שטח D (איורים 2, 3)
נחשפו הצטברויות אדמה שהכילו חרסים רבים ממגוון תקופות. לא נמצאו שרידים אדריכליים, מלבד קטע של קיר אבן בפינה הדרומית-מערבית שלא ניתן לתארכו. זוהו ארבע שכבות (IVI).
שכבה IV מתוארכת לתקופה הכלקוליתית. לא נמצאו שרידים אדריכליים אולם בשכבת הצטברות (L415) לידי שורת אבנים (L414) בקצה הצפוני-מזרחי של השטח נחשפו שברי קנקן ופריטי צור, בהם להבי מגל המאפיינים את תעשיית הצור הכלקוליתית. מתחת לשכבה זו נחשף מפלס של אלוביום חום צהבהב ללא חרסים האופייני לאזור.
שכבה III. תקופת הברזל נחשפה בצד המזרחי של הריבוע (L413 ,L407). בחתך שנעשה ברצפה מהתקופה הפרסית (L403; איור 4) נחשפה רצפה (L413) מחרסים ומאבנים קטנות שעליה חרסים אחדים מתקופת הברזל 1–2 באתרם. בפינה הצפונית-מזרחית של הריבוע (L407) נחפרה הרצפה הפרסית לתוך המפלס הברזלי, במיוחד בצד המערבי. לפיכך, ממצא מתקופת הברזל (407A) נמצא מעורב בממצא מהתקופה הפרסית (407B).
שכבה II מתוארכת לתקופה הפרסית. נחשף מפלס רצפה (L403) בצד המזרחי של הריבוע שנמשך מהקטע העליון של המדרון הדרומי לצדו הצפוני הנמוך. נמצאו חרסים ואבנים קטנות ובינוניות שהיו מכוסות ברובד דק של אדמה בהירה כבושה. הרצפה הייתה מונחת בברור מעל הרצפה הברזלית 413 בצד הדרומי של הריבוע, ואילו בחלקו הצפוני הנמוך, רצפה 403 הייתה חפורה לתוך המפלס הברזלי (L407). על רצפה 403 ועל מפלס הרצפה העליון בצד הצפוני-מערבי של הריבוע (L405) נמצא מגוון רחב של כלי חרס. 
שכבה I הלניסטית ובה רצפה מחלוקי נחל גדולים (L404) ששרדה רק בצפון-מזרח הריבוע אף כי נראה שכיסתה את כל השטח. מעל הרצפה נחשפו אמפורות ופכים שבורים. שנים של פעילות חקלאית ענפה בשטח גרמו להרס השכבה ולפיזור ועירוב נרחבים של כלי החרס, בעיקר על פני השטח.
 
שטח E (איור 5)
נחפר ריבוע יחיד (5.0×7.5 מ', 1.5 מ' עומק מרבי) ונחשפו סדרה של מפלסי אבנים וקיר
(W31). זוהו ארבע שכבות (VII) מעל מרבץ של רובד אלוביאלי חום צהבהב (0.35 מ' עובי), שדומה לרובד בשטח D.
שכבה IV מתוארכת לתקופת הברזל. נחשפה רצפת גיר כתוש (L324 ,L313) שהכילה חרסים רבים, בעיקר מתקופת הברזל 2. מתחת לרצפה נחשף רובד, שנראה בבהירות במחיצת הריבוע, עשיר בחרסים מתקופת הברזל 1 ומהתקופה הכלקוליתית.
שכבה III מתוארכת לתקופה הפרסית ובה שלושה שלבים. בשלב התחתון (L314 ;IIIc) נמצאו אבנים קטנות וחרסים מהתקופה הפרסית. השלב נחשף הישר מעל לשרידי הרצפה משכבה IV ואפשר שנעשה בה שימוש משני. השלב האמצעי (IIIb) כיסה את מרבית שטח הריבוע. רובו היה רצפה עבה של חרסים ואבנים קטנות (L310 ,L309; עובי 0.30–0.35 מ'; איור 6) שהכילה תערובת חרסים מהתקופות הפרסית וההלניסטית ובהם קבוצה גדולה של קערות מורטריה פרסיות וקנקנים לצד אמפורות הלניסטיות ופכים שמקורם בשכבה ההלניסטית שחדרה לתוך הרצפה הפרסית. רצפה 310 מיוחסת לשכבה III על סמך גובהה הדומה לזה של רצפות אחרות משכבה III ועל סמך החרסים בחלק מהשטח שהיו מהתקופה הפרסית בלבד. הלוקוסים האחרים תוארכו בוודאות לתקופה הפרסית. המפלס העליון (L317 ;IIIa) נחשף מתחת לקיר הלניסטי (W31) בצפון-מזרח הריבוע
(L307N). המפלס היה רצפת חלוקי נחל וסביבה חלוקים מוחלקים, אולי שטח פתוח (חצר?).
שכבה II תוארכה לתקופה ההלניסטית. נחשף קיר (W31; אורך 5.4 מ') שהשתמר לגובה נדבך אחד וקטע רצפה (L308) הניגשת אליו משני צדדיו. הובחנו גם חלקים אחרים של הרצפה (L307S ,L306 ,L304 ,L303 ו-L311) שכיסו את רצפות שכבה III. מעל רצפה 308 נמצאו כלי חרס רבים, בהם אמפורות מרודוס וקנידוס, קערות בסגנון 'West slope' וכלי חרס מקומיים.
שכבה I תוארכה אף היא לתקופה ההלניסטית. נחשפה רצפה מחלוקי נחל גדולים
(L301) בדרום השטח, שכיסתה על קיר 31.
 
הממצא
בשל האופי המופרע של השטח, חלק מהלוקוסים הכילו חרסים מעורבים.
תקופת הברונזה המאוחרת. שבר קערת חלב קיפרית נמצא בתשתית רצפה 307 מהתקופה הפרסית; אפשר שהשבר נסחף ממרומי התל.
תקופת הברזל. נמצא קנקן (איור 7: 1) דומה לטיפוס שמקורו באזור החוף הצפוני, פניקיה (סרפטה וצור); הקנקן מאוד אופייני לתל כיסון והוא מופיע בסוף תקופת הברזל 1. קנקן פערור (איור 7: 2) מיוחס לתקופת הברזל 2; הוא מופיע מסוף ברזל 2א' ונמשך לברזל 2ב'. על רצפה S307 מהתקופה הפרסית נמצא שבר חלק גוף עליון של צלמית עמוד, ללא הראש (איור 7: 3). השבר הוא מטיפוס AIII של הולנד (Holland T.A., 1977. A Study of Palestinian Iron Age Baked Clay Figurines, With Special reference to Jerusalem: Cave I. Levant 9:137) ומתוארך לתקופת הברזל.
התקופה הפרסית. נמצא מכלול עשיר מתקופה זו בשכבה II (שטח D) ובשכבות העליונות של שכבה III (שטח E). הקערה עם החיפוי השחור (איור 7: 4) היא טיפוס יווני מזרחי של קערות פסים שנמצא על התל ומתוארכת למחצית השנייה של המאה הה' לסה"נ (Mook M.S. and Coulson D.E. 1995. East Greek and Other Imported Pottery. In E. Stern. Excavations at Dor: Final Report, Vol. IB [Qedem Reports 2]. Pp. 93–94). קערות רבות מהתקופה הפרסית הן קערות מורטריה (איור 7: 5–7), הקערה הטיפוסית בתקופה הפרסית והיא מופיעה בשכבה 4 בתל כיסון (Briend and Humbert 1980: Pl. 31), לשכבה VII בתל קירי (Ben-Tor A. and Portugali Y. 1987. Tel Qiri: A Village in the Jezreel Valley [Qedem 24]. Fig. 3:1–12), לתל מיכל (Singer-Avitz L. 1989. Local Pottery of the Persian Period [Strata XI–VI]. In Z. Herzog, G. Rapp and O. Negbi, eds. Excavations at Tel Michal, Israel. Tel Aviv. Fig. 9.16:1, 2) ובשכבה VII בתל דור (Stern 1995: Fig. 2.2). בכל האתרים האלה קערת המורטריום מתוארכת לתקופה הפרסית. הקדרה (איור 7: 8) מאוד טיפוסית לתקופה זו. עוד נמצאו קנקנים רבים. לקנקן הטיפוסי כתף שטוחה (איור 7: 9–11) והוא שולט בשכבה 4 בתל כיסון וכן בשטחים D ו-E. טיפוס קנקן זה נמצא כמעט בכל האתרים בגליל ובמישור החוף שבהם חומר פרסי. הקנקן (איור 7: 12, 13) הדומה לטיפוס 1F (Stern E. 1982. Material Culture of the Land of the Bible in the Persian Period [586-332 B.C]. Jerusalem, pp. 104–105) פחות שכיח ותפוצתו מוגבלת למישור החוף, לשרון ולגליל. טיפוס הקנקן שלו ידית סל (איור 7: 14, 15) מוגבל לגליל ולמישור החוף, אבל מוכר מהחוף הפניקי (צור), מקפריסין ומרודוס; אפשר ששימש קנקן תעשייתי בסחר הימי שהתקיים בתקופה הפרסית.
התקופה ההלניסטית. כלי החרס מתקופה זו נמצאו באתרם על רצפות של שכבה I (שטח D) ושכבות II ו-I (שטח E). הקערות מחופות אדום (איור 8: 1–5) הן הדומיננטיות באתר, וכן באתרי חוף אחרים. הקערה שלה שפה מתעגלת פנימה, צורה דמוית חצי כדור וידיות צבוטות (איור 8: 1), היא הטיפוס השולט באתר, בתל וכן בתל דור (Guz Zilberstein B. 1995. The Typology of the Hellenistic Coarse Ware and Selected Loci of the Hellenistic and Roman Periods. In E. Stern. Excavations at Dor: Final Reports Vol 1B [Qedem Reports 2]. Pp. 289–290, Fig. 6.1:1–24). הקערות עם שפה נוטה חוצה (איור 8: 2, 3), המחופות אדום מזכירות את 'קערות הדגים'. עוד נמצאו קערה עם עיטור תבליט בתבנית (איור 8: 4) וקערה עמוקה (איור 8: 5) ממשפחת הקערות שלהן שפה הנוטה פנימה. קערה נוספת (איור 8: 6) עשויה בטכניקה של 'West slope'; העיטור הצבוע של קנוקנות ועלי קיסוס גליים בצדה הפנימי של הקערה הוא אחד משני סוגי עיטור המופיעים על קערות אלו, שבדרך כלל מעוטרות בתימורות טבועות במרכז ועיטור מקדה בשטח שבין התימורות לעיטור הצבוע.
נמצאו שלושה טיפוסים של כלי בישול: סירי בישול כדוריים (איורים 8: 7–10; 9: 1); מחבתות (איור 9: 2) ומגשי אפייה (איור 9: 3). שלושה טיפוסים אלה אופייניים למאה הב' לפסה"נ. הקנקן דמוי שק (איור 9: 4) הוא הטיפוס הנפוץ בתקופה ההלניסטית ומייצג מסורת ארוכה של קנקנים מקומיים מאזור החוף למן המחצית הראשונה של המאה הה' לפסה"נ ועד למחצית הראשונה של המאה הב' לפסה"נ בשכבה 2 בתל. טיפוס הקנקן הנפוץ באתר הוא האמפורה המיובאת (איור 9: 5–11) הכולל את אמפורת השולחן (איור 9: 5), קבוצה גדולה של אמפורות מרודוס ואמפורות אחדות מקנידוס. לאמפורות אלה צוואר מאורך וגבוה וידיות מזווות (איור 9: 6, 7). הבסיסים המחודדים הם מקנידוס (איור 9: 8), רודוס (איור 9: 9, 10) ואסיה הקטנה (איור 9: 11). נמצאו ידיות נושאות חותם (ר' נספח). כל האמפורות מתוארכות למאה הב' לפסה"נ.
הפכים הרבים (איור 9: 12–15), הקנקנית (איור 9: 16) ופכיות הכישור (איור 9: 17) מעידים על מגוון עשיר של כלי החרס הלניסטיים בתל כיסון.
שני טיפוסי נרות בני התקופה מוכרים מתל כיסון: נר אטי מיובא עשוי על אובניים (איור 9: 18) שזמנו מראשית המאה הד' עד המחצית השנייה של המאה הג' לפסה"נ ונר דיסקוס מחופה אדום (איור 9: 19), שזמנו המאה הא' לפסה"נ ונפוץ מאד בפניקיה, בסוריה ובארץ ישראל.
התקופות הצלבנית והממלוכית. נמצאו חרסים אחדים בלבד מעל הרצפות מהתקופה ההלניסטית, בהם שבר קערה (איור 9: 20) עם זיגוג מונוכרומי צהוב, התזות בצבע ירוק ועיטור מחורץ של sgrafito עם דגם של קו גלי. זמנה של הקערה למן המאה הי"ד עד למאה הט"ו לסה"נ; היא מופיעה במכלולים מאוחרים לתקופה הצלבנית אך לא במכלולים עות'מאניים. כלי אחר הוא סיר בישול (איור 9: 21) שלו זיגוג חום, פתח רחב ושפה מעובה ומרזבית והוא מתוארך למחצית השנייה של המאה הי"ג לסה"נ.
 
נמצאו חפצי אבן אחדים, בהם קערה קטנה (איור 10: 1) ששימשה לכתישת כמויות קטנות, כנראה תבלינים וכן כלי כתישה/שחיקה ובהם אבן מקבת (איור 10: 2), אבן שחיקה עגולה (איור 10: 3) ועלים גליליים (איור 10: 4), שנראה כי שימשו כלי כתישה בשילוב עם מכתשים צרים ועמוקים. כלי החיתוך (איור 10: 5, 6) נעשו מבזלת. לכלי הטרפזי (איור 10: 6) פן אחד שטוח ובוהק. חפצי האבן נחשפו בשכבות ההלניסטיות, I בשטח D ובשכבות II ו-I בשטח E.
נמצאו שלושה צדפים בלוקוסים מהתקופות הפרסית וההלניסטית. מקורם מהים התיכון ובשניים מהם יש חור ואולי שימשו חרוזים.
 
מכלול הצור
חמודי חלאיילה
 
החפירה שהסתכמה בשני ריבועים בלבד הניבה כמות מכובדת של פריטי צור (48=N), אך זוהו רק ארבעה כלים. נראה שהצור היה מקומי והופק מחומרי גלם מסביבת האתר. לרוב הפריטים קליפה גירנית על אחד מהפנים, ללא פטינה. רק בשני פריטים יש פטינה כפולה שאפשר אולי לשייכה לפריטי צור מוסטריים.
רוב הפריטים נעשו מחומר גלם באיכות בינונית שהיה בולבוס צור אפור בהיר וחום ושימש להפקת נתזים וכלי נתזים. הבולבוסים הכילו גריסי גיר שלא אפשרו את ניצולם המרבי. זוהו שלושה גרעינים; הם עוצבו מבולבוסים גדולים אבל נוצלו עד תום כך שקיבלו צורה אמורפית. בשלושת הגרעינים ניכרים צלקות של נתזים קטנים והם נועדו כנראה להפקת נתזים, במיוחד בפעילות סיתות אד-הוק.
ארבעת הכלים כללו שלושה להבי מגל ונקר אחד. אחד מלהבי המגל הוא שבר של להב מגל כנעני. בפסולת לא נמצאו חפצים כנעניים, לפיכך נראה שלהב המגל הכנעני הגיע לאתר כמוצר מוגמר. שני להבי המגל האחרים עוצבו על להבים קצרים ודקים. שניהם קטומים ובעלי גב. להבי מגל מסוג זה אופייניים לתעשייה הכלקוליתית. הנקר הוא מטיפוס דיאדרלי ונעשה על בלנק רחב.
הכלים המעטים שנמצאו בשטח E שכבה IV ובשטח D שכבה III מציגים מגוון של תקופות ורמה גבוהה של עירוב. הסבר אפשרי לכך הוא מיקום הריבועים בתחתית המדרון, שם הצטברו פריטים משלבי חיים אחדים באתר.
 
למרות השרידים הדלים, נחשפו מפלסי רצפות לרגלי התל. כלי החרס המעטים מעל מפלס הרצפה מתקופת הברזל מתוארכים לסוף ברזל 1 ולברזל 2 – תקופת נסיגה ודלדול של העיר. גם בשכבות 6–8 מתקופת הברזל בתל הובחנו שפל ובנייה עלובה ושימוש משני במבנים משכבה 9 (ברזל 1ב').
רמזים לתופעה זו מופיעים במקרא, אם אכן תל כיסון הוא חלק מ'ארץ כבול' (מלכים א' ט' 11–13) ואחת מהערים שנתן המלך שלמה לחירם מלך צור.
לתקופה הפרסית שייכים מפלסי רצפה אחדים וכמות גדולה של כלי חרס, בהם כלי חרס יווניים מזרחיים מיובאים וכלי אבן, המעידים על פעילות לרגלי התל סמוך לשדות. ראוי לציין שגם שכבה 3 בתל הצטיינה במגוון גדול של כלי חרס.
היישוב ההלניסטי באתר הרס חלק ממפלסי הרצפה הפרסיים והשתמש באחרים. כלי חרס אטיים וידיות אמפורה עם טביעות חותם מרודוס וקנידוס מעידים על קשרים ענפים עם העולם היווני הארכאי והקלסי וכן עם העולם ההלניסטי בכללו.
כלי החרס מהמאות הי"ג–הט"ו לסה"נ מייצגים את סוף התקופה הצלבנית וראשית התקופה הממלוכית, אך אין בהם די כדי להעיד על יישוב באתר בתקופות אלה.