עונת 1999
נחפרו שישה ריבועים (5–1, 10) באזור המבנה מן התקופה הממלוכית שנחשף בעונה הקודמת (1998). הובחנו שלוש שכבות בנייה, מהן שתיים מהתקופה הממלוכית (II ,I) ואחת מהתקופות הביזאנטית–האסלאמית הקדומה.
 
שכבה I (התקופה הממלוכית). סמוך לפני השטח התגלו שרידים דלים של קירות, שנבנו ברישול מאבני גיר, בקווים לא ישרים. הקירות השתמרו לגובה 2-1 נדבכים ואינם יוצרים תוכנית ברורה. אל הקירות ניגשים קטעי רצפות מאבנים קטנות ובינוניות. כך התגלו טבונים רבים. באחד הריבועים נחשפו חמישה טבונים, שלושה מהם חפורים אחד אל תוך השני (איור 1). הממצא הקיראמי מתוארך לתקופה הממלוכית, וכולל בין היתר שני כלים לרפאות: קנקן ואגן גדול של ידיות ובסיס שטוח ששוקע אל תוך ראש קיר משכבה II. על פני השטח ובשכבה I התגלו כמה מטבעות מן התקופה הממלוכית.
 
שכבה II (התקופה הממלוכית). זוהי השכבה העיקרית באתר ובה הובחנו שני שלבים. לשלב הקדום שייכים שרידי מבנה גדול ומתוכנן היטב, שנבנה מאבני גיר (0.7–0.6 מ' רוחב הקירות). המבנה כולל מרחב מבוא, חדר גדול וחצר (כ-7 מ' רוחבה). בחצר התגלה בור מים שלו פתח רבוע והוא מלא בשפכים (איור 2); הוא לא נחפר בשל סכנות התמוטטות. בקירות המבנה נקבעו פתחים בהם אבני סף מסותתות היטיב, ובהן פותות לצירי דלתות ושקעים לבריחים. ליד אחד הפתחים התגלו חלקי מנעול מברזל. רצפות המבנה עשויות ברובן מטיח לבנבן. על רצפות החדר הגדול התגלו שרידי עצים מפוחמים, המעידים על שריפה.  הממצא מן המבנה מתוארך לתקופה הממלוכית, וכולל שברי כלי חרס, בהם פכים, קערות בישול וסירי בישול, גביע זכוכית מעוות ומסמרי ברזל רבים. ראוי לציון שבר של חפץ גדול מברזל, שלו קת עץ שרופה, ששימש אולי לחקלאות.
 
בשלב המאוחר המשיך המבנה להתקיים ונערכו בו שינויים, בהם חלוקת החדר הגדול לשניים באמצעות קיר אבן, חסימת כניסות והגבהת רצפות. הרצפות בשלב זה עשויות בחלקן מאבנים ובחלקן מטיח. לשלב זה מיוחס מיתקן עגול קטן, ובו פך שבור שבתוכו התגלה גוש של חפצי ברזל שעברו בליה, הכולל מסמרים, טבעת ופרסה. השימוש בחצר ובבור המים נמשך בשלב זה ללא שינויים.
 
שכבה III (התקופה הביזאנטית והאסלאמית הקדומה). בבדיקות שנערכו מתחת לרצפות שכבה II נחשף מילוי עבה מאוד של אדמה חומה כהה, קשה, ובו מעט שברי כלי חרס מעורבים מן התקופות הביזאנטית והאסלאמית הקדומה. במקום אחד התגלה  קטע קטן של רצפה עשויה חלוקים, ועליה מילוי אדמה הכולל כמות גדולה של שברי כלי חרס וכמה מטבעות ברונזה מהמאות הג'-הד' לסה"נ.
 
עונת 2000
נחפרו 18 ריבועים (A-R), מרביתם ממערב למבנה מן התקולפה הממלוכית. הם יתוארו ממזרח למערב.
 
ריבועים M-R נמצאים באזור המבנה מן התקופה הממלוכית, והתגלה בהם שיכוב התואם לזה שהתגלה בעונות הקודמות, לשכבה I שייכים טבונים ושרידי קירות דלים,
חלקם בקווים לא ישרים, שהתגלו בסמוך לפני השטח. כן התגלה קיר אחד רחב וארוך (כ-20 מ' אורך חשיפה). אל הקירות ניגשות רצפות עשויות אבנים קטנות. הממצא הקיראמי מתוארך ברובו לתקופה הממלוכית ומקצתו לתקופה העות'מאנית. קירות שכבה I נבנו הישר על קירות שכבה II, ולעתים נעשה שימוש בקירות שכבה II. כיוון הקירות בשתי השכבות דומה, ונראה כי בין שכבה I לשכבה II מפריד פרק זמן קצר.
 
לשכבה II שייכים שרידי חדר (כ-7 מ' רוחב) מהמבנה הגדול המתוכנן היטב מן התקופה הממלוכית שהתגלה בעונות הקודמות (איור 3). במרכז החדר התגלה בסיס עמוד גדול, רבוע. בחדר זה התגלו שרידי קשת לתמיכת התקרה, שהתמוטטה ואבניה נפלו בקו ישר בין בסיס העמוד לבין אחד הקירות. בעונה זו לא התגלו בשכבה זו שברי כלים הניתנים לרפאות, וכן היה קשה להבחין בשלבי משנה במבנה. הממצאים בשכבה מתוארכים לתקופה הממלוכית.
 
החפירה העמיקה לשכבה III רק בכמה נקודות בדיקה מתחת למבנה הגדול מהתקופה הממלוכית. התגלה רק מילוי אדמה עמוק ללא שרידי בנייה, ובו ממצא קיראמי מעורה מן התקופות הממלוכית והאסלאמית הקדומה.
 
ריבועים M-N  נמצאים צמוד למבנה הגדול המתקופה הממלוכית ממערב. הממצא העיקרי הוא כבשן סיד עגול מלא באבנים שרופות בחלקן ומפוררות. בתוך הכבשן התגלו מעט שברי כלי חרס מן התקופה הממלוכית. ייתכן כי הכבשן מאוחר לשכבה II, ורק נשרפו בו אבני בנייה מן המבנה הגדול משכבה זו.
 
ריבועים A-L משתרעים ממערב לריבועים M ו-N, ובהם לא התגלו כלל שרידים מהתקופה הממלוכית (שכבות II-I). בעומק של כ-0.5 מ' מתחת לפני השטח התגלו שרידים דלים של קירות, קטעי רצפות וטבונים, שנפגעו בחריש ובשוד אבנים. ההשתמרות הטובה ביותר  הובחנה ברבועים F-H,  בהם התגלו שרידי קירות שהשתמרו לגובה של 3-2 נדבכים וקטעי רצפות אבן (איור 3). בריבועים A-D הובחן רק שלב בנייה אחד, ובריבועים F-H ובעיקר K-L הובחנו שני שלבי בנייה. השרידים בכל הריבועים התגלו בשכבת סחף כהה, ומתחתיה  התגלה מילוי של אדמת חמרה אדומה ללא ממצא. רוב הממצא הקיראמי מתוארך לתקופה האסלאמית הקדומה (המאות הט'-הי' לסה"נ). כן התגלו כמה מטבעות ברונזה, רובם מן התקופות הביזאנטית והאסלאמית הקדומה, אך מקורם בלוקוסים שהשיכוב בהם אינו ברור.
 
בחפירה באתר נחשף אזור בנוי נרחב, מתוכנן היטב, מן התקופה הממלוכית (שכבה II). ממערב לו התגלו שרידי בנייה דלים וממצא קיראמי מן התקופות הביזאנטית והאסלאמית הקדומה. ממזרח לשטחי החפירה, באזור שלא נחפר אך נפגע בכמה מקומות, התגלו ריכוזים של שברי כלי חרס מן התקופה הביזאנטית. לפיכך נראה ששטחו של הישוב בח' בורין היה גדול יותר מכפי שהיה ידוע עד כה.