המבנה המסורתי הוא כנראה חלק מגרעין הכפר אום טובא. המבנה רבוע (כ-5.3 × 5.3 מ'), ובו חלל אחד המקורה בקמרון צולב, שבראשו כנראה ניצבה כיפה, בדומה למבנים אחדים בסביבתו. מן המבנה שרדו רק קירותיו הצפוני והמערבי לגובהם המקורי (כ-3.1 מ' גובה). הכיפה והקמרון לא שרדו, אך תחתית הקמרונות ניכרת בקצה העליון של הקירות הפנימיים. פתח המבנה לא שרד, אך דומה כי נקבע במרכז הדופן המזרחית שלא שרדה. כן נראה כי בדופן הדרומית, שלא שרדה, היה חלון. קירות המבנה נבנו מאבנים מסותתות מקרטון רך וחופו בטיח ובצבע מודרני. בדפנותיהן הפנימיות שרדו שלוש גומחות מלבניות: שתיים בדופן הצפונית (1.2 מ' אורך, 0.7 מ' גובה, 0.5 מ' עומק; 1.1 מ' רוחב, 0.67 מ' גובה, 0.45 מ' עומק) ושלישית — שלה תקרה קמורה (1.67 מ' רוחב, 2.15 מ' גובה, 0.46 מ' עומק) — במרכז הדופן המערבית. המבנה רוצף באריחים במאה הכ' לסה"נ. ממזרח למבנה נמצא שקע חצוב (כ-1.7 × 2.0 מ', 0.4 מ' גובה), מטויח וצבוע בטיח ובצבע מודרניים, השייך למכלול המבנה.

 
המערה מוארכת, בציר צפון–דרום, ומתארה אינו סדור (כ-15 מ' אורך, 9–10 מ' רוחב, 2.2–2.8 מ' גובה, איור 3). בתקרת המערה זוהה פתח מלבני שנסתם בבטון מודרני (כ-2.3 מ' אורך, 1.55 מ' רוחב, 0.3 מ' גובה הבטון; איור 4). הכניסה אל המערה התאפשרה דרך פתח במרכז דופנה המזרחית. מן הפתח שרדו חלקי מזוזה וסף בנויים (איור 5). את הפתח חוצה קיר (W101 איור 3: חתך 2–2) הנמשכת במרכז המערה בציר מזרח–מערב. הקיר נבנה 10ברישול מאבני שדה גדולות לא סדורות המשולבות באבני בנייה בשימוש משני. הקיר צופה בשני פניו בטיט מעורב בתבן. במרכז הפן הדרומי של הקיר עוצבו בטיט גומחה קטנה (כ-0.65 מ' רוחב, 0.85 מ' גובה, 0.6 מ' עומק) ומדפים קטנים. לצד חלקו המערבי של פן זה נבנו תאים מקומרים (0.25 מ' גובה, 0.85 מ' רוחב פנימי, 0.65 מ' רוחב חיצוני, 0.7 מ' עומק; איורים 6, 7) מטיט הדומה לזה המחפה את הקיר; חלקם העליון שבור. נראה כי התאים היו חלק ממתקן גדול יותר, אולי ארון המכונה בערבית 'סידה', שנועד לאחסן כלי מיטה. לאחד התאים תקרה מקומרת ובה חור (איור 8), המצביעים על אפשרות אחרת: שתאים אלה שימשו לאגירת תבואה. פיסות של טיט דומה, אך בהיר יותר — שרידים של מתקנים או של חפצים אחרים — נמצאו פזורים ברחבי המערה; באחד מהם שולב לוח עץ מודרני (איור 9), המעיד על זמן בניית התאים.
אל קיר 101 ניגש מדרום קיר (W102; כ-0.8 מ' גובה ורוחב), הבנוי ברובו מאבני שדה גדולות ובינוניות, הנמשך מקיר 101 בצפון עד הדופן הדרומית של המערה. אל קיר זה ניגש ממערב קיר דומה (W103). בחלקו הצפוני של קיר 102 נערכה בדיקה (L108): הוסר קטע ממנו ונחפרה תעלת היסוד של קיר 101, וכן הוסרה רצפת המפלס העליון (F1, להלן). הבדיקה לא העלתה ממצא מתארך. חלקו הדרומי של קיר 102 בנוי מגיבוב אבנים ללא נדבכים סדורים וללא חומר מליטה, והוא פורק במהלך החפירה (L109). בין אבני הקיר נמצא תבן וממצא מהמאה הכ' לסה"נ.
קיר 102 מחלק את חלקה הדרומי של המערה לשני מפלסי שימוש עיקריים, מערבי ומזרחי (איור 10). המעבר בין שני המפלסים לא זוהה; יש להניח כי קשר ביניהם גרם מדרגות, אך זה לא שרד. קרקעית המפלס העליון, המערבי (F1), עשויה טיט הדומה לטיט המחפה את קיר 101 (איור 11); בפינה הצפונית-מערבית של המפלס משולבים לוחות ריצוף (F2) עשויים מאבני שדה (0.10–0.40 × 0.20–0.65 מ', 3–4 ס"מ עובי). בבור בדיקה שנערך מתחת ללוחות הריצוף (L111; איור 3) נתגלו שבר של קערה מהתקופה העות'מאנית (לא צויר) וכלי מתכת מהמאה הכ' לסה"נ. סמוך לריצוף נמצא מדף בנוי מאבן (כ-1.5 מ' אורך, 1 מ' רוחב, 0.4 מ' גובה; איור 12). קרקעית המפלס התחתון, המזרחי, עשויה מסלע שלא יושר בקפידה, ובמרכזו נותרו מהמורות (איור 13). על מפלס זה נמצא גללי צאן, המעיד כנראה כי במקום אוכסן צאן.
השרידים בחלקה הדרומי של המערה משקפים כנראה את הפעילות המאוחרת בה, במחצית השנייה של המאה הכ'. על כך מעידים לוח העץ ששולב בטיט וכמה בקבוקי זכוכית מודרניים (איור 14), וכן כלי עבודה ממתכת שנמצאו בתוך המערה, ובהם לוח מורג ממתכת (איור 15).
מחציתה הצפונית של המערה לא נחפרה, אך גם בה ניכרה חלוקה לשני מפלסים באמצעות מחיצת אבן ששרדה בשלמותה; במחיצה שולב גרם מדרגות שהוביל ממפלסה המזרחי, הנמוך, אל מפלסה המערבי, העליון (איור 16). בפינתה הצפונית-מערבית של המערה נראו סימני חציבה (לא צוירו). בדופן המערבית נקבע פתח ובו בטון, שהוביל אולי לחלל נוסף, חסום בקיר אבן — עדות נוספת לשימוש מודרני במערה; בחזית הפתח נבנה כנראה תנור בישול (איור 17). בדופנה הצפונית של המערה נחצבו שתי גומחות (איורים 18, 19), שאינן מטויחות; אפשר ששימשו תאי אחסון.
נראה כי יש בשרידים שנמצאו במערה כדי ללמד שהתנהלו בה חיי יום-יום ופעילות משק בית: בישול, אחסון ומגורים. ניצול מערות למגורים היה שכיח בכפרי ירושלים ובאזור הר חברון (למשל, חבקוק תשמ"ה; הירשפלד תשמ"ב), בשפלה, במדבר יהודה ובשולי אזורים אלה (איתן איילון, מידע בעל פה). עם הקמת מבנה המגורים מעליה, המשיך החלל לשמש לבישול, לאחסון תבואה ולאכסון בעלי חיים; שימושים אלה נקשרים לכלכלת הכפר, אשר התבססה בעיקר על גידולים חקלאיים ובעלי חיים (עדוי 136:2010–138). בשנים האחרונות הוסבה המערה למחסן גרוטאות.