בחודש אפריל 2002 נערכה חפירת בדיקה בכפר ג'נס ('מתחם פז'; הרשאה מס' 3622-A*; נ"צ —רי"ח 19122/65585; רי"י 14122/15585; ר' חדשות ארכיאולוגיות 113: 98-93). החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון חברת פז, נוהלה על ידי י' זלינגר, בסיועם של ר' אבו-חלף (מנהלה), ו' אסמן וו' פירסקי (מדידות ושרטוט), א' קמייסקי (רפאות), י' קופרשמידט (מעבדת מתכת), מ' רפפורט (ציור חרסים), ד"צ אריאל (מטבעות) וי' גורין-רוזן (זכוכית).
שטח החפירה ממזרח לנמל התעופה בן-גוריון, סמוך למתחם התעשייה האווירית. בחתכי בדיקה שנעשו בעזרת כלי מכני הובחנו שרידים קדומים בכמה מקומות. נפתחו שלושה וחצי ריבועים (איור 1) במטרה לקבוע את עומק השרידים, תאריכם והיקפם. הממצאים העידו כי במקום היה יישוב בתקופה האסלאמית הקדומה, אולם השטח המצומצם שנחפר לא אפשר לקבוע את אופי האתר ואת שטחו.
ריבוע A2. בחציו הדרומי של הריבוע נחשף קיר (0.7 מ' רוחב, 0.5 מ' גובה השתמרות; W502; איור 2), החוצה את הריבוע ממזרח למערב. הקיר בנוי משני פנים: בפן החיצוני (הצפוני) האבנים גדולות ורבועות, ובפן הפנימי (הדרומי) האבנים קטנות ואחוזות יחד במלט. חלק מהאבנים הגדולות נשדד בתקופות קדומות לשימוש משני או אולי נעקר בחריש מודרני. אל צדו הפנימי של הקיר (הפן הדרומי) צמודה אומנה רבועה (0.5 x 0.5 מ'), אולי בסיס לקשת. כמה אבנים שטוחות שנמצאו סמוך לאומנה מעידות אולי על רצפת המבנה, אך שטחה המצומצם של החפירה לא אפשר לברר זאת.
על פי ממצא כלי החרס (איור 3: 1, 6) יש לתארך את השרידים – ככל הנראה חלק ממבנה גדול יותר – לתקופה האסלאמית הקדומה (המאות הח'-הט' לסה"נ). מצפון למבנה היה בור אשפה (לוקוס 505), שבו נמצא סיר בישול מהמאות הט'-הי"א לסה"נ (איור 3: 3) וכן מטבע (ר"ע 107715) מן התקופה הרומית המאוחרת (395-383 לסה"נ). על פני השטח נמצא מטבע נוסף (ר"ע 107714) המתוארך לימי ולנטיניאנוס הב' (383 לסה"נ).
ריבוע E4 נחפר רק בחציו הצפוני. בעומק 0.4 מ' נחשפה שכבה של אבנים קטנות מלוכדות בחומר מליטה לבן. בקצה הצפוני של הריבוע, בבדיקה שנעשתה בעזרת כלי מכני, נחתכה והופרעה השכבה, אך בחתך ניתן היה להבחין בשכבת אפר דקה המציינת מפלס חיים מעל שכבה זו.
ריבוע H2. בכל שטח הריבוע, למעט בתוואי תעלת הבדיקה שבמרכזו, נחשפה שכבת אבנים (לוקוס 504), הנראית כתשתית רצפה. מעליה נמצאו שברי כלי חרס רבים המתוארכים למאות הט'-הי"א לסה"נ (איור 3: 4, 7). החפירה נמשכה מתחת לשכבה זו ברבע הצפוני-מזרחי של הריבוע, עד לעומק של 1.2 מפני השטח (לוקוס 509). הממצא כלל שברי כלי חרס (איור 3: 2, 5), טבעת זכוכית שלמה (ר"ע 2005-36; איור 3: 8) ומטבע ממלוכי (פלס; ר"ע 107716) מן המאה הי"ד לסה"נ.
ריבוע P5. הריבוע בגבולו הדרומי-מזרחי של השטח. בעומק של 0.3 מ' נחשפו אבני בנייה רבות וכן שברי כלי חרס ושברי זכוכית, אולם בשל קוצר הזמן לא ניתן היה לקבוע אם היו במקום שרידים אדריכליים.