בחפירה נחשפו שרידי יישוב המתוארך בעיקר לתקופות העבאסית והפאטימית שלא היה מוכר עד כה. האתר נרשם בסקר במאה הי"ט כנבי זכרייה (Conder and Kitchener 1880: Sheet XIV). שֵם האתר מתייחס למבנה (מקאם) שהוקדש לדמות דתית — אביו של יוחנן המטביל — הנערצת על ידי האוכלוסייה המוסלמית המקומית. מבנה זה תואר על ידי קונדר וקיצ'נר (Conder and Kitchener 1882:358) כ'קובאה קטנה' או מבנה רבוע קטן.
האתר משתרע בראש גבעה, והוא אחד מקבוצת אתרים בגבעות מודיעין, ובהם למשל חורבת כלח, ששכנו מצפון ומדרום לדרכים עתיקות שהובילו ממישור החוף לכיוון ירושלים. בסקרים ובחפירות שנערכו בעבר בסביבת האתר נחשפו שתי מערות קבורה מהתקופה הרומית הקדומה (ראם 2008), מערת קבורה מהתקופה הרומית המאוחרת מצפון לו (שביט 2014: אתר 149; Clermont-Ganneau 1896:354–358 ) ושרידים מהתקופה הביזנטית: מאגר ותאי נזירים ובהם צלבים חרותים וגרפיטי נוצריים מצפון לאתר (שביט 2014: אתרים 147, 148); בפטיסטריום גדול דמוי צלב ובו כתובת בחורבת כלח (Guérin 1875:53; Conder and Kitchener 1882:321–322; Bagatti 2002:205–206; הפריט נגנב ואותר לאחרונה על ידי ע' רוטשטיין וא"ש טנדלר ונמסר לאוצרות המדינה); ומנזר כפרי ממערב לחורבה שנחפר לאחרונה על ידי ד' מסארווה (הרשאה מס' A-7765). שרידים אלה מלמדים כי באזור שכן יישוב נוצרי נרחב, והם הובילו להנחה כי עיקר השרידים באתר מתוארכים לתקופה הביזנטית (למשל, ראם 2008; שחר 2017)
 
בחפירה נחשפו שרידי יישוב מתוכנן ובנוי היטב בשטח של כ-3500 מ"ר, שהוקם בתקופה העבאסית. החפירה נערכה רק בקטע אחד של יישוב זה, הנמשך לכל הכיוונים מעבר לשטחים שנחפרו. השרידים האדריכליים כוללים מבנים גדולים צמודים, לרוב עם קירות משותפים, ובהם הובחנו 63 יחידות (איור 2). במבנים התגלו רצפות פסיפס (איור 3) ובסיסי קשת מרובעים (איור 4). כן נחשפו שלושה בתי בד (איור 5), מחסנים, כבשן סיד (איור 6) ובורות מים (איור 7), וכן מכלולים עשירים של ממצאים קטנים.
בשרידי היישוב זוהו שלוש שכבות יישוב (II–IV), המתוארכות למן התקופה העבאסית עד התקופה הממלוכית; בסוף התקופה הממלוכית ותחילת התקופה העות'מאנית שימש האתר כשדה קבורה (שכבה I).
 
שכבה IV (התקופה העבאסית). שלב הבנייה הקדום ביותר ברוב המבנים תוארך למאה הט' לסה"נ. המבנים נבנו ישירות על הסלע, ומתחתם לא התגלו שכבות קדומות. הקמת המבנים הייתה הדרגתית, והם השתנו במהלך המאות הט' והי' לסה"נ גם בתקופה הפאטימית. קירות המבנים נבנו מפן חיצוני של אבני גזית גדולות שלוכדו בשכבת טיט דקה ופן פנימי של אבנים קטנות וטיט שטויח בטיח לבן (איור 8). רצפות המבנים עשויות עפר מהודק מעורב בגיר כתוש, פסיפס לבן או מרצפות אבן. ברוב המבנים התגלו בסיסי קשת מרובעים, ובחלקם התגלו בחנים חיצוניים. אלה היו במקרים מסוימים חלק מהבנייה המקורית, ובאחרים נוספו הקשתות והבחנים בשלבים מאוחרים כדי לחזק את המבנים, אולי בעקבות רעידות אדמה.
 
שכבה III (התקופות הפאטימית והצלבנית). במהלך המאה הי"א לסה"נ נבנו מחדש מבנים שקרסו, ומבנים חדשים נבנו מעל שכבת מפולת מסיבית המיוחסת לשתי רעידות אדמה בשנים 1033 ו-1068 לסה"נ (איור 5). מקצת המבנים המשיכו לשמש בתקופה הצלבנית (המאה הי"ב לסה"נ).
 
שכבה II (התקופות האיובית והממלוכית). במהלך המאות הי"ג והי"ד לסה"נ הוקמו כמה מבנים. התגלו שרידי מבנה עם חצר ושרידי בנייה נוספים מקוטעים (איור 9). נראה כי צפיפות האוכלוסייה בחלק זה של האתר פחתה במהלך תקופה זו.
 
שכבה I (סוף התקופה הממלוכית–תחילת התקופה העות'מאנית). התגלה בית קברות המתוארך לסוף המאה הט"ו לסה"נ, ובו 64 קברי ארגז בכיוון מזרח–מערב שנכרו לתוך השכבות הקדומות (איור 10). הקברים דופנו באבנים או שהם נכרו צמוד ליסודות קירות של מבנים קדומים; הם כוסו בלוחות אבן. הנקברים הונחו בקברים כשראשם בצד מערב.
 
יישוב בלתי מוכר זה שנחשף בחורבת זכריה, המתוארך בעיקר לתקופות העבאסית והפאטימית, מעשיר את הידע שלנו על דגמי ההתיישבות בגבעות מודיעין בתקופות אלה. במחקר קודם תוארה באזור התיישבות דלילה בתקופות אלה (קדר 34:2014), אולם תוצאות החפירה שוללות הבחנה זו. הן האדריכלות והן הממצאים הקטנים מעידים על קהילה גדולה ומשגשגת. שרידים אדריכליים דומים התגלו ביישוב מרוחק מעט בן אותה תקופה שנחשף במשמר דוד (ינאי 2014). זהותם הדתית של תושבי היישוב נותרה לא ברורה. על סמך שרידים מהתקופה הביזנטית הסמוכים לאתר ומלמדים על אוכלוסייה נוצרית באזור, ייתכן כי גם תושבי יישוב זה היו נוצרים, אך אין הוכחות חד משמעיות המאפשרות לקבוע אם הם היו נוצרים או מוסלמים. ייתכן גם שהיישוב היה הטרוגני.