בחודש מאי 2009 נערכה חפירת הצלה במתחם המשטרה הישן (הקישלה) ליד כיכר מגדל השעון ביפו) הרשאה מס' 5651-A; נ"צ — רי"ח 177056-154/662605-667; רי"י 127056-154/162605-667). החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון קבוצת מלונות אורכידיאה, נוהלה על ידי י' ארבל, בסיוע ל' תלמי וד' גולן (ניהול שטח), ש' יעקב-ג'אם וא בכר (מנהלה), א' האג'יאן (מדידות), א' פרץ (צילום שטח), א' דה-וינסנט (ייעוץ קרמי), ר' קול (נומיסמטיקה) וק' רפאל (ממצא מתכת).
החפירה השלימה פרויקט גדול שהתנהל באתר בשנת 2007 (חדשות ארכיאולוגיות 121) והתמקדה בשני קטעים קטנים (שטחים C ו-A) שלא ניתן היה להגיע אליהם בעבר בשל קשיים טכניים (איור 1). בשטח C נחפר ריבוע (6×7 מ') בקצה המזרחי של המתחם (איור 2). בשטח A נפתחו שני ריבועים וחצי ריבוע נוסף באמצע החצר המערבית של המתחם (איור 3). שרידים אדריכליים נמצאו רק בשטח C מעל שכבת קברים שלא הייתה קשורה אליהם. שתי השכבות תוארכו למאה הי"ט לסה"נ. בשטח A הובחנו כמויות גדולות של מילוי שהונח בשלהי המאה הי"ט ללא שרידים אדריכליים. החפירה העמיקה עד לסלע הכורכר הטבעי שעליו נמצאו חרסים הלניסטיים; נבדקו בו שקעים שלא נמצאו בהם שרידי פעילות אנושית.
שטח C. מתחת ליסודות הבטון של מתחם המשטרה התגלו ראשי קירות קדומים שהיו בנויים מאבני כורכר גסות וחוזקו בבטון מוצק וכן רצפת טיח ביניהם (לוקוס 525; איור 4). נחשפו חלקית קטעי שלושה קירות (כ-0.5 מ' עובי) ממבנה: שני קירות ארוכים (W522, כ-4.45 מ' אורך חשיפה; W529, כ-1.25 מ' אורך חשיפה, רובו קבור בחתך הריבוע) וקיר אנכי המחבר ביניהם (W528, כ-1.1 מ' אורך). הכיוון הכללי של המבנה היה דרום-מערב–צפון-מזרח והוא סטה מעט מהכיוון של המבנים העיקריים במתחם הקישלה. הפן הפנימי של הקירות היה מכוסה בשכבת טיח (3 ס"מ עובי). למרות ההשתמרות הדלה של הקירות ששרדו לגובה נדבך אחד, נראה שהיו שייכים למבנה בנוי היטב. לשרידי המבנה שויכו שברי כלי חרס, מתכת, זכוכית ומטבעות שתוארכו לשלהי התקופה העות'מאנית (המאות הי"ט-ראשית הכ' לסה"נ). רובד של מילוי (1 מ' עובי) הפריד בין שרידי המבנה לשבעה קברים שנתגלו בריבוע. חמישה מהקברים שהיו בנויים מלוחות אבן חוף היו בחתך הריבוע (איור 5) ושני קברים (לוקוסים 533, 538) השתמרו היטב במרכז הריבוע. הקברים בקישלה, כמו אלה בכיכר מגדל השעון ובשטחים הסמוכים מצפון וממזרח, נהרסו בתחילת המאה הכ', כנראה על ידי המושל העות'מאני חסן ביי. ההרס הסיר ככל הנראה את כל מבנה העל, אשר באדריכלות קבורה מוסלמית מסורתית כלל אבן מצבה אחת או שתיים שהיו מעוגנות במשטח מלבני. שרידי עצמות האדם ולוחות הכיסוי נותרו ללא נזק. המשטח המלבני בשני הקברים בריבוע נותר ללא פגע ועד עתה זוהי הדוגמה היחידה ששרדה בחפירות המתחם.
שטח A. החפירה נתקלה בשרידים של יסודות בטון, בעיקר במחצית הריבוע שסימנה את הגבול הצפוני של השטח. שרידים אלה (קיר
W1126) היו שייכים כנראה למבנה מתקופת המנדט הבריטי. מבנים רבים כאלה נמצאו בחלק זה של האתר, כמו גם תוספות ישראליות רבות שהיו עשויות מחומרים טרומיים קלים יותר. שכבת מילוי (0.9 מ' עובי) מתחת לשכבה המודרנית, שהכילה כלי חרס עות'מאניים מאוחרים, שברי זכוכית, חפצי מתכת ומטבעות אחדים, הייתה מונחת על מפלס מוצק של אדמה וטיח מהודקים (לוקוסים 1130, 1137; איור 7). שכבת מילוי דומה שהכילה ממצא דומה נחשפה מתחת למפלס המוצק. סטרטיגרפיה תואמת נתגלתה במרכז ובמערב החצר המערבית בשנת 2007 (
חדשות ארכיאולוגיות 121). כלי חרס וממצא אחר במילויים שמעל ומתחת למפלס המוצק (לוקוס 1130) תוארכו לשלהי התקופה העות'מאנית. מכאן שהמפלס המוצק שימש אולי מסד לפני השטח הממשיים של הקישלה שריצופם היה כ-1 מ' גבוה יותר. מטרת המפלס המוצק הייתה אולי לייצב את המילוי העבה של חול רך שהובא לאתר כדי ליישר את פני השטח, קודם לבניית הקישלה בשנות ה-80 של המאה הי"ט לסה"נ.
סלע הכורכר הטבעי נחשף בעומק של 3.1 מ' מפני השטח (לוקוס 1142) ומעליו היה רובד דק של חול ובו חרסים הלניסטיים. רובד דומה נמצא בשנת 2007 מצפון לשטח החפירה הנוכחי ולא אותרו בו שרידי בנייה, כפי שלא נמצאו גם בחפירה זו.
חשיפת הסלע הטבעי הביאה לגילוי חלל שנראה חצוב ובו כניסה ישרת זוויות (איור 8). בחפירת החלל נתגלה חול נקי ושברי סלע ללא סימנים לפעילות אנושית מכל סוג. ייתכן שאופיו השביר יחסית של סלע הכורכר העלים סימני חציבה אולם היעדר מוחלט של ממצא והאפשרות הסבירה שכוחות הטבע גרמו לבליה ונזק לחומר הרך, רומזים שהחלל טבעי.
תוצאות החפירה בקישלה מתחברות ישירות לאלה של החפירה בשנת 2007. המבנה בשטח C מעיד על פעילות מצומצמת ומעורפלת במהלך פרק זמן קצר שבין סיום השימוש בשטח כבית קברות ועד לבניית מתחם הקישלה. הקברים שנחשפו בשטח C היו מטיפוס דומה לאלה שנחשפו 10 מ' ממערב באזור זה של המתחם. החידוש בחשיפת הקברים ניכר בשני מובנים: הקשר הפיזי שקיים עתה בין הקברים בקישלה לבין בית הקברות ההיסטורי הגדול מצפון לעיר וחשיפת מבנה העל של קברים בודדים.
התגליות בשטח A משלימות פערים בתוכנית של שטח המתחם. היעדר קברים בשטח זה וחשיפתו של המפלס המוצק העות'מאני מסייעים בהגדרת הגבול המערבי של אזור הקברים ובהבנת המורד המדורג בטופוגרפיה הטבעית שחייבה הכנסת מילוי לשטח קודם להקמת מתחם הקישלה.