בחודשים אפריל–מאי 2002 נערכה חפירה בתל אפק-אנטיפטריס (רישיון מס' 248/2002-B; נ"צ 19385-400/66810-20). החפירה, מטעם משלחת חפירות אפק של המכון לארכיאולוגיה באוניברסיטת תל אביב ובמימון רשות הטבע והגנים הלאומיים, נוהלה על ידי י' טפר (צילום), בסיוע ג' אביבי (מנהלה), ג' קובו וד' פורוצקי (מדידות), י' דקל (תכניות), ע' קטלב (רכיכות), מ' שדה (ארכיאוזואולוגיה), וכן א' ידין, י' גדות, א' שדות, א' הורביץ וצ' צוק (ייעוץ).
בתל אפק-אנטיפטריס נערכו חפירות נרחבות בעבר והתגלו שרידים וממצאים מהתקופות הכלקוליתית–האסלאמית הקדומה ומהתקופה העות'מאנית (יטאח 2017, ור' ביבליוגרפיה שם).
נחפר חתך אורכי, שבו חמישה חצאי ריבועים, במדרון הצפוני-מזרחי של התל. החתך נמשך לצד תוואי תשתיות מודרניות מצפון ולצד דרך העולה אל התל ממזרח למערב. נחשפו שרידים משלוש שכבות. בשכבה הראשונה זוהו שלושה שלבים אדריכליים: שלב קדום של כבשנים שזמנם אינו ברור אך נראה שיש לייחסם לתקופת הברונזה התיכונה; שלב אמצעי ובו מכלול מגורים מתקופת הב"ת 2א'; ולבסוף שרידי קבורה מתקופת הב"ת 2ב'. בשכבה השנייה נחשפו שרידי תנור מהתקופה הרומית, ובשכבה השלישית נתגלו שרידי תשתית של דרך מודרנית.
תקופת הברונזה התיכונה. נחשפו בחלקם שרידים של מבני מגורים ומתקנים. מהשלב הקדום נחשפו ראשי קירות לבנים של כבשנים, אולי לייצור קרמיקה, אך היעדר ממצא מתארך והפסקת החפירה מסיבות טכניות אינם מאפשרים את תיארוכם. על קירות אלה נבנו בשלב התיכון מסדי קירות אבן שלצדם מפולת של אבנים ולבנים שרופות. כן נחשפו רצפת חצר, שבה תנור ומוקד בערה, כנראה חלק מחצר פתוחה שהשתרעה סמוך לבית מגורים. החרסים שנמצאו על מפלס הרצפה ומתחתיה מתוארכים לתקופת הב"ת 2א'. מהשלב המאוחר, שנהרס וכנראה נסחף, נחשף מקבץ של כלים תמימים: שתי קערות, קנקן, שתי פכיות ונר המתוארכים לתקופת הב"ת 2ב'. עצמות אחדות שנמצאו בין הכלים מלמדות כי זהו מכלול קבורה של תינוק.
התקופה הרומית. במערב החתך, מעל שרידי השכבה הקדומה, תועד תנור מדופן באבנים קטנות. הוא תוארך לתקופה הרומית על סמך שברי כלי חרס אחדים.
התקופה המודרנית. בשכבה העליונה, בצדו הדרומי של החתך, נחשפה תשתית עשויה אבנים קטנות שהונחו על שכבת חול — כנראה שרידים של שולי כביש שנסלל אל ראש התל בתקופה המודרנית. ההשתמרות הירודה של השרידים והיעדר ממצא מתארך אינם מאפשרים לדייק יותר בתיארוך.
נראה כי תחילה שימש חלק זה של שולי האתר לתעשיית כלי חרס, ובמהלך תקופת הברונזה התיכונה 2א, עם התרחבות השטח הבנוי, נבנו בתי מגורים על גבי הכבשנים. מכלול המגורים, שתוארך לתקופת הב"ת 2ב', מלמדים על מיקומם בתוך מרחב מיושב שבתחומי חומת העיר, ומכאן מאפשרים ללמוד על השתרעות היישוב בתל בתקופות אלו.
יטאח ג' 2017. תל אפק. חדשות ארכיאולוגיות 129.