום השטח. התגלו שתי שכבות יישוב האחת מהתקופה הפרסית (שכבה III) והאחרת מתקופת הברזל 2 (שכבה IV). במילויים מתחת לשכבה III התגלה ממצא מתקופת הברונזה המאוחרת.
שכבה III. מתחת לשכבת פני השטח התגלתה שכבת יישוב מהתקופה הפרסית. נחשפו שרידי בנייה מקוטעים ושרידי מיתקנים שנפגעו מפאת קרבתם לפני השטח. התגלו שברי כלי חרס רבים, צלמית חרס של אישה הרה צבועה באדום (איור 1) וידית קנקן נושאת טביעת חותם "יהוד יהועזר פחוא" (איור 2).
בכמה מקומות מתחת לשכבה מן התקופה הפרסית התגלתה שכבת מילוי, הכוללת ממצא מתקופת הברונזה המאוחרת, ובו שלוש חרפושיות מאבן סטאטיט (איור 3), המתוארכות בברור לתקופה זו. נראה כי המילוי נלקח משרידי היישוב מתקופה זו שבמדרגות התחתונות של התל, לצורך הבנייה בתקופה הפרסית.
שכבה
IV. מתחת לשרידי שכבה III נחשפה שכבת יישוב מתקופת הברזל II. באמצע מדרון התל התגלתה חומת סוגרים מלבנים (1.5 מ' רוחב הקירות). חלק מחומה זו התגלה בעונת 1997 בשטח G, ונראה כי היא מקיפה את התל. הרצפה בחדרי הסוגרים (4.5 מ' רוחב החדרים) עשויה מטיח, ועליה התגלו מפולות רבות של לבנים, שרידי קורות עץ מפוחמות ושברים רבים של כלי חרס מהמאה הט' לפסה"נ. הגיל המכויל של דגימות משרידי קורות העץ המפוחמות בבדיקת פחמן 14 הוא 810-900 לפסה"נ. בקצה המזרחי של החומה התגלה בור, שהרס בקטע זה את החומה ואת חדר הסוגרים.
מצפון לחומת הסוגרים, מחוץ לתחומי היישוב, התגלו כמה מיתקנים השייכים על פי הממצא הקיראמי בהם לשכבה זו. התגלתה ממגורה גדולה (2 מ' קוטר), שנבנתה באבן וטויחה בשכבה עבה של טיח. סמוך לממגורה נחשפו שרידיהם של שני תנורים, שבתוכם ובסביבתם התגלה אפר רב, המעיד על שימוש ממושך בהם.
מדרום לחומת הסוגרים התגלה מיתקן מלבני (3 מ' ויותר אורך, 2.5 מ' רוחב), שלא נחשף במלואו, הכולל רצפת טיח עבה המוקפת בקירות לבנים צרים, שהשתמרו לגובה מרבי של 0.25-0.20 מ'. מהפינה הצפונית-מזרחית של המיתקן יוצא החוצה צינור חרס קטן. אפשר שהמיתקן הוא משטח דריכה של גת. ליד המיתקן התגלו צלמית ברונזה קטנה בדמות האל בס (איור 4) ולידה סכין ארוך או חרב מברונזה (כ-0.25 מ' אורך).