בחודש אפריל 2003 נערכה חפירת הצלה באתר הניאוליתי של אבו ע'וש (הרשאה מס' 3890-A*; נ"צ — רי"ח 21027/63540; רי"י 16027/13540) לקראת הרחבת בית הספר הסמוך. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון המועצה המקומית אבו ע'וש, נוהלה על ידי ח' חלאילה וע' ברזלי, בסיוע א' דובובסקה (מדידות ושרטוט).
האתר נתגלה בשנות העשרים, נבדק בשנות החמישים ונחפר בסוף שנות השבעים על ידי משלחת צרפתית בראשות ז' פרו. נמצאו שרידי ישוב נאוליתי הכוללים ארכיטקטורה מרשימה וקברים והוא תוארך על סמך תעשיית הצור לאלף הח' לפסה"נ.
ב-1995 נחפר חלק מן האתר על ידי רשות העתיקות בעקבות תוכניות פיתוח ונחשפו שרידים נוספים של היישוב הנאוליתי ששטחו הוערך בכ-28 דונם (IAA Reports 19). בלטו בעיקר מרחבים בנויים ששימשו לשמירת בעלי חיים והיו עדות ראשונה לתהליך ביות העז בלבנט.
בחפירה הנוכחית נפתחו ארבעה ריבועים ושניים נוספים בשולי השטח (איור 1).
יש לציין כי פני השטח היו נמוכים במטר וחצי מפני השטח שנמדדו ב-1995. הריבועים נחפרו עד פני הסלע ונמצאו בהם מילויים מודרניים. גם בחתכי הבדיקה שנעשו בשטח החפירה של שנת 1995 נמצאו מילויים מודרניים.
מתברר שבעבודות הפיתוח סביב בית הספר שכללו הקמת גדר ושבילי גישה לבתים בסביבה, הונמכו פני השטח וגרמו להרס האתר; לפיכך לא נמצא כל שריד מן האתר הנאוליתי.