שכבה VI. לשכבה הקדומה, מן התקופה הפרסית, מיוחסים ארבעה קברי שוחה בציר מזרח–מערב שנחשפו חפורים בחול הטבעי. תיארוך הקברים נעשה על סמך קנקן פניקי האופייני לתקופה הפרסית (איור 3), ששימש מנחת קבורה. בתוכו נמצאה מצקת ברונזה קטנה.

שכבה V. בשכבה השולטת באתר, מן התקופה הביזנטית (המאות הד'–הו' לסה"נ), בריבועים 4–6, נחשפה אשפת מחסני הנמל הביזנטי (איורים 4, 5). נמצאה כמות גדולה של שברי קנקנים ואמפורות יבוא (ר' Haddad 2009) שהושלכו כנראה עם תום השימוש בהם. להטמנת הפסולת היה צורך בכריית חול מהדיונה שהייתה במקום ובחפירת תעלה רחבה מאוד בציר מזרח–מערב. דופנה הדרומי של התעלה אותר בחפירה ואילו גבולה הצפוני לא ידוע בשל הפרעה עות'מאנית שחתכה את ריכוז האשפה 10 מ' מצפון לדופן הדרומית. מניתוח השיפוע ותנוחת הקנקנים עולה כי השלכת קנקני התובלה הימיים והנחתם בתעלה הרחבה נעשתה מצפון לדרום. בין הקנקנים המקומיים הארץ ישראליים והשכיחים בתקופה הביזנטית אפשר למצוא קנקני שק כתום-חולי, קנקני עזה וקנקן אשקלון. מהטיפוסים המיובאים אפשר למצוא את הטיפוס LRA1, שמקורו בטורקיה, באזור מפרץ אלכסנדרטה. על ארבע אמפורות מטיפוס זה אותרו כתובות ביוונית צבועות באדום. עוד נמצאו שפות קנקנים שמקורם בצפון אפריקה. ממיון ראשוני של החומר הקרמי עולה כי קנקני העזה הם השכיחים ביותר. ביניהם נמצא חומר אורגני בגוון צהוב-לבן שהובחן במעבדות מכון ויצמן כריכוז של עצמות וחוליות דגים זעירים.
שכבה IV. בריבועים 3 ו-4 נחשף מילוי כורכר צהבהב המשתפל במתינות ממזרח למערב, שתוארך לתקופה הצלבנית על סמך ממצא חתום של כלי חרס שהובחנה בו כמות גדולה של קרמיקה אגאית מיובאת, מן המאה ה-12. זוהי כנראה סוללה ששימשה כבש עלייה או דרך כבושה שהובילה מאזור ברכת אל-קמר, המפרץ החולי מדרום לנמל יפו, לעבר הגבעה שממזרח לשטח החפירה. כבש/דרך זה נחתך מבניית טבון שתאריכו טרם הוברר. על גבי שכבה זו נמצא מילוי אדמה חום ומעליו מילוי המתוארך לתקופה העות'מאנית, ככל הנראה המאוחרת.
שכבה III. מהשכבה העות'מאנית המאוחרת נמצאו יסודות קיר שכיוונו הכללי צפון–דרום. בצפון שטח החפירה פונה הקיר לצפון-מזרח פעמים אחדות בזווית קהה ויוצר פוליגון (איור 6). הקיר נעשה ביציקה עם טיט אדמדם ואבני כורכר והשתמרותו בשטח הדרומי של החפירה דלה מאוד. הוא נהרס בעקבות סלילת הכביש בתקופה המנדטורית ובניית בניינים ממזרחו בשנות השלושים של המאה הכ'. במילוי משני עברי הקיר נמצאו חרסים רבים המתוארכים לתקופה העות'מאנית וכן עצמות אדם שמקורן בבית הקברות הנוצרי שהקיף את כנסיית סנט ג'ורג' ונפגע מפעילות סלילת הכביש בתקופה המנדטורית. הקיר מתוארך לסוף התקופה העות'מאנית–ראשית התקופה המנדטורית. מניתוח תצלומי אוויר וממפות עולה כי זהו החלק הצפוני של הקיר המערבי של מתחם כנסיית סנט ג'ורג'. בתצלום אוויר שצילם חיל האוויר הגרמני ב-24.1.1918 נראה בברור מתחם הכנסייה והקיר התוחם ממערב. חלקו הדרומי של הקיר נראה היום בשרידי הגבעה שמעל לצד הדרומי-מזרחי של הרחוב.
 
מן החפירה עולה כי תחום בית הקברות הפרסי של גבעת אנדרומדה נמשך לצפון-מערב ונפגע בתקופה הביזנטית.
בחפירה נמצאה לראשונה ביפו כמות כה גדולה של שברי קנקנים ואמפורות יבוא ביזנטיים שבמקורם הכילו יין, שמן וייתכן אף ציר דגים. הפסולת האורגנית שהכילה כמות גדולה של עצמות דגים זעירים מעידה כי המוצר השכיח באחד מטיפוסי הקנקנים היה ציר דגים, ה'גארום', שהיה מעדן נפוץ מאוד בתקופה הרומית. נראה כי השלכת הפסולת נעשתה קרוב למחסן שלא אותר. המרחק הקצר מקו המים, עד 100 מ', מעיד כי המחסנים שבהם אוחסנו הקנקנים לאחר שנפרקו מהסירות נמצאים בקרבת מקום והם עשויים להיחשף בחפירות עתידיות.
קטע סוללת הכורכר הצהבהבה הוא חלק מהדרך שהובילה במעלה החוף בתקופה הצלבנית.
הקיר המערבי של מתחם הכנסייה נהרס כמה עשרות שנים לאחר בנייתו, בזמן סלילת הכביש המנדטורי והרחבתו.