בחודשים אפריל-יולי 1999 נערכו חפירות הצלה בחורבת נבלט (בית נבאללה; הרשאה מס' 3041-A; נ"צ — רי"ח 196456-558/653805-924; רי"י 146456-558/153805-924), כחלק ממפעל החפירות הארכיאולוגיות בקטע 13 של כביש חוצה ישראל. החפירות, מטעם רשות העתיקות ובמימון מע"צ, נוהלו על ידי אק"מ ון דן ברינק וד' לזר בעזרת א' האג'יאן (מדידות), ר' אבו-חלף (מנהלה), י' נגר וד"א סקלאר-פרנס (אנתרופולוגיה פיזית), צ' שגיב (צילום), א' ברזילי (גאולוגיה), מ' בן-גל (רפאות כלי חרס בשטח), מ' רפפורט (ציור), ל' קולסקה-הורביץ (ארכיאוזואולוגיה), ג' בונני (AMS, מאיץ מאסה ספקטרומטרי) ונ' ליפשיץ (זיהוי עץ).
רצועת אדמה ברוחב 120 מ', הגובלת בחלקים של המדרונות הצפוני והדרומי של ערוץ נחל נבלט, נבדקה תחילה באמצעות כלי מכני, בפיקוח י' אלישע מטעם רשות העתיקות. בדיקה זו העלתה מפה בסיסית שהכילה 19 אתרים ארכיאולוגיים פוטנציאליים. שטח A, אתרים 11–20 היה על המדרון הצפוני ושטח B, אתרים 1–8 על המדרון הדרומי (איור 1). כיוון ששטח A כבר פורסם פרסום ראשוני (IEJ 51, 2001: 36-43), דוח זה עוסק רק בשטח B.
שטח B
לאתרים בשטח זה (איור 1, אתרים 1–8) טווח כרונולוגי גדול יותר מזה של אתרי שטח A.
אתר 1. בור דמוי-פעמון (עומק 3 מ') עם פתח עגול (כ-1 מ' קוטר), נחצב בקפידה בסלע עד שפגע בחלל נסתר מתחתיו. שכבת העפר העליונה (עובי 0.5 מ') בתוך הבור הכילה אדמת סחף עדינה ותחתיה מילוי אבנים עד לתחתית הבור. הסיבה למילוי האבן בבור נותרה לא ברורה. נמצאו מעט שברי כלי חרס. ניתן לשער כי הבור נחצב לשמש בור מים. במרוצת תהליך החציבה נתקלו החוצבים בחלל שבסלע ועבודת החציבה הופסקה.
אתר 2. ספלול מעוגל החצוב בתקרתה של מערה (אתר 3). בהיעדר ממצאים לא ניתן לקבוע את זמנו.
אתר 3. מערה קרסטית טבעית שנעשו בה שימושים מגוונים במרוצת התקופה הביזנטית, כפי שמעידים ריצוף אבן בתוך המערה ומדרגות החצובות על גג התקרה ומובילות לגת (אתר 4). בשלהי תקופת הברונזה הקדומה 1 שימשה המערה ככל הנראה לקבורה, כפי שניתן להסיק מכמה כלי חרס קטנים ושלמים שנמצאו בחלקה הדרומי. התקופה הכלקוליתית היתה השלב הקדום ביותר בשימוש במערה. כמה קנקני אגירה גדולים שנמצאו על רצפת הסלע של המערה מעידים כי היא שימשה למגורים. קנקני האגירה הם מטיפוס האופייני לכמה מערות כלקוליתיות ליד שוהם שנחפרו בשנים 1994–1995 (ר' חדשות ארכיאולוגיות קד:75–76; קו:108). התקרה הוסרה באמצעות כלי מכני בטרם נמשכה החפירה בתוך המערה בשל סכנת התמוטטות.
אתר 4. גת חצובה הנמצאת מצפון-מזרח למערה. בגת משטח דריכה מטויח ואגן איסוף. נראה כי הגת היא בת זמנם של השרידים הביזנטיים שנמצאו במערה.
אתר 5. כבשן סיד עגול חצוב בסלע המדופן בכמה נדבכים של לוחות אבן לא מהוקצעים. זמנו בלתי ידוע.
אתר 6. קבר חצוב בסלע בן שני חדרים, מתוארך לתקופת הברונזה הביינמית. חדר המבוא הכיל שני קנקנים בגודל בינוני שרופאו, ללא עצמות אדם. הכניסה לחדר הקבורה העיקרי נמצאה חתומה בקיר אבן (איור 2). החדר הכיל שרידים של שני פרטים וקנקנית אחת שלמה. ראוי לציין כי יישוב סמוך מתקופת הברונזה הבניימית נחפר לאחרונה על ידי י' יקותיאלי מטעם אוניברסיטת בן-גוריון בנגב.
אתר 7. טרסה בבניית אבן יבשה שהשתמרה לגובה של ארבעה-חמישה נדבכים. שברי כלי חרס מעל הקיר וסביבו מתוארכים לתקופה הביזנטית.
אתר 8. מערה טבעית רדודה בעלת שני פתחים; תקרתה הוסרה באמצעות כלי מכני. חפירה ידנית במערה העלתה רק שברי כלי חרס ביזנטיים שאולי נסחפו לתוך המערה. המילוי הטבעי במערה שהגיע עד לסלע האם, מעיד כנראה שזהו חלל טבעי שלא נעשה בו שימוש על ידי בני אדם.