בחודשים אוקטובר ונובמבר 2009 נערך סקר-חפירה בתל יבנה (רישיון מס' 1/2009-G; נ"צ 17596-635/64135-70), מטעם המחלקה ללימודי ארץ ישראל וארכיאולוגיה באוניברסיטת בר-אילן. הסקר-חפירה נוהל על ידי ב' זיסו (צילום), א' ברוך וא' לוי-רייפר, בהשתתפות א' קליין, תלמידי המחלקה ומתנדבים. סייעו א' פאוסט, ד' אדן-ביוביץ', א' פררה, י' רוזנטל ואנשי בית ספר שדה כפר-עציון.
בסקר-חפירה נערך תחילה סקר בכל שטח תל יבנה, ולאחר מכן נחפרו 15 בורות עגולים רדודים (1.5 מ' קוטר מרבי, כ-0.2 מ' עומק; איור 1) במטרה לחשוף שרידים עתיקים וממצאים הקדומים לתקופה הביזנטית. הבורות כוסו בתום החפירה. בסקר בשטח התל התברר ששרידי הכפר הערבי יבנא (Yibna), ששכן במקום עד שנת 1948, וכן שרידי המעברה, ששכנה במקום משנות ה-50 של המאה הכ', מכסים בצפיפות את רוב שטח התל. שרידים צפופים אלה ניכרים גם בתצלומי אוויר, ובהם תצלום משנת 1949, ובמפה מימי המנדט הבריטי. הם כוללים בלוקים, בטון, אזבסט, רעפים, טיח וטיט, פחים ושרידים נוספים של מבנים בני ימינו. מהסקר ומעיון בתצלומי האוויר ובמפות עולה כי השרידים במדרון המזרחי של התל ולרגליו פחות צפופים ובאזור יש פחות הפרעות בנייה, ולכן הוחלט לערוך את בורות החפירה במדרון זה. עם זאת גם אזור זה סבל בשנים האחרונות מהפרעות, כגון פריצת שבילים, גניבות עפר, הכשרת חלקות, גריפת עפר ליצירת 'פסי-אש' למניעת שרפות, בנייה ושפיכת פסולת בניין.
הבורות נחפרו ברצועה ארוכה בציר צפון–דרום (100–114; טבלה 1), ובשישה מהם נופה העפר בנפה (7 × 7 מ"מ מידות חורי הרשת). ברוב הבורות נתגלתה אדמה חומה כהה (אדמה חקלאית?), שמעורבים בה חרסים מעטים מתקופות אלה: הביזנטית, האסלאמית הקדומה, ימי הביניים, העות'מאנית וימינו. כן התגלו שרידי כלים וחפצים ממתכת בני ימינו. רק בריבוע אחד (112) נחשף עפר בגוון בהיר יותר. באף אחד מן הריבועים לא התגלו שרידי מבנים; בריבוע 110 התגלתה אבן יחידה ללא קשר לקיר או למתקן כלשהו.
בסקר-חפירה בתל יבנה לא התגלה ממצא משמעותי, אך יש להרחיב בעתיד את אזור הבדיקה בתל במטרה לגלות שרידים עתיקים שאפשר לערוך בהם חפירה.