החלק הדרומי. נחפר חדר (L500; איור 3) שצורתו מלבן לא סדור, וקירותיו (W8 ,W4 ,W2 ,W1) אינם בנויים באחידות. קיר 8 (1.2 מ' רוחב), הקיר החיצוני הדרומי של בית כנסת, שנחשף כבר בחפירתו של קלונר, מסיבי יותר ובנוי מאבנים מהוקצעות בגודל בינוני–גדול בפניו ומאבני שדה קטנות בליבה. קיר 2, הניגש אליו, בנוי מאבנים מהוקצעות ומסותתות בגודל בינוני בפניו ומאבני שדה קטנות בליבה. קיר 1 נבנה בפן הצפוני מאבנים מהוקצעות, גדולות יותר מאלו שבקיר 2, ובפן הדרומי מאבנים קטנות יותר, חלקן אבני שדה. קיר 4 נבנה בעיקר מאבנים מסותתות בגודל בינוני–גדול, ובמרכזו פתח הכניסה לחדר (0.75 מ' רוחב) שלו סף כניסה מאבן. רוחב קירות 1, 2, ו-4 אחיד (0.65 מ'). בפינה הדרומית-מזרחית של החדר, צמוד לקירות 4 ו-8, נחשף מתקן (L505), התחום בקיר מתעגל (W6), ובתוכו נמצאו שרידי פיח; נראה כי שימש לבישול או לפעולה אחרת הקשורה באש. החפירה נעצרה במפלס של מפולות עשירות בשברי קנקנים ורעפים (טגולה ואימברקס); הרצפה לא נחשפה, אך נראה שהייתה נמוכה יותר מסף הכניסה. על פי מידע מהחפירות הקודמות במבנה (קלונר, מידע בעל פה) יש לשייך את החדר הזה לשלב הבנייה מן המאה הז' לסה"נ, ואילו את המתקן שבתוכו — לשלב מאוחר יותר במאה הח' לסה"נ, עדות לשימוש משני בחלל זה בתקופה האסלאמית הקדומה, כשבית הכנסת כבר לא היה בשימוש.

צמוד לחלק הדרומי של קיר 4 ממזרח נחשף קיר (W3; איור 4) שנבנה מפן מזרחי של אבנים מהוקצעות בגודל בינוני שממערב לו אבני שדה קטנות. קיר 3 נראה כמו תוספת לקיר 4, אך קשה לקבוע את מהותה; אולי הוא קשור לבור מים שנמצא כ-1.3 מ' מצפון-מזרח לו, ואולי היה זה משטח עבודה או ספסל. מצפון לחדר 500 נמצא מעין מסדרון (L501) תחום בקירות (W1 ו-W7), המקשר בין החדרים בפינה הדרומית-מערבית של בית הכנסת לבין האזור המזרחי. החפירה עצרה במפולות (איור 5) והרצפה לא נחשפה. קיר 3 והמפולות שנמצאו במסדרון 501 מיוחסים לשלב המאוחר של מבנה בית הכנסת (המאה הז' לסה"נ).
 
החלק המזרחי. מצפון לפתח הכניסה של בית הכנסת נחפרו שני חדרים צמודים (L506 ,L502). שניים מקירות חדר 506 (W10 ,W9) מוכרים עוד מחפירתו של קלונר. קיר 9 נבנה מאבנים מסותתות ומהוקצעות בגודל בינוני–גדול בשני פניו ומאבנים קטנות ובינוניות בליבה. קיר 10 שמצפון לו מסיבי גם הוא, אך בנייתו פחות סדורה — שילוב של אבנים מהוקצעות בינוניות וגדולות ואבני שדה. הקיר הפנימי של החדר (W11) בנוי משורה אחת של אבנים מהוקצעות בגודל בינוני ומאבנים קטנות. בקיר הדרומי (W12) של חדר 506 נחשף סף כניסה מאבן; נראה שהכניסה לחדר הייתה דרך מדרגות הכניסה לבית הכנסת (איור 6). נראה שהמילויים שנחפרו בתוך החדר היו מתחת לרצפתו, שכן לא נמצאה מדרגה מצפון לסף הכניסה—שיכולה הייתה להעיד על רצפה נמוכה ממנו—ומכיוון שמתחת לקיר 10 נחשף קיר נוסף (W20), כנראה יסוד או קיר קדום. בחדר 502 לא נערכה חפירה לעומק; הוא רק פולס ופני הקירות נוקו. לא זוהה פתח כניסה לחדר, עדות לכך ששני החדרים היו גבוהים בהשוואה למפלס שמחוץ להם. על פי מסקנות החפירה הקודמת יש לשייך חדרים אלו למאות הו' והז' לסה"נ.
מדרום לכניסה למתחם בית הכנסת נחפר אזור שחלקו לא נחפר בעבר (איור 2; מסומן במלבן אדום). נחשף קיר (W18), המשך הקיר המזרחי של בית הכנסת, שנבנה מאבנים מהוקצעות בגודל בינוני וגדול ומליבה של אבני שדה קטנות ובינוניות. הפן המזרחי של הקיר נשדד ברוב השטח שנחפר, וכל שנותר הוא תעלת שוד (L512). ממערב לקיר ובניצב לו נתגלו שרידי קירות (W22 ,W21), המעידים על חדרים בחלקו המזרחי של בית הכנסת. בשל מגבלות החפירה לא נחשף המשכם של הקירות ושל הרצפות. החפירה הגיעה עד שכבת מפולת (L516), שנמצאו בה עמודים, כותרות, ובסיסי עמודים.
צמוד לפן המערבי של קיר 18 נחשף קיר (W19; איורים 2: חתך 1–1; 7) בנוי מפן מערבי של אבנים מהוקצעות בינוניות–גדולות שממזרח להן אבני שדה קטנות. הקיר אינו אחיד בבנייתו, שלא כמו שאר קירות בית הכנסת, והוא ניצב על הצטברות עפר שבסיסה גבוה מראשו של קיר 22 שנחשף ממערב לו (איור 8). אף שברור שקיר 19 מאוחר לקיר 18, קשה לקבוע את מהותו מאחר שהשתמר לגובה נדבך אחד (0.4 מ') בלבד. נראה כי המשכו לצפון נחפר ופורק בחפירות הקודמות. הקיר נמשך דרומה, וכנראה קשור לקירות המאוחרים שנבנו בפינה הדרומית-מזרחית של בית הכנסת, כנראה בתקופה האסלאמית הקדומה.
ממערב לקיר 19 נמצאה שכבת מפולת(L511) הקשורה כנראה לבנייה מהתקופה האסלאמית הקדומה (המאה הח' לסה"נ) מעל שכבת המפולת 516 של בית הכנסת. מתחת לשכבת מפולת 511 לא נמצאה רצפה, אלא שכבת מילוי שהפרידה בין המפולת הזו לבין מפולת 516. בשכבת מפולת 511 נמצאו חרסים המתוארכים לתקופה האסלאמית הקדומה: ספלים (איור 1:9, 2), קערות (איור 3:9, 4), קדרה (איור 5:9), קדרת בישול (איור 6:9), פכי בישול (איור 7:9, 8), מכסה (איור 9:9), קנקנים (איור 1:10–5) ורעפים (איור 6:10, 7).
 
החפירה, שנועדה ללוות את שימור האתר, עסקה בעיקר בניקוי חדרים בבית הכנסת וביצירת משטחים מפולסים בתוכם שיאפשרו ביקור באתר. החפירה לא נועדה להעמיק עד לרצפות מתקופת הפעילות של בית הכנסת, אלא נערכה במילויים מהתקופה האסלאמית הקדומה ובין המפולות בחדרים. עם זאת נחשפו בחפירה קירות אחדים.
באזור המזרחי של בית הכנסת נחשף קטע של הקיר המזרחי של המבנה, שלא נחפר בעבר (W18), ונמצאו קירות אחדים בכיוון מזרח–מערב, המעידים כנראה על חדרים בחלק זה של בית הכנסת. מעל שרידים אלה וצמוד לקיר 18 נבנה קיר מאוחר הקשור כנראה לקירות המאוחרים בפינה הדרומית-מזרחית של בית הכנסת.