בחודשים ינואר-פברואר 2006 נערכה חפירת בדיקה בחורבת חמים (דרום) שבמודיעין (הרשאה מס' 4693-A; נ"צ — רי"ח 19687/64418-25, רי"י 14687/14418-25), לקראת הרחבת מרכז ישפרו. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון א' נח, נוהלה על ידי א' גורזלזני, בסיוע י' אוחיון (מנהלה), ו' אסמן וו' פירסקי (מדידות ושרטוט), צ' שגיב (צילום), ע' מרדר (עיבוד כלי צור) וח' אלפרדו. כן סייעו י' דגן, ע' אייזנברג, א' ון דן ברינק וי' מילבסקי.
האתר נמצא מצפון-מערב לחורבת נכס. נפתחו ארבעה ריבועים בשני צמדים, ונחשפו שרידי בנייה וחציבות, המתוארכים על סמך הממצא לתקופת הברונזה הקדומה 1א'. בחפירות וסקרים שנערכו בשנים האחרונות באתר התגלו שרידי יישוב מתקופת הברונזה הקדומה 1 (ר' חדשות ארכיאולוגיות 119, הרשאות מס' A-4913 ,A-4415 ,A-4409 ,A-4319 ,A-4310 ,A-3161).
בריבועים המזרחיים (1, 2) נחשף רצף של שלוש שכבות (III-I; איור 1). לשכבה I, העליונה, מיוחסת ערמה של אבנים (3 מ' קוטר, 1.2 מ' גובה), מסיקול או ממפולת של מבנה. בפירוק הערמה נמצאו חרסים מתקופת הברונזה הקדומה וחרסים שחוקים מהתקופה הביזנטית, כנראה לא באתרם, וכן נתזים של צור מקומי באיכות ירודה. לשכבה II מיוחס מילוי של אדמה חומה ובו חרסים מצולעים. מילוי זה מפריד בין שכבה I לשכבה III. לשכבה III מיוחסת רצפה עבה במיוחד (0.7-0.5 מ' עובי) של אבנים במגוון גדלים (לוקוסים 105, 107; איור 2) שנחשפה בשני הריבועים. על הרצפה נמצאה קרמיקה מתקופת הברונזה הקדומה 1א' וכן נתזים רבים של צור. כן התגלה על האבנים מוקד שרפה (לוקוס 104; 0.7 מ' קוטר; איור 3). האפשרות כי לוקוסים 105 ו-107, בשל עוביים הרב, אינם רצפה אלא חלקה התחתון של ערמת האבנים משכבה I נשללת לדעתי בשל מוקד השרפה ונתזי הצור שנמצאו על האבנים וכן בשל ההבדל בצפיפות האבנים בין הערמה לבין לוקוסים 105, 107. כמו כן יש לציין שבחפירות הקודמות באתר נחשפו רצפות דומות. עוד שויכו לשכבה III שני קירות צמודים זה לזה (W110 – אורך חשיפה 4.9 מ', רוחב 0.4 מ'; W120 – אורך 3.1 מ', רוחב 0.4 מ'), שנבנו בציר דרום-מערב–צפון-מזרח משורה אחת של אבנים מסותתות סיתות גס (איור 4). אל קיר 110 ניגשת מדרום רצפה 105, ואל קיר 120 ניגשת מצפון רצפה אחרת (לוקוס 119). בבדיקה שנערכה מתחת לרצפה 107 נחשפה אדמה חומה (לוקוס 112), המגיעה עד סלע האם, ללא הרבדה או שיכוב. בבדיקה שנערכה מתחת לרצפה 105 התגלתה הישר מתחתיה שכבה של אבנים מהודקות (לוקוס 113), קטנות יותר מאלה של רצפה 105. שכבת אבנים זו ניגשת אל החלק התחתון של קיר 110. המשכה של השכבה הובחן בחתך המזרחי של החפירה, שם הובחן בשכבה זו גם אפר. נראה ששכבת אבנים זו היא מפלס פעילות, וכי יש לייחס אותו לשלב הראשון של ההתיישבות באתר, ואילו רצפה 105 ו-107 היא שיפוץ של מפלס זה. נראה שקיר 110 המשיך לשמש במהלך כל התקופה. מתחת למפלס 113 נחשף מילוי אדמה המגיע עד סלע האם (לוקוס 114), ומעורבים בו שברי כלי חרס מתקופת הברונזה הקדומה 1א'.
הריבועים המערביים (3, 4; איור 5). בריבוע המזרחי מהשניים נחשפה חציבה סגלגלה (לוקוס 108), ובה התגלתה קרמיקה מתקופת הברונזה הקדומה 1א'. בריבוע המערבי נחשף בור מעוגל חצוב (לוקוס 109; 1.2-0.9 מ' קוטר, 0.9 מ' עומק; איור 6) שבתוכו נמצאו חרסים רבים מתקופת הברונזה הקדומה 1א'. מצפון לבור 109 נחשפו שלוש אבנים שטוחות וכן ריצוף של אבנים קטנות (לוקוס 118) שעליהן סימני שרפה. מדרום לבור 109, מחוץ לשטח החפירה, הובחנה חציבה מלבנית (לוקוס 115; 0.5 × 0.7 מ') וממזרחה בסלע ספלול סגלגל (0.25 × 0.50 מ', 7 ס"מ עומק); לא ברור אם הוא טבעי או חצוב.
הממצא כלל כמות רבה של נתזי צור, גרעיני צור וכלי צור מעטים, ובהם מקבת ומגרד מניפה. הממצא הקרמי כלל שפות של קנקנים, קערות וידיות מדף מתקופת הברונזה הקדומה 1. כלי החרס עשויים ברובם מטין בהיר, גס ולא מפולם, ובו גריסים רבים; בכמה כלים יש סימני צביעה באדום. בממצא הקרמי יש מאפיינים של המסורת הקרמית מהתקופה הכלקוליתית, ולכן נראה שיש לתארך את האתר לשלב המעבר מהתקופה הכלקוליתית לתקופת הברונזה הקדומה 1א'. לאחר נטישת האתר לא התקיימה בו פעילות עד לתקופה הביזנטית.