בחודשים יוני ויולי 2003 נערכה חפירת הצלה בחורבת מיסר, בשוליו המזרחיים של כפר מיסר (הרשאה מס' 3925-A; נ"צ 20430-40/70555-70). את החפירה ניהל מ"א טבר; פ' גנדלמן עיבד את הממצא הקרמי וג' ביכובסקי זיהתה את המטבעות. בחפירה נתגלו שרידים מן התקופה הרומית והביזנטית, שעיקרם קטע מבית מרחץ.