החפירה משתרעת בחלק הדרומי-מערבי של מושב ציפורי, במניפת סחף מישורית המשתפלת במתינות דרומה, מדרום-מערב לציפורי העתיקה. בקרבת שטח החפירה לא נערכו עד כה חפירות אחרות. בחפירות נרחבות שנערכו בעבר מדרום למושב ציפורי לקראת הרחבה ושדרוג של כביש 79 (שתיל 2020 [איור 1: 7912-A]; הרשאות מס' 6784-A, 8055-A) ובאתרים הסמוכים עין ציפורי (ברזילי 2010; מילבסקי וגצוב 2014; ירושביץ 2016ב'; Barzilai et al. 2013) וגבעת רבי (ברזילי ומילבסקי 2010; ירושביץ 2016א') נחשפו שרידים מן התקופות הפליאוליתית התיכונה, הנאוליתית הקדם-קרמית–הברונזה הקדומה 2, הרומית, הביזנטית והצלבנית. 

החפירה (איור 2; מודל תלת-ממד) לא נערכה בריבוע מסודר בשל עצים והפרעות בנות ימינו ובהן קו מים שעובר בשטח החפירה. על פני השטח נמצאו חרסים סחופים מהתקופה הרומית. לאחר הסרת שכבה של אדמת סחף חומה ובה אבנים בינוניות וקטנות (0.8 מ' עובי) נחשפו שרידים של יישוב פרוטו-היסטורי בתוך אדמה חומה בהירה ותחוחה, כמעט נקייה מאבנים קטנות; בשרידים אלה זוהו שני שלבי בנייה. זמנו של היישוב אינו ברור — התקופה הכלקוליתית הקדומה או תקופת הברונזה הקדומה 1 (שכבה 2). הממצאים משכבה 2 כוללים חרסים שחוקים, פריטי צור, כלי אבן ופריט נחושת. אל שכבה 2 נחפר בשלב מאוחר בור, ובו נחשפו חרסים מהתקופה הרומית (שכבה 1).
 
שכבה 2
שלב 2ב' (איור 3). נחשפו שרידי קיר מתעגל (32W; 0.4 מ' רוחב; איורים 4, 5), שנבנה על סלע אם מפולס משתי שורות של אבני גוויל גדולות ובינוניות, שביניהן מילוי של אבנים קטנות; הקיר השתמר לגובה שלושה נדבכים (0.5 מ'). אל הקיר ניגשה רצפת סלע מפולסת (41L); על הרצפה נמצאו מעט חרסים. נראה כי זהו חלק צפוני-מזרחי של מבנה, שנמצא ברובו מחוץ לגבולות החפירה. מצפון לקיר נחשפה רצפת סלע נוספת (40L) שפולסה, והיא משתפלת במתינות מזרחה. ברצפה 40 נחצב בור סגלגל (44L; איור 6), שרק חלק ממנו נמצא בתחום החפירה, ונראה כי הוא היה חלק מאזור פעילות מחוץ למבנה. בחלקו התחתון של הבור התגלה פריט נחושת קטן (סל 319) בהשתמרות ירודה.
 
שלב 2א' (איורים 7, 8). מעל רצפה 41 הונח מילוי של אדמה (38L), ומעליו נבנתה רצפה (36L; איור 9) מאבני שדה קטנות ובינוניות שצִדן השטוח פונה כלפי מעלה; הרצפה ניגשה לנדבך העליון של קיר 32. מצפון-מזרח לקיר 32 הונח מילוי אבנים (43L), שחתם את בור 44. מעל רצפה 40 הונח מילוי של אדמה (33L), הכולל שברי חרסים וכלי אבן. אל קיר 32 ניגש מצפון קיר קטן (39W; איור 10) שנבנה משורה של אבנים בגודל בינוני. בשטח שמצפון לקיר 32 וממערב לקיר 39 נחשפה רצפת אבנים בינוניות וקטנות (42L; איור 11), הדומה בסגנונה לרצפה 36. על גבי רצפה 42 נחשף שקע שרוף, המלמד אולי כי במקום עמד מתקן לבישול, אולי בחדרון שהוצמד למבנה. מדרום-מזרח לקיר 39 נמצאו שרידים של לבני בוץ שרופות (34L).
 
שכבה 1
נחשף בור סגלגל (37L; 0.6 × 0.9 מ', 0.3 מ' עומק; איור 12) שנחפר לתוך רצפה 36 ומילוי 38; ייתכן שחלקו העליון הוסר בעת הסרת פני השטח. בתחתית הבור נתגלו חרסים מהתקופה הרומית, ובהם שברי סירי בישול וקנקנים (לא צוירו).
 
ממצאים משכבה 2
ממצא כלי החרס. נתגלו 30 שברי כלי חרס, רובם שחוקים ומפוררים, אך זוהו בהם שפות של קערות (איור 1:13–4), שבר צוואר של כלי סגור הנושא עיטור חבל (איור 5:13) ושברי גוף הנושאים חיפוי בצבע אדום, או חום. הרכב הטין והחיפוי האדום מאפיינים את התקופה הכלקוליתית הקדומה 3 (Getzov 2009: Figs. 2.29, 2.30). הבדיקה הליתולוגית (ר' נספח [באנגלית]) העלתה דמיון בהרכב החסמים בין כלים אלה לבין כלים שנמצאו באתר הסמוך עין ציפורי, המתוארך לתקופות הכלקוליתית והברונזה הקדומה.
 
ממצא כלי האבן. נחשפו ארבעה פריטים (לא אוירו): אבן שחיקה עליונה מעוגלת מבזלת; שבר של כלי מחורר מבזלת, שנחשף על רצפה 41; דיסק מותז (Rosenberg et al. 2009) עשוי אבן גיר; וחלוק נחל טבעי מאבן גיר, שאחד מקצותיו חודד לצורה של פן פעיל של כלי דו-פני. כלים דו-פניים מאבן לא נפוצים בתקופה הכלקוליתית הקדומה (רוזנברג 2011: איורים 8.49, 2:8.105, 3), ונעדרים לרוב מתקופת הברונזה הקדומה 1 בדרום הלבנט (Rosenberg and Golani 2012:35).
 
ממצא הצור
מאשה קרקובסקי
 
נאספו 39 פריטי צור (טבלה 1), ועל שלושה מהם (גרעין ושני נתזים שבורים) נראים סימני שרפה. המכלול מאופיין בתעשיית אד-הוק, ולא התגלו בו פריטים האופייניים לתקופה הכלקוליתית או הברונזה הקדומה, כגון להבים ולהבי מגל המופקים בטכנולוגיה כנענית. התגלה רק להב אחד שבור דיסטלית (איור 1:14), שהופק כנראה בטכנולוגיה כנענית, או לכל הפחות בטכנולוגיה פריזמטית להפקת להבים סטנדרטיים בגודלם, אך הוא נמצא בחפירת בור 37 שהוא חדירה מאוחרת לשכבות הקדומות. רוב הפריטים הופקו מחומרי גלם איכותיים בגוונים של בז' וחום. רק בגרעין אחד זוהה משטח נקישה אחד מובהק (איור 2:14). על גרעין זה אין קליפה ולא ברור אם הוא נעשה על נתז או על בולבוס. שלושה גרעינים נוספים, אמורפיים בצורתם, נושאים כמה משטחי נקישה ועליהם קורטקס בדרגות שונות. מגרעינים אלה הופקו נתזים קטנים לא רגולריים. גרעין נוסף הוא בולבוס שנוסה אך כמעט לא נוצל. פסולות הסיתות כוללות נתזים, נתזים ראשוניים (איור 3:14–6), להבים ושבב. כן נמצאו שני פריטים בעלי גב 'טבעי' (איור 7:14). הגרעינים, פסולת הסיתות והפריטים בעלי גב 'טבעי' מעידים על סיתות מקומי בהיקף מוגבל. למעט להב מס' 1 הלהבים הם כנראה תוצאה של סיתות שלא היה מכוון להפקה של פריטים סטנדרטיים בגודלם ובצורתם מגרעינים פשוטים ולא מעוצבים. הכלים שנמצאו בחפירה כוללים שני נתזים שעליהם שקערורית אחת, נתז אחד עם שלוש שקערוריות, המופיעות על הפן הדורסלי והוונטרלי של הנתז (איור 8:14) ונתז שלם עם סימני שימוש כמעט בכל ההיקף שלו, ללא שברור ממשי.
פריטי הצור שנמצאו בחפירה מלמדים כי במקום נערך רק סיתות מקומי מצומצם, ללא שימוש בטכנולוגיות מורכבות — הפקת מגרדים לוחיים וטכנולוגיה כנענית — לצורך שימוש ביתי לצרכים מיידיים.
 
טבלה 1. פריטי הצור
הטיפוס
כמות
אחוז
נתזים ראשוניים
8
20.51
נתזים
15
38.46
להבים
4
10.26
פריטים בעלי גב 'טבעי'
2
5.13
שבב
1
2.56
כלים
4
10.26
גרעינים
5
12.82
סה"כ
39
100
 
בחפירה נחשפו לראשונה שרידי יישוב פרוטו-היסטורי בתוך מושב ציפורי. יישוב זה הוא חידוש מחקרי במפת היישובים הקדומים באגן נחל ציפורי. על אף החשיפה המצומצמת של האתר, נראה כי היישוב פעל לאורך זמן, שכן נחשפו שני שלבים של בנייה. הקיר המתעגל שהתגלה בחפירה מזכיר אמנם קיר של 'מבנה קפסולה', הנפוץ מאוד באתרים מתקופת הברונזה הקדומה 1 בסביבת נחל ציפורי בפרט (חלאילה, מילבסקי וגצוב 2009: איור 11; ברזילי 2010: איור 4; מילבסקי וגצוב 2014: איור 18) ובדרום הלבנט בכלל (גצוב וברזילי 2011: איור 11; ון דן ברינק 2014: איור 3; אלעד ופז 2018: איור 7; סגל 2019: איור 5Braun 1997: Fig 5.2; Eisenberg et al. 2001: Plan 2.1; Golani 2003: Plan 2.3; Khalaily 2004: Plan 3), אך התגלה רק קטע קטן מקיר זה ואי אפשר לשחזר את תכנית המבנה. השתמרות נדבכי האבן של הקיר והיעדר מפולות אבנים מאפשרים להציע שעיקר הבנייה נערכה בלבני בוץ על מסד אבן. ממצא כלי החרס, כלי האבן ופריטי הצור מלמד כי באתר נעשה שימוש בעיקר בחומרי גלם זמינים, ולא היו בו קשרי מסחר ענפים, למעט מסחר מצומצם בחומרי גלם כמו בזלת וחרס (ר' נספח: טבלה 30:1). על פי הממצא הקרמי אפשר לקשור אתר זה עם האתר שנחשף בעין ציפורי, בין אם זוהי התקופה הכלקוליתית הקדומה או תקופת הברונזה הקדומה 1 (ר' נספח). אפשר שהיה זה אתר לוויין של היישוב בעין ציפורי או חלק מהעורף החקלאי שלו. מחקרים נוספים של הממצאים מהאתר בעין ציפורי ישפכו אור נוסף על הקשר בין האתרים.