נחשפו קירות ויסודות מארבעה שלבים, הקשורים כנראה כולם לבניית הכנסייה בסוף המאה הי"ט ולשיפוצים שנערכו בה (איורים 3, 4).

מהשלב המאוחר נחשף יסוד של קיר בטון מודרני לכל אורך הפאה הצפונית של שטח החפירה. הקיר נבנה בשנות החמישים של המאה הכ' כדי לתמוך בתוספת בנייה מצפון לכנסייה. תעלת היסוד (L102) של הקיר נחפרה עד לתחתיתה. שלושת השלבים הקדומים יותר הם כנראה שלושה שלבים טכניים של בניית הכנסייה בשנות ה-80 של המאה הי"ט. המאוחר שבהם הוא קיר האבן של האפסיס הצפוני של הכנסייה, שהיה חשוף כולו ורק יסודותיו (W12; להלן) נחפרו. קיר האפסיס נבנה על גבי קיר שכיוונו צפון–דרום (W10; אורך 2.2 מ', רוחב 0.4 מ', גובה כולל היסוד 1.60–2.33 מ'; איור 5), והשתמרו ממנו שלושה נדבכי יסוד וארבעה נדבכים של אבנים מסותתות גדולות (0.40 × 0.40 × 0.44 מ' גודל ממוצע). שני הנדבכים העליונים היו חשופים מעל פני השטח,ועליהם שרידי טיח עם חריטות היוצרות דגם דמוי אידרה. נדבך היסוד העליון בולט מזרחה מקו מתאר הקיר. קיר הבטון המאוחר חותך את הנדבכים העליונים בקצהו הצפוני של קיר 10, וניגש לנדבכי הקיר התחתונים. תעלת היסוד של קיר 10 (L106) לא נחפרה לכל עומקה. הקצה הדרומי של הקיר נבנה על גבי קיר מתעגל (W12; אורך 1.35 מ', רוחב 0.32 מ', גובה 0.9 מ'; איור 7), שהשתמר לגובה ארבעה נדבכים, הבנויים אבני גוויל בינוניות (0.11 × 0.15 × 0.19 מ' בממוצע). קיר 12 הוא כנראה יסוד האפסיס הצפוני של הכנסייה משלהי המאה הי"ט. היסוד לא נחשף לכל עומקו, אך לצדו נחשפה תעלת היסוד שלו (L105), ועם בנייתו מולאה בעפר ובאבנים בינוניות. חשיפת מתארו המעוגלשל קיר 12 מעידה כי התיעוד של ונסן ואבל, לפיו הקיר התוחם את האפסיס הצפוני היה ישר (ר' איור 2), שגוי וכי היה מעוגל (איור 6).

הממצא הקרמי מהחפירה (לא צויר) כולל בעיקר שברי כלי חרס מן המאות הי"ח–הי"ט לסה"נ, לרבות קערות גדולות עשויות ביד, קנקנים ופכים, ובהם פך מסננת. כמו כן נחשפו שברים רבים של לבנים ועליהן חומרי מליטה שונים, כנראה מבית המרחץ העות'מאני, חמאם אל-סולטאן, שעל שרידיו נבנה חלק מהכנסייה במאה הי"ט. במילויים ובתעלות היסוד נחשפו, נוסף על הממצא המתוארך לתקופה העות'מאנית, שברי כלי חרס מהתקופה הממלוכית. הממצא כולל קערות, בהן קערה בזיגוג ירוק, ושברי קנקנים גסים, שאחדים מהם צבועים בדגמים הנדסיים. הממצא מתעלת היסוד של קיר 10 (L106) יוצא דופן, שכן הוא הכיל ממצא מעורב מתקופות אחדות. הממצא כולל, בין היתר, קנקן מימי הבית השני, שברי רעפים ביזנטיים וקערה מטיפוס FBW, האופיינית לראשית התקופה האומיית.
נמצאו כעשרה שברים קטנים של כלי זכוכית, שחלקם אופייניים לתקופה הביזנטית, ביניהם שפה מעוגלת של בקבוק או של גביע יין, המעוטרת בחוטים דקים (L100); שבר רגל של גביע יין (L101); ושבר בית פתיל של נר (L105). השברים מתעלת יסוד 106 טיפוסיים לשלהי התקופה הביזנטית ולראשית התקופה האומיית, וכוללים שפה מעוגלת, כנראה של כוס או של קערה; שבר שפה של גביע יין המעוטר בחוטים דקים על השפה ומתחתיה; ושבריר גוף שעליו כנראה צביטה.
נחשפו שלושה מטבעות מסוג Mangir עשויים נחושת שנטבעו במצרים. שניים (L104; מס' ר"ע 147097, 147098) מתוארכים לימי הסולטן העות'מאני מחמד הג' (1595–1603 לסה"נ); את המטבע השלישי אי אפשר היה לזהות.
 
לפי השתכבות השרידים נראה כי לבניית הכנסייה בשלהי המאה הי"ט שייכים שלושה שלבים טכניים, הכוללים את בניית יסוד האפסיס ((W12, בניית קיר 10 על יסוד האפסיס ובניית הפן החיצוני של האפסיס הצפוני.