בחודשים יוני-אוגוסט 2005 נערכה חפירת בדיקה בחורבת צור שבעמק האלה (הרשאה מס' 4511-A; נ"צ — רי"ח 20155-65/618045-50; רי"י 15155-65/118045-50), בשטח המיועד לבניית גדר ההפרדה. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון משרד הביטחון, נוהלה על ידי א' אייריך-רוז, בהשתתפות ע' ברזלי ומ' בירקנפלד (ניהול שטחים), ר' אבו-ח'לף (מנהלה), ט' קורנפלד (מדידות ושרטוט) וד' סקלר וי' נגר (אנתרופולוגיה).
נחפרו ארבעה שטחים (D-A; איור 1) לאורך המדרון הצפוני של חורבת צור, שעל הגדה הדרומית של נחל גדור ובקרבת שלושה אתרים כלקוליתיים: ח' אל-שיח' מד'כור (כ-1 ק"מ מערבה), חורבת נקר (כ-500 מ' מצפון-מערב) וחורבת עלית (כ-800 מ' מזרחה).
בשטח A נמצאו שרידי מערת קבורה שחלקה המערבי נהרס במהלך עבודות קו התפר. מתארה עגול (כ-2.5 מ' קוטר) והכניסה אליה, ככל הנראה מצפון, מרוצפת אבנים שטוחות, שחלקן מהוקצעות (לוקוס 105). שרידי הריצוף השתמרו גם בחלק המזרחי של המערה (3.0×3.7 מ'). במערה נערכו קבורות משניות בקנקנים חרס, שהונחו במרכז, על גבי הריצוף, ובחלקה המערבי על רצפת הסלע. נחשפו לפחות 19 קבורות באתרן וחלקים מקבורות נוספות שאינן באתרם, שנמצאו פזורים בשטח שבין הקנקנים ועל גבי הריצוף. בחלק המערבי של המערה ניתן היה להבחין לפחות בשני שלבי קבורה, שבהם קבורות משלב I (לוקוסים 110-108, 121-117, 124, 135, 200; איור 2) הונחו ישירות על גבי קבורות משלב II (לוקוסים 126, 144, 145, 147, 153, 154, 160 ו-161; איור 3).
כלי החרס והעצמות נמצאו במצב השתמרות דל אך ניתן היה להבחין בקבורה משנית ובה פרט אחד או שניים. על פי רוב הייתה הקבורה של פרטים בוגרים אך נמצאו גם שיני חלב ועצמות ילדים בקנקנים. עיקר העצמות שהשתמרו כללו עצמות ארוכות ושיני לסתות, עליונה ותחתונה. בשל ההשתמרות הדלה קשה היה לזהות את טיפוסי הכלים אך נראה כי חלקם קנקנים דמויי פטריה (איור 4). מנחות הקבורה כללו בעיקר קערות V מהתקופה הכלקוליתית.
בשטח B נמצאו שרידי מערת מגורים, שעל פי שרידי חציבה, פסולת חציבה ופסולת צור רבה ייתכן ששימשה לתעשייה, ללא סימני קבורה. חלקה העליון של המערה לא השתמר וכן חלקה הצפוני שנחתך בעבודות התשתית, כך שלא ניתן היה לעמוד על מתארה. לחלק שהשתמר מתאר מלבני (2.5x 4.0 מ'). על דופנה המזרחית של המערה ניכרים סימני חציבה, המעידים כי עוצבה לפחות בחלקה.
נחשפו שני שלבים. השלב הראשון בחלקה המערבי, כלל שני ריכוזי אבנים (לוקוסים 114, 115; איור 5) וריצוף שברי חרס (לוקוס 116). השלב השני כלל שכבת חיים על גבי רצפת הסלע (איורים 6, 7). שני השלבים מתוארכים לתקופה הכלקוליתית. לשלב השני יש לשייך ככל הנראה ארבעה בורות, במתארים מגוונים, שנחצבו בדופנות המערה. שלושה מהם (לוקוסים 142, 149, 150) נחצבו מלמעלה וייתכן כי כבר בתקופה הכלקוליתית התמוטטה תקרת המערה. לבור 142 מתאר סגלגל (1.4×1.8 מ'). הוא רדוד למדי, הכיל מילוי אדמת טרה רוסה ושברים גדולים של כלי חרס וייתכן ששימש בשלבו האחרון בור אשפה. לבור 150 שהתמלא באדמת סחף מתאר מאורך (0.8×1.4 מ') ורדוד. בור 149 מעוגל (כ-1 מ' קוטר), עמוק יחסית ומלא שבבי גיר קטנים, קרוב לוודאי פסולת חציבה ושברים גדולים של כלי חרס. בתחתיתו נמצא מוקד בנוי מלא אפר (לוקוס 151). לשלב זה יש לשייך מוקד נוסף שנמצא במרכז השטח מלא אפר וכלי חרס שרופים (לוקוס 106). בור נוסף (לוקוס 152) גדול ורדוד נמצא בצדה המזרחי של המערה וייתכן ששימש חדר נוסף שהכניסה אליו הייתה מהחלק הצפוני ההרוס של המערה.
הממצא הליתי מהמערה כולל פסולת סיתות רבה ונראה כי נערכה כאן פעילות חציבת צור וסיתות ראשוני.
בשטח C נמצאו שרידי מבנה שקירו המעוגל (W1; איור 8) נבנה סביב שקע וייתכן כי שימש לתמיכת גגו של מחסה סלע. הקיר בנוי מאבני גוויל והשתמר לגובה שלושה נדבכים בחלקו הדרומי (1 מ' עובי). משטח סלע שימש רצפה ונמצאו עליו שברי כלי חרס, כלי צור וקערות בזלת. נראה כי מחסה הסלע שימש למגורים.
בשטח D נמצאו שרידי מחסה סלע שתקרתו חסרה ואבני המפולת שלה נמצאו פזורים בשטח. זוהו שתי תקופות: כלקוליתית וברונזה קדומה 1. לא ניתן היה לעמוד על חלקי המבנה השייכים לתקופה הכלקוליתית, למעט בור מאורך ועמוק שנחצב אל תוך הסלע בחלקו הצפוני של השטח (לוקוס 164; איורים 9, 10). בתקופת הברונזה הקדומה 1 נוקה השטח ושימש לקבורה. נבנה קיר מחיצה (W2), התוחם את אזור הקבורה, שבו נמצאו שרידים מפוזרים של כמה קבורות משניות (לוקוס 163). מעט מנחות קבורה כללו כמה קערות קטנות ושברי חרסים. ייתכן שדלות הממצא נובעת משוד המערה. כ-20 מ' מדרום לשטח D ובמעלה המדרון נמצאו ספלולים סגלגלים חצובים בסלע מהטיפוס הנמצא בדרך כלל ליד אתרים כלקוליתיים; שדה ספלולים דומה נמצא ליד חורבת עלית (אייריך-רוז א' ומילבסקי י', 2008, אתרים כלקוליתיים בעמק האלה, בתוך: דוד עמית וגיא ד' שטיבל [עורכים], חידושים בארכיאולוגיה של ירושלים וסביבותיה, עמ' 116-107).
באתר נחשפו בעיקר שרידים מתקופת הכלקולית הע'סולי, הכוללים מערת קבורה, שרידי פעילויות אחרות כמו חציבת צור וייתכן שאף מגורים. השרידים בארבעת השטחים מייצגים ככל הנראה פעילות פריפריאלית של יישוב כלקוליתי גדול, הנמצא בקרבת מקום (ח' אל-שיח' מד'כור, חורבת נקר וחורבת עלית). בתקופת הברונזה הקדומה 1 נעשה שימוש במחסה הסלע בשטח D לצורכי קבורה.