החפירות באתר חולקו לשטחי משנה. שטח A, מכלול המעיין, שנחפר בעונות 2000, 2002 ו-2003 על ידי משלחת מטעם אוניברסיטת בר אילן, בניהולם של ח' בן דוד וא' זינגבוים, ואליהם מתייחס פרסום זה. בעונת 2004 נוקה אזור החפירה ונערכו בו עבודות שימור (בן דוד, גונן ודריי תשס"ז). שטח B, מבנה בית הכנסת וסביבתו, נחפר למן שנת 2003 ועד היום, על ידי משלחת מטעם אוניברסיטת בר אילן, בניהולם של ח' בן דוד, א' גונן וי' דריי (בן דוד, גונן ודריי תשס"ז).

 
מכלול המעיין (איורים 3, 4) כולל בריכה ושלושה מכלולי קשתות (1–3), שבכל אחד מהם שוקת שמעליה קשת, שרק אחת מהן שרדה בשלמותה (קשת 2). רק שניים ממכלולי הקשתות (1, 2) היו ידועים בעבר.
שוקת 1, הנמצאת מתחת לקשת ההרוסה 1, נוקתה. השוקת שהשתמרה בשלמותה, מדופנת מבחוץ ב-11 אבנים (0.25 מ' רוחב). בתוך השוקת נמצאו אבנים אחדות שנפלו מהקשת שמעליה. בשוקת שמתחת לקשת השלמה (2) חסרות אבני שפה אחדות. השקתות דומות במידותיהן ונמצא ביניהן חיבור למעבר מים. מדרום-מערב לקשת 1 נמצאו שרידים של קשת שלישית (3), החורגת מקו הקשתות האחרות. השרידים במכלול המעיין יתוארו להלן ממזרח למערב.
 
מכלול קשת 2. מתחת לקשת 2 (איור 5) נחשפו אבני שפה אחדות של השוקת ורצפת השוקת הבנויה מלוחות אבן (כ-0.95 מ' מתחת לראש אבני השפה וכ-0.45 מ' מתחת למפלס המים כפי שנמדדו בעונת 2001). בחזית השוקת, במפלס 0.53 מ' מתחת לראש אבני השפה, סודרו לאורכה לוחות אבן (0.70–0.78 מ' רוחב; איור 6). לא נמצאו שרידי בנייה נוספים ממערב ללוחות האבן, בחזית הקשת והשוקת.
 
מכלול קשת 1. מתחת לשרידי קשת 1 (איור 7) נחשפה רצפת השוקת הבנויה מלוחות אבן (כ-0.95 מ' מתחת לראש אבני השפה). מעל לריצוף האבן ולאבני השפה נמצאו אבני מפולת של הקשת ושל הקיר האחורי של מבנה הקשת. בדומה לשוקת שבמכלול קשת 2, גם בחזית שוקת זו, במפלס 0.53 מ' מתחת לראש אבני השפה, סודרו לאורכה לוחות אבן (0.70–0.78 מ' רוחב). ממערב ללוחות אלה נמצאו אבני מפולת של הקשת שנחשפו עד למרחק כ-4 מ' מהקשת. מול מרכז השוקת ו-0.4 מ' ממערב ללוחות האבן, נחפר בור בדיקה (0.8 × 1.0, 1 מ' עומק) ולא נמצאו כל שרידי בנייה.
 
בריכה מטויחת. מצפון-מערב לקשת נמצאה בריכה מטויחת (3.2 × 10.2 מ'; איור 8); תחתיתה במפלס 323.24 מ' מעפה"י ושיא רום המים בעבר — 324.54 מ' מעפה"י. ממערב תחומה הבריכה בקיר אבן הבנוי במקביל לקו הקשתות, הנמשך מדרום ומצפון לבריכה. ממערב לקיר זה נחפר בור בדיקה בכלי מכני ולא נמצאו בו שרידי בנייה או מפלס חיים. הבריכה תחומה מצפון בקיר אבן (0.25 מ' רוחב, 0.4 מ' גובה לוחות האבן מתחת לראש אבני שפת הבריכה). סיתות האבנים של קיר הבריכה דומה לזה של השקתות. צמוד לקיר האבן הצפוני נמצאו לוחות אבן (1.3 מ' רוחב) וכן לאורך הבריכה כולה, למעט צמוד לקיר המערבי. מפלס ריצוף הבריכה נמוך ב-0.1 מ' ממפלס ריצוף חזית השוקת, ובחיבור ביניהם נמצאה מדרגה. האומנה שמדרום לקשת האמצעית משמשת קיר מזרחי של הבריכה. מול מרכז הבריכה ומעל לגובה אבני השפה הצפוניות נמצאה בתוך אומנה גומחה (קרקעית הגומחה: 325.48 מ' מעפה"י). הקיר הדרומי רחב יותר (0.6 מ' רוחב) וגבוה יותר מהקיר הצפוני והשתמר לגובה 324.9 מ' מעפה"י. ניכר כי היה בנוי בדומה לקיר המערבי, וייתכן כי התנשא לגובה כמטר אחד יותר מהשרידים שנמצאו ושימש קיר תמך למפלס הריצוף של קשת 3 (להלן). צמוד לקיר הפנימי הצפוני של הבריכה נמצאה מדרגה (או ספסל; 0.44 מ' רוחב) בנויה מאבן ומטויחת. צמוד לקיר הפנימי המזרחי נמצאו שתי מדרגות, הראשונה במפלס ריצוף חזית השוקת (324.29 מ' מעפה"י, 0.5 × 2.0 מ') והשנייה מתחתיה (323.7 מ' מעפה"י, 0.4× 1.7 מ'; איור 9). על הרצפה המטויחת של הבריכה נמצאו אבני מפולת של האומנה. מתוך הבריכה הוצאו חרסים רבים, מרביתם שברים של סירי בישול מהתקופה הביזנטית (המאות הד'–הז' לסה"נ). לא זוהו בבריכה כלים קדומים או מאוחרים לתקופה הביזנטית. העדר כלים קדומים יותר מוסבר בניקוי הבריכה במהלך השימוש בה. הבריכה התבקעה לשני חלקים, מנותקים זה מזה, כתוצאה מרעידת אדמה או גלישת קרקע שהסיטה את חלקה המערבי של הבריכה 0.7 מ' מערבה, 0.45 מ' דרומה ו-0.44 מ' למטה. שני שברים נוספים, קטנים יותר, ניכרים אף הם בבריכה. בפעולות השימור בשנת 2004 הושלמו דופנות הבריכה במקומות שבהן נשברו.
 
מכלול קשת 3. מדרום לבריכה המטויחת נמצאו שרידי קשת 3 (איור 10). מהקיר האחורי שרדו רק ארבעה נדבכים. הקשת סמוכה מצפון למדרון ההר, ומדרום לה בנויה אומנה (איור 11). נראה כי בשונה מהקשת האמצעית, לא נבנה קיר תמך אחורי בין קיר הקשת האחורי למדרון. בחלקה הצפוני של הקשת נבנה קיר בניצב לקשת, שיצר מעין מבנה דמוי האות ר' (מזרחי וצפוני). בתוך קיר זה בנויה גומחה (115L); מפלס קרקעית הגומחה (326.42 מ' מעפה"י) דומה למפלס הגומחה באומנה שמעל הבריכה המטויחת. בחזית הקשת בנויה שוקת התחומה באבנים, בדומה לשקתות האחרות. השוקת בנויה בצורת האות ר', צמוד לקשת ולקיר הצפוני, וייתכן שהייתה שוקת נוספת, מערבית, שהשלימה את המכלול לצורת האות ח'. בתוך אבני השוקת הצפונית שולבו שתי אבנים מלבניות (0.3 × 0.3 מ') שבראשן שקע עגול. אבנים אלו בולטות ב-0.55 מ' מעל גובה אבני שפת השוקת. החפירה לא הגיע לקרקעית השוקת ואין אפשרות לקבוע מה היה מבנה הריצוף. בחלקה הצפוני של השוקת, מתחת לגומחה, אל תוך השוקת ובניצב, בנוי קיר מאוחר (L114). בחלק זה של השוקת נמצא טיח המכסה את השוקת מקו מפולת אבני הקשת עד לקיר המאוחר, על הקיר וממערב לו. בין הקיר המאוחר ובין הקיר הצפוני של השוקת, בנויה תעלת הולכה למים בגובה, כך שהמים מאוגמים בשוקת ומטפטפים קבוע דרך התעלה (L116). ממערב לקיר המטויח נמצא מתקן בנוי בתוך השוקת ובו מדרגה. ייתכן שמהמתקן יצאה תעלה מטויחת להולכת המים, במקביל לדופן הבריכה הגדולה המטויחת לכל אורכה. ייתכן שהמים בתעלה זו זרמו דרך פיצול או מתקן דומה אל הבריכה הגדולה בדופנה הדרומית. בחזית הקשת וממערב לשוקת נמצאה רחבה מרוצפת אבן, הנמוכה ב-0.75 מ' מראש אבני השפה (איורים 12, 13). לוחות האבן המלבניים הונחו בניצב לקו השוקת. מעל רחבה זו נמצא ריצוף נוסף המגיע עד למרחק של כמטר אחד מקו אבני השוקת. על ריצוף זה ובמרחק 0.5 מ' מקו השוקת הצפונית נמצאה אבן מלבנית (0.30 × 0.45 מ') שהוצבה כנראה על ריצוף הרחבה. בראש האבן שקע הדומה לשקעים שבראש האבנים המלבניות ששולבו באבני השפה. על הריצוף התחתון נמצאה חרפושית מצרית שתוארכה על ידי ב' ברנדל לתקופת הברונזה המאוחרת 2 ג'. ניכר כי רחבת האבן נשברה במהלך רעידת אדמה או גלישת קרקע וקיבלה נטייה למטה וצפונה, לכיוון הבריכה המטויחת (וקסלר, מרקו וזינגבוים 2004). קו השבר בריצוף הרחבה אינו דומה לקו השבר בבריכה. מדרום לרחבת האבן ובמפלס הנמוך ב-0.15 מ' מהריצוף התחתון נמצא צינור מים עשוי חוליות חרס, שהוליך מים מהשוקת לדרום-מערב. הצינור נחשף מקו השוקת עד גבול השטח שנחפר. צמוד לצינור זה נמצא צינור נוסף דומה. חיבור הצינורות היה בפינה הדרומית-מערבית וכלל 'נשם' לכל צינור. מאפייניו של מכלול קשת 3 — כיוון הקשת, גודל האבנים, מפלס הריצוף, הרחבה המרוצפת, צורת השוקת, כיוון השבר ושילוב האבנים המלבניות באבני שפת השוקת — שונים מאלו של שתי הקשתות האחרות. ייתכן שכל אלה מצביעים על שני שלבי בנייה באתר.
 
ממצאים נוספים הם שלוש אבנים מלבניות שחזיתן מעוגלת ובראשן שקע הדומה לממצא במכלול הקשת הדרומית (איור 14). כמו כן, נמצא שבר סרקופג מבזלת (איור 15). ניכר כי איכות הגילוף של הסרקופג טובה מאוד. נמצאו עדויות לסגירת הסרקופג ביציקת עופרת בשקע צדדי. השבר לא נמצא באתרו; בית הקברות מרוחק כ-70 מ' ממקום מציאתו. נוסף על אלה, נמצא אגן מאבן, המטויח בחלקו הפנימי.
 
במכלול המעיין נמצאו מבנים מהתקופות הרומית והביזנטית, היוצרים מכלול נדיר בתכניתו ובאיכות הבנייה שלו במרחב הכפרי בארץ ישראל. שלוש השערות לתאריך בניית המכלול: 1) המכלול נבנה כמכלול אחד בתקופה הביזנטית; 2) המכלול נבנה כמכלול אחד בתקופה הרומית, במאה הב' לסה"נ, ושימש ברובו גם בתקופה הביזנטית; 3) המכלול נבנה בשני שלבים, קודם נבנו הקשת והרחבה המרוצפת בתקופה הרומית, ואחר כך הורחב בתקופה הביזנטית. ייעודם המקורי של הקשתות והבריכות אינו ברור. ההשערות הן ששימשו בבית מעיין מפואר או במכלול תעשייתי שנזקק לכמויות מים, אולי מתקן להלבנת פשתה, כהצעתו של י' דריי (בן דוד תשס"ז:118–120) או במבנה מעיין בהקשר פולחני שאינו יהודי מהתקופה הרומית. הקשתות והבריכות חדלו לתפקד אחרי רעידת האדמה של שנת 749 לסה"נ. שימוש מקומי בקשת 2 ובשוקת הסמוכה לה נמשך עד ימינו.
בשנים האחרונות נחפר מכלול דומה באתר דיר עזיז, כ-3 ק"מ מערבה (זינגבוים 2011[א]; איור 16). בבדיקה של מעיינות במרחב נמצא כי בכפר אל-מא, כ-7 ק"מ מדרום-מזרח לאתר, זוהה בעבר מתקן דומה (Schumacher 1883:172–177). כמו כן נמצאו שרידי אבני גזית במעיין ג'ידייא, כ-2 ק"מ מדרום-מזרח לאתר, על גדת נחל אל-על. אפשר להציע שמבנים אלו מצביעים על סגנון בנייה אזורי במרחב דרום הגולן, במקום חיבורו של סלע הבזלת לגיר. בשני האתרים שנחפרו, אום אל-קנטיר ודיר עזיז, לא הצלחנו לתארך את ייסוד המבנים, אך ברור ששימשו בזמנם של הכפרים היהודיים בשני האתרים בתקופה הביזנטית (זינגבוים 2011 [ב]).