בעונת 2006 נפתחו 12 ריבועי חפירה בשטחים C-A (איור 2).

בשטח A (איור 3) נחפר ריבוע (4×5 מ') בקצה הדרומי-מזרחי של האתר. נחשפה רצפת עפר שהונחה מעל משטח חלוקים. בשולי משטח החלוקים היו מושקעים שני קנקנים.
בשטח B (איור 4) נפתחו שישה ריבועים ונחשף חלק ממתחם בנוי. בחתך בדיקה קטן בקצה הדרומי-מזרחי של המתחם נחשפו שני כנים פולחניים עם חלונות שנמצאו על רצפת עפר כבוש סמוך לבמת לבנים מדורגת (איור 5). הכנים ובמת הלבנים היו קבורים תחת מפולת של לבנים ואבנים שמעליה הונחה רצפת עפר מאוחרת והם מעידים על אופיו הפולחני של המתחם. בפינתו של חדר קטן בקצה הצפוני של האתר נמצאו שלושה קנקנים.
בשטח C נחפרו חמישה ריבועים במזרח ובצפון-מזרח ונחשפו מפלסי חיים ובורות אשפה (ר' איור 2).
 
בעונות 2007 ו-2008 התמקדה החפירה בשטח B (כ-200 מ"ר; איור 6) וזוהו שלושה שלבים (III-I). נראה ששלושת השלבים קרובים זה לזה בזמן והם תוארכו לסוף המאה הי"א וראשית המאה הי' לפסה"נ, בהתאמה לשכבה X בתל קסילה. הממצא כלל כלי חרס פולחניים ואחרים וכן פריטי כתישה ושחיקה רבים.
שלב III
מן השלב הקדום נחשפו מפלסי חיים עשויים משכבות אפר עבות ומתקנים שנמצאו מתחת לקירות ולרצפות משלב II. שכבות האפר כיסו את המדרון והצטברו בשקעים ובבורות, במיוחד בקצה המזרחי מתחת לקיר W6 ומזרחה יותר (לוקוס 310). ריצוף אבן (לוקוס 328) נמצא מתחת לקיר W23 משלב II ורצפה ומתקן אבן (לוקוס 356; איור 7) שנחשפו מתחת לקירות לבנים (W37 ,W28) של מבנה 365 היו שייכים גם הם לשלב זה.
שלב II (איור 8)
בשלב זה הייתה באתר בנייה מוגברת. נחשפו שני מבני אבן (לוקוסים 209, 249) ומבנה נוסף (לוקוס 365) שהיה בנוי לבנים ואבן.
מבנה 209 היה הראשון שנבנה בחלק הגבוה של המדרון. היו בו שני חדרים קטנים צמודים וחצר סמוכה ובה טבון. רצפת החצר נמשכה עד מבנה 365 בצפון-מזרח, שהיה כנראה קשור למבנה 209. נראה שאת חצר מבנה 209 חתך הקיר הצפוני (W15) של מבנה 249, שהיה קיר תמך. עם זאת המשיך מבנה 209 לשמש גם אחרי בנייתו של מבנה 249.
החדר הדרומי (לוקוס 238; 1.7×2.6 מ') היה מרוצף אבן. על רצפתו נמצאו אפר וכלי חרס. הטבון בחצר היה סמוך לדלת הכניסה לחדר מהחצר.
החדר הצפוני (לוקוס 241; 1.15×1.60 מ') היה אולי מחסן וגם אליו הייתה כניסה מהחצר. בפינתו הצפונית-מזרחית נמצאו שלושה קנקנים ועל רצפת העפר נמצא ספל דמוי ראש לביאה המעוטר במוטיבים פלישתיים טיפוסיים (איור 9) ומעיד על שיוכו של מבנה 209 למתחם הפולחני המקורי.
 
מבנה 365 נבנה מלבנים ואבן בקצה הצפוני של שטח B ורק חלקו הדרומי נחפר. חדר 356 היה מוקף בקירות לבנים בדרום (W28) ובמערב (W37) ובקיר אבן (W26) במזרח. בפינת קירות 28 ו-37 נחשף מתקן אבן. קיר לבנים נוסף (W27) היה סמוך ממזרח לקיר W26 ואפשר שסגר חדר נוסף שלא נחפר. חצר מבנה 209 נמשכה עד לקיר 28. בשל הקטע המצומצם שנחפר לא ניתן היה לקבוע את שימושו של המבנה. מפולת לבני בוץ בחדר 356 מעידה על הרס פתאומי.
מבנה 249 תוכנן היטב ונבנה מדרום למבנה 209. קירו הדרומי-מערבי (W29) נבנה על המדרון אחרי שזה נחתך בחלקו ונוצר שטח מפולס שהיה נמוך בכ-1 מ' מרצפות מבנה 209. הקירות (0.70-0.54 מ' רוחב) נבנו מחלוקים ואבני גוויל במגוון גדלים והשתמרו לגובה 1.6-1.0 מ'.
החדרים מסודרים בצורת L – החצר המרכזית במערב, המחסן שמופרד מהחצר בקיר קצר בדרום וקודש הקודשים ממזרח, סמוך למחסן. מצפון ומצפון-מזרח לחצר המרכזית הייתה חצר משנית עם שטח מרוצף. גם לקודש הקודשים וגם למחסן הייתה גישה דרך פתחי מעבר בקצה הדרומי של החצר המרכזית; עם זאת הכניסה לקודש הקודשים הצריכה פנייה ישרת זווית שמאלה.
החצר המרכזית הייתה קטנה למדי (לוקוס 249; 4.0×4.5 מ') ולאורך הקיר המזרחי שלה (W6) נבנה ספסל אבן. ספסל קטן נוסף בנוי אבן ולבנים נסמך אל הקיר הדרומי (W23). במרכז החצר היה מזבח קרבנות כמעט ריבועי (1.1×1.2 מ', 0.2 מ' גובה) בנוי משלוש אבנים גדולות ולא מסותתות שנתמכו באבנים קטנות. מדרום למזבח היה בור (לוקוס 260; 0.8 מ' קוטר, 0.9 מ' עומק) ששימש כנראה לניקוז. שכבת אפר עבה מאוד כיסתה את מרבית רצפת העפר. ממזרח למזבח נחשף מוקד מעוגל וקטן (לוקוס 266; 0.45 מ' קוטר, 0.3 מ' עומק) בתוך אדמת הלס הטבעית. ברצפת החצר נחתכו שלושה בורות פביסה קטנים (לוקוסים 352, 353, 364; 0.4 מ' קוטר, 0.2–0.3 מ' עומק) שהכילו עצמות וכלי חרס ואבן. מעל שכבת האפר נמצאו לבני בוץ נפולות ומעליהן מפולות אבן.
הממצא מהחצר כלל כלי אבן רבים לכתישה ושחיקה, קנקנים אחדים שהתרסקו בשל מפולת אבנים לאורך הקירות וקבוצה של משקולות נול גליליות ליד הקיר הצפוני (W15). בין הלבנים הנפולות נמצא כן פולחני פיגורטיבי שכנראה נפל ממדף גבוה.
החצר הצפונית-מזרחית (לוקוס 326), ממזרח לקיר W6, סמוך לכניסה לחצר 249 נמצאה מרוצפת אבן בחלקה. היא נמשכה עד לקירות 7 ו-13 ונחשף בה ספסל אבן (W4).
הכניסה למחסן (לוקוס 261; 2.0×2.8 מ') הייתה דרך חצר 249. לאורך הקיר הדרומי
(W30) נבנה ספסל אבן ( 0.9×1.0 מ', 0.4 מ' גובה) ומתקן מאבן וחומר (לוקוס 311; 0.9×1.0 מ', 0.68 מ' גובה). חלק מהרצפה היה מרוצף באבנים גדולות (לוקוס 328). הריצוף שקדם לבניית הקירות, מילא שקע קיים ופילס את פני השטח היה הכנה לבניית מבנה 249.
הממצא מהמחסן כלל כלי חרס מגוונים, כלי אבן, אמפורה מצרית ושבר יחיד של הכן הפולחני הפיגורטיבי שנמצא בחצר 249. במתקן 311 נמצאו שברי סיר בישול, קערה, עצמות אחדות ושבר של חפץ מברונזה. ייתכן שמתקן 311 שימש פביסה מאחר שמילוי האבן והעפר בתוכו היה מכוון.
קודש הקודשים היה חדר מאורך (לוקוס 211; 2.0×5.2 מ') שהכניסה אליו הייתה מחצר 249 וזוהו בו שני שלבים. הקיר המזרחי (W18) היה כנראה בנוי מלבנים, חומר לבנים נמצא במפולת על הרצפה. רצפת העפר הייתה מטויחת בחומר שעליו היה כנראה משח לבן והיא נמשכה עד לספסלים שנבנו לאורך קירות החצר.
בקצה המזרחי של החדר נחשפה במה מדורגת. המדרגה התחתונה עשויה עפר כבוש והמדרגה העליונה העשויה שלושה נדבכי לבנים נוספה לאחר מכן וחתכה את המדרגה התחתונה. על הבמה, בתוך גומה חפורה, הוצבה אבן אנכית.

נוסף על הכנים הפולחניים נמצאו גם פך מסננת, קובעות, קנקנים, סכין מברונזה, עגיל וחרוז וכן שתי חתיכות קטנות של עלה זהב. כל הממצא היה קבור מתחת לשכבה עבה של חצץ וחומר לבנים שפולסה לצורך הנחתה של רצפה נוספת (לוקוס 251 משלב I). הסיבה להרס הפתאומי אינה ברורה. ייתכן שהייתה זו רעידת אדמה כפי שמעידים סדקים שכיוונם צפון–דרום שנבקעו בקירות המקדש וברצפתו.

                     
שלב I
חלקם הגדול של מבנים 209, 249 ו-365 היה הרוס בשלב זה. בקודש הקודשים הונחה רצפת עפר (לוקוס 251; איור 10) מעל המפולות המפולסות של שלב II ועליה נמצא בסיס עמוד מאבן. בקצה המזרחי נבנה קיר חדש על מסד אבן (W11). מעט מאוחר יותר נבנה ממזרח לו קיר נוסף ששימש כנראה קיר תמך (W5).
מצפון-מזרח (לוקוסים 244, 316) ומדרום-מזרח (לוקוסים 230, 317) נחשף מפלס חיים פתוח ובו טבונים. שרידי מפלס חיים נוסף שהשתמרותו גרועה בשל קרבתו לפני שטח מעובדים נחשפו מעל מבנה 209.