חורבת חוקוק (כ-30 דונם) משתרעת סמוך למעיין שופע, על שתי גבעות הצופות לדרום-מזרח אל עבר הכנרת ועמק הירדן (איור 2). באתר שכן יישוב יהודי כבר מהתקופה הרומית, והוא מוכר מן התלמוד הירושלמי (שביעית ט' א'; סנהדרין ג' י') ומן התלמוד הבבלי (פסחים י"ג, ע"א). על הגבעה המזרחית בנוי קברו של שיח' נאשי. על ראש הגבעה הצפונית-מערבית נחשף מאז שנת 2011 בית כנסת המתוארך לתקופה הביזנטית, ובו פסיפסים מפוארים וייחודיים (מגנס ואחרים 2020, ור' שם הפניות ביבליוגרפיות). כן נחשפו באתר שרידי מבני מגורים, מתקני תעשייה, מחצבות, מערות קבורה ומערכות מסתור (דללי-עמוס 2014). האתר מוזכר בכתבי נוסעים ובהם אשתורי הפרחי מהמאה הי"ד לסה"נ (כפתור ופרח, נ"ז). באתר ובסביבתו נערכו סקרים בסוף המאה הי"ט ולמן שנות ה-50 של המאה הכ' ועד ימינו (טפר ושחר 311:1987–313. ר' גם צינמון 2013; שבטיאל תשע"ה:227–228).

מאז שנת 2017 מתקיימת חפירה קהילתית מדרום-מזרח לבית הכנסת לקראת פתיחת האתר למבקרים. בחפירה הולכת ונחשפת מערכת מסתור תת-קרקעית, שאותרה בשנת 1982 על ידי ג' דרעין מקיבוץ חוקוק. במערכת המסתור נתגלה ממצא קרמי המתוארך לתקופות הברונזה הקדומה 1א–ב והביניימית ולמאה הב' לסה"נ. נראה כי מקורו של הממצא מתקופת הברונזה בקבר פיר מתקופה זו וכי הממצא מהמאה הב' לסה"נ מתארך את מערכת המסתור לימי מרד בר כוכבא, אם כי תאריך זה אינו ודאי. על פני השטח מעל מערכת המסתור התגלו שרידי מבנים ורצפות וכן כלים אחדים מהתקופה הביזנטית (המאות הד'–הה' לסה"נ; איור 3); מבנים אלו נבנו כנראה על גבי שכבה קדומה יותר. להלן תתואר מערכת המסתור.

 
מערכת המסתור (איורים 4–7) נחצבה בסלע גיר, ובה שישה חללים עיקריים (AF), הכוללים גם מקווה טהרה מטויח (A) ושני בורות מים גדולים (B ו-F), כנראה ציבוריים, הקדומים למערכת, ששולבו בה לאחר שיצאו מכלל שימוש. פתחה של המערכת בשלבה המאוחר הוליך אל גרם מדרגות חצוב, שירד אל מקווה A (איורים 8, 9). מן הקיר הצפוני של המקווה נפרץ מעבר חצוב ובו מדרגות המוליכות אל בור B (איור 10). חציבת המדרגות מרושלת ומלמדת כנראה כי הן נחצבו בחופזה. פתחו של בור מים B נסתם  ב'פקק' דמוי קונוס שהותקן מאבנים שלוכדו בחומר מליטה בעת חיבור בור המים אל מערכת המסתור; במהלך החפירה הופל הפקק פנימה כדי לאפשר לאור ולאוויר להיכנס אל המערכת ולהקל על עבודת החופרים (איורים 11, 12). מבור B נחצב מעבר שהוליך אל חלל C; החלל והמעבר אליו גבוהים מעט מקרקעית בור המים. ניכר כי המעבר שימש קודם להתקנת יחידה עצמאית, שתקרתה הוחלקה בחציבה, אך זו קרסה במהלך השימוש ביחידה או מאוחר יותר. במעבר זה נמצאו שרידי מפלס חיים — שברי כלי חרס מתקופות הברונזה הקדומה והביניימית ועצמות — כנראה קבר פיר מתקופת הברונזה הקדומה ששימש גם בתקופת הברונזה הביניימית. מחלל C נחצבו שלושה מעברים, ששניים מהם נמוכים ומוליכים אל חלל D ואל בור F, ואחד נותר חסום ברובו. בחלל C נמצאו שרידים של מדורה, אולי עדות לבישול במקום. מחלל D נחצב מעבר אל חלל E, וממנו נחצב מעבר נמוך המחייב זחילה אל בור F (איור 13). בור F הוא בור מים שראשו נסתם ואפשר לעמוד בו; בדופנות הבור הובחנו פתחיהן של ארבע מחילות שטרם נחפרו.
נוסף על הממצא הקרמי מתקופות הב"ק 1א–ב והברונזה הביניימית, שעיקרו נתגלה במפלס החיים במעבר בין בור B לחלל C,  נתגלו שברי כלי חרס רבים ממשפחת כפר חנניה מהמאה הב' לסה"נ, וכן כלי זכוכית, אף הם מהמאה הב' לסה"נ. כן נמצא ראש קרדום מברזל (איור 14). דומה כי ממצא זה מעיד על השימוש במערכת המסתור במחצית הראשונה של המאה הב' לסה"נ — ימי מרד בר כוכבא.
 
השרידים והממצאים במערכת המסתור מלמדים על שלושה שלבי שימוש. בשלב הקדום, בתקופת הברונזה הקדומה, נחצב כנראה קבר פיר שתקרתו הוחלקה. דומה כי השימוש בקבר נמשך בתקופת הברונזה הביניימית. תקרתו של הקבר קרסה בתקופה מאוחרת יותר, והמערה יצאה משימוש. בשלב הבא, כנראה בימי בית המקדש השני או לאחריו, חצבו תושבי המקום מקווה טהרה ואת שני בורות המים. בשלב המאוחר, בזמן ההכנות למרד הגדול באמצע המאה הא' לסה"נ, או בזמן ההכנות למרד בר כוכבא באמצע המאה הב' לסה"נ, סתמו תושבי היישוב את בורות המים, ביטלו את המקווה וחצבו מערכת מסתור מתחת לבתי היישוב.
גודלה של מערכת המסתור — שבה שישה חללים לפחות וששולבו בה מקווה ושני בורות מים גדולים, כנראה ציבוריים — מעיד כנראה כי הייתה זו מערכת ציבורית ולא מערכת משפחתית. כיום מקובל כי חלק ממערכות המסתור שהתגלו בשטחם של יישובים יהודיים או סמוך להם, בגליל וביהודה, נחצבו בעת ההכנות למרד הגדול באמצע המאה הא' לסה"נ או בעת ההכנות למרד בר כוכבא באמצע המאה הב' לסה"נ (זיסו תשס"ב; שבטיאל תשע"ה). מספריו של יוסף בן מתתיהו עולה כי במרד הגדול התארגנו היישובים היהודיים בגליל ומרדו ברומאים, ומכאן אפשר להניח כי רבות ממערכות המסתור בגליל הן עדות להכנות למרד זה. עם זאת, רק מעט מערכות מסתור בגליל נחפרו ונחקרו באופן שיטתי, ועל כן זמנן של רוב המערכות בגליל אינו ידוע.