בחפירה (איור 2) התגלו שתי מערות קבורה חצובות (100L, 200L) משלהי ימי הבית השני (ראם, ויגמן וארביב תשע"ו:263–277, ור' שם היסטוריה של האתר והפניות), אחת מהן מונומנטלית, שני קברי שוחה חצובים (201L, 700L) שאי אפשר לתארכם, מהם נחפר רק קבר 201, קבר מקמר כפול חצוב (301L) מתקופות הרומית המאוחרת–הביזנטית, שני מקוואות שנחצבו בשלהי ימי הבית השני (400L, 500L), שרידי מחצבה (300L) שלא תוארכה ובור מים חצוב (501L) ששימש כנראה במקור מקווה טהרה בשלהי ימי הבית השני. בגלל הגבלות שהוטלו על החפירה לא הושלמה חפירתם של מערות הקבורה והקברים. בחלק המערבי של השטח נמצאו מפוזרים כעשרה לוחות אבן, שמקורם קרוב לוודאי בקברים.

שטח החפירה נמצא בחלק המזרחי של מתחם שנלר, והוא מאופיין בסלע גיר קשה ובתוכו חללים קרסטיים רבים, שנוצלו בעת העתיקה ונחצבו בהם מגוון מתקנים. במהלך השימוש במתחם כבסיס של צה"ל עד לשנת 2014, פולס כל השטח, נסלל באספלט ושימש מגרש חנייה. כתוצאה מכך הוסרו החלקים העליונים של חלק מהשרידים שהתגלו בחפירה. בקצה הצפוני-מזרחי של השטח נמצאו עדויות לשימוש בחומר נפץ כדי לחצוב בסלע. לאחר הסרת האספלט משטח החפירה התגלו מתחת לו ועד הסלע פסולת רבה בת זמננו ואבני שדה. שכבות נקיות מפסולת בת זמננו נמצאו רק בשרידים שכוסו באדמת סחף.

בשנים האחרונות נערכו באתר שלוש חפירות הצלה: בשנת 2013 נחפר בור מים בחלק הצפוני-מזרחי של המתחם (תנעמי 2014); בשנת 2016 נחשפו שרידי מכלול מבנים שהיו חלק מאחוזה שנבנתה בתקופה הרומית המאוחרת והמשיכה להתקיים בתקופה הביזנטית, גת חצובה בסלע המתוארכת לתקופות הרומית המאוחרת–הביזנטית ומערת קבורה מימי הבית השני (הרשאה מס' 7638-A); ובשנת 2019 נחשפו מתקנים חצובים בסלע ובור מים בחלק המזרחי של המתחם (מזרחי ופרץ 2021).

 
מערת קבורה מונומנטלית 100 (איורים 3, 4). ממערב למערה נחצבה חצר מלבנית (4.0 × 8.5 מ', 2.0–2.9 מ' עומק; איור 5), שקרקעיתה פולסה גס. בדופן הסלע הצפונית של החצר נחצבו שתי גומחות; אולי תחילת חציבה של מערות קבורה נוספות שלא הושלמה. אל החצר ירדו מדרום בגרם של חמש מדרגות (3.7 מ' רוחב; איור 6). מן החצר מוליכה לכיוון דרום תעלה חצובה עמוקה (600L; 0.4–0.6 מ' רוחב עליון, 0.1–0.2 מ' רוחב תחתון, 1.8–2.0 מ' עומק, כ-14 מ' אורך), שעוברת צמוד לגרם המדרגות ממערב ונועדה לנקז מי גשמים מהחצר החוצה. הקצה הצפוני של התעלה נמוך בכ-5 ס"מ מהקצה הדרומי שלה. בקצה הדרומי של התעלה יש חלל קרסטי וניכרים בו סימני חציבה במטרה להאריך את התעלה לכיוון דרום, אך נראה כי החציבה לא הושלמה והתעלה אינה מובילה אל תוך חלל כלשהו.
בדופן המזרחית של החצר נחצב חדר מבוא (2.25 × 3.00 מ') מקורה בתקרת סלע ישרה. במרכז הדופן המזרחית של חדר המבוא נחצב פתח (1.00 × 1.25 מ'), שממנו ירדו שלוש מדרגות אל חדר קבורה רבוע (3.00 × 3.05 מ'). במרכז חדר הקבורה נחצב בור עמידה (1.5 × 1.6 מ', 0.4–0.5 מ' עומק) ובדפנות המערבית, הדרומית והמזרחית נחצבו ששה כוכי קבורה (0.5–0.8 × 1.4–2.2 מ', 0.6–1.1 מ' עומק; איור 7) שפתחם קשות (0.4–0.5 מ' רוחב, 0.6–1.0 מ' גובה). בחלק הצפוני של הדופן המזרחית נחשפה גומחה חצובה, אולי תחילת חציבתו של כוך נוסף שבוטל בגלל סדק בסלע. בדופן הצפונית של חדר הקבורה לא נחצבו כוכים, אלא נחצב פתח רבוע (0.50 × 0.55 מ'; איור 8) בתוך מסגרת משוקעת (0.85 × 0.90 מ') באמצע הדופן צמוד לתקרת החדר. הפתח מוביל אל פיר אנכי (701L; 0.55 × 1.40 מ'; איור 9), המוליך אל פני השטח; הפיר לא נחפר לכל עומקו. ייתכן שהפיר היה קשור לחוקי טומאה וטהרה, והוא שימש 'מחילת טומאה' (ראם, ויגמן וארביב תשע"ו:267). בתוך המערה נמצאו פסולת רבה בת זמננו, וכן שבר נר המתוארך למאות הא'–הב' לסה"נ; לא נמצאו עצמות אדם. אדריכלות המערה והממצא המועט של כלי החרס מאפשרים לתארך אותה לשלהי ימי הבית השני.
 
מערת קבורה 200 (איורים 10, 11). פתח המערה (0.55 × 0.65 מ') נחצב בתוך מסגרת משוקעת (0.85 × 1.00 מ') בדופן הדרומית-מערבית של המערה. הוא מוביל אל תוך חדר קבורה מרובע (2.0 × 2.2 מ', כ-1.5 מ' גובה מרבי) שבמרכזו בור עמידה (0.8 × 1.2 מ', 0.4 מ' עומק). במערה נחצב כוך קבורה אחד (0.6 × 2.2 מ'; 0.6 מ' גובה) במרכז הדופן הדרומית; לכוך פתח קשות (0.55 × 0.70 מ') המעוצב בתוך מסגרת משוקעת. בחלק הדרומי-מערבי של המערה ובתוך הכוך נמצאו שברי כלי חרס משלהי ימי הבית השני (המאות הא' לפסה"נ – הא' לסה"נ) ומהתקופה העות'מאנית המאוחרת. המערה נמצאה ריקה מעצמות אדם.
 
קבר שוחה 201 (איורים 10, 11). נחשף קבר שוחה מלבני עמוק (0.55 × 1.85 מ', 2.1 מ' עומק) שנחצב בסלע בכיוון צפון-מזרח–דרום-מערב. בדופן הדרומית-מערבית נמצאה בליטה (3–4 ס"מ רוחב) בגובה 0.15 מ' מעל קרקעית הקבר, ובליטה דומה נמצאה גם בדופן הצפונית-מזרחית בגובה כ-1.4 מ' מעל הקרקעית. הבליטות שימשו להנחת לוחות כיסוי מעל הנקבר וכך לאפשר קבורה דו-קומתית. הקבר נמצא ריק מממצא ומעצמות אדם. בתחתית הקבר נמצא ראש מכוש המעיד על כך שהקבר נשדד בעבר. מדרום-מזרח לקבר 201 נמצא קבר שוחה נוסף שלא נחפר (700L; 0.55 × 1.20 מ').
 
קבר מקמר 301. נחשף קבר מקמר כפול (0.40–0.45 × 2.10 מ' כל מקמר) שנחצב בסלע בציר מזרח–מערב; השקתות הופרדו במחיצת סלע (0.2 מ' רוחב). הדופן הצפונית של הקבר (1.3 מ' גובה) מתעגלת בחלקה העליון כלפי דרום. ייתכן שהייתה כאן מערת קבורה שחלקה העליון ודופנותיה מצד דרום ומזרח הוסרו בחציבה במחצבה ובעבודות פיתוח בימינו. קברים דומים רבים התגלו בירושלים והם תוארכו לתקופות הרומית המאוחרת–הביזנטית.
 
מקווה טהרה 400 (איור 12). נחשף מקווה, הכולל גרם של שש מדרגות (1.3–1.6 מ' רוחב) היורדות לכיוון צפון-מערב אל תוך חלל תת-קרקעי סגלגל (עד 2 מ' עומק). דופנות החלל והמדרגות טויחו בשכבה אחת של טיח אפור בהיר (2–4 ס"מ עובי) הכוללת פירורי אבן זעירים רבים. בהצטברות אדמת הסחף בתוך חלל המקווה נמצאו שברי כלי חרס רבים מהתקופות ההלניסטית–הביזנטית. המקווה נמצא בקצה דרומי של סדק קרסטי בסלע הנמשך לאורך כ-15 מ' לכיוון צפון. בחציבת המקווה נוצל כנראה חלל קרסטי בתוך הסדק. סמוך למקווה ממערב נחשף בור חצוב בסלע (401L) שמתארו לא סדור ובתוכו נמצאו שברי כלי חרס רבים משלהי ימי הבית השני ומהתקופה הביזנטית; חפירת הבור לא הושלמה.
 
מקווה טהרה 500 (איור 13). המקווה נחצב בסלע ומתארו רבוע (2.60 × 3.05 מ'). נראה כי הוא נחצב בתוך מערה שתקרתה הוסרה בפעולות פיתוח בנות זמננו. המקווה כולל גרם של חמש מדרגות היורד בצורה סיבובית נגד כיוון השעון עד לאגן טבילה (0.7 × 1.1 מ', עד 1.6 מ' עומק). המדרגות והדפנות של המקווה טויחו בשכבה אחת של טיח אפור-בהיר (1–3 ס"מ עובי) הכוללת גריסי פחם וחרסים. בתוך הצטברות אדמת הסחף שכיסתה את המקווה נמצאו שברי כלי חרס משלהי ימי הבית השני ומהתקופה הביזנטית. בתחתית אגן הטבילה נמצא מטבע מימי אלכסנדר ינאי (79/80–76 לפסה"נ).
 
מחצבה 300. בשטח המחצבה הובחנו סימני חציבה של אבנים בגודל בינוני (כ-0.15 × 0.30 מ') ותעלות ניתוק.
 
בור מים 501 (איור 13). סמוך למקווה טהרה 500 מצפון נחשף בור מים רבוע חצוב (1.85 × 3.55 מ', עד 2.2 מ' עומק). בפינתו הדרומית-מערבית יש שקע טבעי בסלע שמולא באבני שדה, שיצרו פינה מתעגלת. הבור כולל גרם של שלוש מדרגות, היורדות בצורה סיבובית בכיוון השעון אל תוך חלל רבוע (2.2 × 3.3 מ'; 1.5 מ' עומק). הבור טויח בשכבת טיח ורדרד-בהיר (1–3 ס"מ עובי) שנמרח על מצע של שברי אבנים שטוחות ושברי כלי חרס גדולים שזמנם התקופות הרומית–הביזנטית. במקומות אחדים זוהה טיח אפור כהה (2–3 ס"מ עובי) מתחת לשכבת הטיח הוורדרד-בהיר; כנראה תיקונים מקומיים בדופנות הבור ולא שכבת טיח נוספת. בתוך הצטברות האדמה שמילאה את בור המים נמצאו אבני שדה ואבנים מהוקצעות רבות וכן שברי כלי חרס מהתקופה הביזנטית. בתחתית הבור נמצא קנקן שלם מהתקופה הביזנטית. בור המים דומה במידותיו ובגרם המדרגות שלו למקווה 500 הסמוך, ועל כן ייתכן שהיה זה במקור בימי הבית השני מקווה טהרה שחלקו התחתון הועמק כדי להסב אותו לבור מים בתקופות הרומית–הביזנטית.
 
שטח החפירה שימש לקבורה בשלהי ימי הבית השני, והמשיך לשמש למטרה זו גם מאוחר יותר. קברי מקמר כפולים הדומים לקבר 301 נפוצים בתוך מערות או מבני קבורה בירושלים בתקופות הרומית המאוחרת–הביזנטית, וקברי שוחה נפוצים אף הם בתקופות אלו, אם כי נמצאו קברים דומים גם מימי הבית השני (אבני תשנ"ז:28–30, 32–36, 69–70). השרידים המאוחרים ביותר שנמצאו בשטח הם שרידי מחצבה שפגעה בחלק מקברי השוחה ובקבר המקמר. על פי תוצאות החפירה הנוכחית אין אפשרות לתארך את המחצבה.
בניגוד לשטחי הקבורה העיקריים מימי הבית השני מצפון לירושלים, כגון אזור השכונות שמואל הנביא, סנהדריה ותל ארזה, מערות הקבורה בשטח החפירה לא נחצבו בתוך מחצבת אבני גזית נרחבת. בתוך סלע האם בשטח נמצאים חללים קרסטיים רבים, וייתכן שהתפוצה של המערות והמתקנים שהתגלו בחפירה משקפים את מיקומם של חללים אלה. קרבתם של מקוואות למערות קבורה בשלהי ימי הבית השני מוכרת ונדונה במחקר; היא משקפת כנראה את הצורך של העוסקים במלאכת הקבורה והמבקרים בבתי הקברות לטבול במקווה לאחר הביקור בשטח הטמא של בית הקברות (קלונר וזיסו תשס"ג:16; רייך תש"ן:119–121).
באופן מפתיע פסח עד כה המחקר הארכיאולוגי בירושלים על מערת הקבורה המונומנטלית שנחשפה בחפירה הנוכחית, כנראה בגלל מיקומה בתחומי בסיס צבאי עוד מסוף ימי המנדט הבריטי. מערת קבורה זו הייתה חשופה לפחות מימי מלחמת העולם הראשונה, ועל כך מעיד תצלום אוויר משנת 1918, שבו אפשר לזהות את החצר של מערת הקבורה (איור 14). בנוסף, גרם המדרגות הרחב וחצר המערה מצוינים במפה מנדטורית של ירושלים משנת 1927 (ראם, ויגמן וארביב תשע"ו:277). המערה ודאי הייתה מוכרת כאשר מתחם שנלר שימש בסיס של צה"ל ושימשה כנראה לאחסון אמצעי לחימה.
במערה קיימים שני מרכיבים יוצאי דופן: תעלת הניקוז העמוקה והפיר האנכי המוליך אל פני השטח. הצורך בניקוז מי הגשמים מתוך החצר ברור, וכתוצאה מהטופוגרפיה בשטח היה צורך לחצוב תעלה עמוקה במיוחד שמעמיקה עד לקרקעית החצר ויכולה לנקז את החצר במקרה של הצפת מי גשמים. הפיר האנכי במערה קשור כנראה לחוקי טומאה וטהרה בשלהי ימי הבית השני. פירים אנכיים נמצאו בחדרי קבורה בשלוש מערות כוכים נוספות בירושלים משלהי ימי הבית השני: בהר ציון (Vincent 1904), בקבר האפריז באזור שכונת שמואל הנביא (Vincent 1901) ובבית צפפה (קלונר תש"ם:78). במערת אבה שבגבעת המבתר נמצא פיר אופקי שיוצא מתוך חדר הקבורה ושימש אולי לאותה מטרה (צפיריס תשל"ד). פיר מסוג זה קשור לתפיסה הלכתית, המשתקפת למשל במשנה אוהלות ג:ז, ועיקרה הוא שכל עוד חלל טמא כמו קבר נשאר ללא פתח, הטומאה מתפשטת אל מעל החלל, ואם נוצר מעבר פתוח אל מחוץ לחלל הטומאה אינה מתפשטת מעל החלל אלא מובלת אל הפתח החיצוני של המעבר (Zlotnick 1966:167). חציבת פיר כזה הייתה עשויה לאפשר תנועה ללא חשש מהיטמאות לעוברים באזור שמעל חדר הקבורה.