בחודש נובמבר 2002 נערכה חפירת בדיקה ברח' קיבוץ גלויות ביפו (הרשאה מס' 3769-*A; נ"צ — רי"ח 178545/662024; רי"י 128545/162024). החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון חברת נתיבי איילון, נוהלה על ידי מ' עג'מי, בסיוע ד' פורוצקי (מדידות), י' נגר (אנתרופולוגיה פיזית) וא' גורזלזני.
בית הקברות היהודי הקדום המוכר בשם 'אבו כביר' נמצא על רכס כורכר מדרום לרחוב קיבוץ גלויות, בין הרחובות הרצל ופנחס רוזן. בשנת 1872 גילה החוקר הצרפתי קלרמון-גנו 70 מצבות שיש שרובן הועברו למחקר בחו"ל. קלמרון-גנו פרסם תוכניות של כמה קברים חצובים בסלע וחלק גדול מן הכתובות החקוקות על המצבות. רוב הכתובות הן ביוונית ומיעוטן בעברית ובארמית וניתן ללמוד מהן על מוצאם של יהודי יפו ומשלח ידם בתקופות הרומית והביזנטית. החפירות באתר חודשו בשנות ה-60 על ידי י' קפלן (ר' חדשות ארכיאולוגיות י"א:22) ובראשית שנות ה-90 על ידי י' לוי (ר' חדשות ארכיאולוגיות צ"ג:65; צ"ט:41).
נחפרו 18 ריבועים ו-9 חצאי ריבועים, שבהם התגלו 11 קברים חצובים בכורכר ומהם נחפר רק אחד (קבר K; איור 1). זוהי מערכת קבורה חצובה ברשלנות שתקרת האולם המרכזי שלה קרסה זה מכבר. בדופן הצפונית היה שקע ותחתיו שריד של מדרגה, המרמזים כנראה על הכניסה לקבר שהובילה לאולם המרכזי. ממערב לכניסה נחצב כוך ובדופן הדרומית, מול הכניסה, נחצבו שלושה כוכים. בשני צדי האולם נחשפו שני משכבי קבורה עם תקרה מקומרת (ארקוסוליה). הכוכים והמשכבים נחפרו עד למפלס של 20 ס"מ מעל לרצפת הכורכר, כדי לא לפגוע בשרידי אדם. בקבוקים ושקיות ניילון משנות השמונים מעידים כי המערכת נחפרה או נשדדה בעבר (לא נמצא תיעוד).
בקבר נמצאו שרידי עצמות אדם שלא בארטיקולציה ובמצב השתמרות רע. השרידים מייצגים ארבעה פרטים לפחות, שלושה בוגרים (אחד בגיל 18–25) וילד.
אזור החפירה נכלל ללא ספק בתחום בית הקברות היהודי המתוארך למאות הד'–הה' לסה"נ. אף שלא נמצא כל ממצא העשוי לתארך את המערה, סגנון החציבה דומה לזה של קברים מהתקופות הרומית והביזנטית המוכרים מחפירות קודמות באתר.