בחודש מאי 2014 נערכה חפירת הצלה בכפר כנא (הרשאה מס' 7123-A; נ"צ 232425/739250), לאחר שנגרם נזק למערה במהלך עבודות עפר במגרש פרטי. החפירה, מטעם רשות העתיקות, נוהלה על ידי י' אלכסנדר (מדידות, סרטוט וצילום), בסיוע ד' פורוצקי (תכנית).
המערה שניזוקה — מערת קבורה מהתקופה הרומית הקדומה — נמצאת במדרון סלע גיר מעל גרעין כפר כנא ממזרח וממערב לג'בל ח'וויח'ה. בתחום כפר כנא התגלו אתרים מתקופות קדומות רבות (לסיכום החפירות הקודמות בכפר כנא, מפה כללית והפניות, ר' אלכסנדר 2013). בחפירות שנערכו בג'בל ח'וויח'ה עצמו, במרחק 0.5 ק"מ ממזרח למערה, התגלו מערות קבורה רבות וכמה מתקנים חקלאיים מהתקופה הרומית, וכן מערכת מסתור תת-קרקעית מהתקופה הרומית הקדומה. במרחק של כ-100 מ' מצפון-מערב למערה התגלו מערות קבורה שנפגעו לפני זמן רב; שרידיהן ניכרים בחציבה לאורך כביש. במרחק של כ-200 מ' מדרום-מזרח למערה התגלו שרידים דלים של מבנים מתקופות הברזל, ההלניסטית והרומית.
נחפר שטח מצומצם מהמערה (1.5 × 4.0 מ'; איורים 1, 2), שכן רוב שטחה משתרע מחוץ לגבולות המגרש ומתחת לבית השכן. נראה כי שטח החפירה נמצא ליד פתח המערה, שניזוק בעבר. הוסרה שכבת אדמה (0.8 מ' עובי) שהעמיקה עד לקרקעית סלע הגיר המוחלקת של המערה. החלק העליון של השכבה (0.3 מ' עובי) הופרע בימינו, ואילו החלק התחתון של השכבה (0.5 מ' עובי) כולל אדמה חומה-אדמדמה, דחוסה יותר, ובה מעט שברי עצמות וחרסים קטנים מהתקופה הרומית הקדומה (לא צוירו).
שרידים דלים אלה של מערת קבורה מהתקופה הרומית הקדומה, בנוסף כנראה על שרידי מערות הקבורה הסמוכות, הם חלק מבית קברות של בית חווה מהתקופה הרומית שהשתרעה במרחק כ-200 מ' ממזרח למערה. לחילופין, אפשר שהם קשורים לאתר מהתקופה הרומית בג'בל ח'וויח'ה, המרוחק כ-0.5 ממזרח למערה.