בחודשים ינואר, מרס ואפריל 2006 נערכו חפירות ממזרח ומדרום-מזרח לח' א-נענה (הרשאה מס' 4665-A; נ"צ 188172-231/641895-2126), לקראת הנחת קו גז. החפירה, מטעם רשות העתיקות, נוהלה על ידי ח' טורגה, בסיוע ג' הלל (ניהול שטח), ש' יעקב-ג'ם וי' אוחיון (מנהלה), א' האג'יאן, ו' אסמן וו' פירסקי (מדידות ושרטוט), ל' יחיא (GPS), צ' שגיב (צילום) ומ' שויסקיה (ציור חרסים). טרם החפירה נערכו באתר חתכי בדיקה (ד' מאסרווה).
נפתחו שני שטחי חפירה (B ,A; איור 1) בלב השטחים החקלאיים של קיבוץ נען והמושבים יציץ ופדיה. בשטח A נחפרו חמישה ריבועים, ונחשפו שרידי בנייה מהתקופה הביזנטית. בשטח B נפתחו שני ריבועים, ונחשפו שרידי בנייה דלים. כמו כן סמוך לשטח A נחפרו שרידים של גת וכבשן סיד מהתקופה הביזנטית וכן בור סיד מהתקופה העות'מאנית. בעבר נערכו באתר כמה חפירות ונחשפו שרידי יישוב, מתקנים וקברים מן התקופות הרומית, הביזנטית והאסלאמית הקדומה (ר' חדשות ארכיאולוגיות 122).
שטח A (איור 2). בשני הריבועים הדרומיים (ריבועים 4, 5; איור 3) התגלה חלק ממבנה, כנראה מבנה מגורים. נחשף יסוד של קיר (W2), שנבנה היטב בכיוון צפון–דרום משילוב של אבני גזית ואבני גוויל. במרחק של כחצי מטר מקצהו הצפוני של קיר 2 נחשפה אבן גזית אחת, השייכת כנראה לקיר נוסף (W4) שנבנה בכיוון מזרח–מערב. קירות אלה הונחו על תשתית של אבנים קטנות. בין שני הקירות התגלתה שכבה של אבנים קטנות
(L110), כנראה תשתית של רצפה, שהונחה על שכבה עבה (כ-0.5 מ') של אבני שדה בגדלים שונים, שהונחו על קרקע חרסית טבעית. נראה כי השכבה העבה של אבני השדה נועדה לחזק את יסודות המבנה ולמנוע את תזוזתם. אל מרכזו של קיר 2 ניגש ממזרח קיר (W1), שנבנה מפן של אבנים מהוקצעות גדולות ופן של אבני גוויל. זווית המפגש של הקירות אינה ישרה. קיר 1 ניגש אל קיר נוסף (W3), שנבנה באבני גוויל קטנות, ונמצא ברובו בחתך המזרחי של ריבוע החפירה. בנייתם של קירות 1 ו-3 אינה טובה, ונראה כי הם תוספת מאוחרת למבנה. מצפון לפינת הקירות 1 ו-2 התגלתה אדמת חרסית טבעית (L106). על אדמת החרסית התגלו מעט שברי כלי חרס, בעיקר סירי בישול (איור 4: 2) וקנקנים (איור 4: 4) משלהי התקופה הביזנטית. במרחב שבין קירות 1, 2 ו-3 נחשפה תשתית רצפה עשויה מאבנים קטנות (L107). על תשתית 107 נחשפו מעט שברי כלי חרס מסוף התקופה הביזנטית, ובהם שבר קנקן (איור 4: 5).
בשלושת הריבועים הצפוניים בשטח (ריבועים 1–3) התגלה מפלס של אבנים קטנות ועליו חרסיםמהתקופה הביזנטית (L105), ובהם קערות (איור 4: 1) וקנקנים (איור 4: 3, 6) .נראה שמפלס 105 היה תשתית של רצפה שניגשה אל המבנה שהתגלה מדרום, אולי חצר בחזית המבנה.
בחתך שנעשה בצפון השטח, מתחת לגובה יסודות המבנה, נחשפה אדמת חרסית שמעורבים בה שברי כלי חרס המתוארכים לתקופה הביזנטית, ובהם קנקנים (איור 4: 7, 8).
שטח B (איור 5). נחשף קיר (W20), שחלקו התחתון נבנה היטב באבני גזית וחלקו העליון נבנה באבני גוויל. מדרום לקיר נחשפו שרידים של תשתית רצפה עשויה מאבני שדה קטנות (L205). השטח לא נחפר עד תום בשל מי תהום גבוהים. על סמך הבנייה של חלקו התחתון של קיר 20, נראה כי קיר זה היה חלק ממבנה נרחב ששימש למגורים.
גת (איור 6). נחשף חלק ממשטח דריכה של גת (L151; כ-5×5 מ'), ובמרכזו בור רבוע לקיבוע בסיס של מכבש בורג. המשטח רוצף באבני פסיפס שהושתתו על חומר מליטה אפור. הוא נתחם בקירות נמוכים (W6 ,W5), שנבנו באבני גוויל בינוניות וחומר מליטה אפור. בכמה מקומות במשטח בהם לא השתמר הפסיפס שולבו אבני שדה שטוחות, רבועות, ולכן נראה כי המשטח ניזוק ושופץ בתקופה קדומה. בחפירת המשטח התגלו מעט שברי כלי חרס משלהי התקופה הביזנטית.
כבשן סיד (איור 7). צמוד לשטח A מצפון נחשף חלק מכבשן סיד (3 מ' קוטר, 1.7 מ' עומק), שנחפר לאדמה ודופן בשני נדבכים של אבני גוויל. חלקו המערבי של הכבשן נפגע בחפירת תעלה להנחת צינור הגז. בחלקו הפנימי של הכבשן התגלו אבנים שרופות רבות ובתחתיתו נחשפה שכבת סיד לבן. סביב הכבשן התגלו שברי כלי חרס מהתקופה הביזנטית.
בור סיד (איור 8). נחשף בור סיד רבוע, שפינותיו מעוגלות (L153; אורך הדפנות 2.0 מ', 2.3 מ', 2.5 מ', 2.5 מ'; 1.3 עומק חפירה מ'); החפירה לא הגיעה לקרקעיתו. שולי הבור אינם ברורים. בתוך הבור הובחנו כמה שכבות של סיד. באדמה שהצטברה בבור ומסביבו התגלו שברי כלי חרס משלהי התקופה העות'מאנית. נראה כי הבור שימש את אנשי הכפר ששכן באתר. כפר זה הוקם על ידי התורכים על מנת לסייע בבניית מסילת רכבת, ושוכנו בו פועלים ממצרים. הכפר ניטש בתחילת מלחמת השחרור.
מהחפירות שנערכו באתר בשנים האחרונות עולה כי בסביבת התל שכן יישוב, המתוארך לתקופה הביזנטית; הוא ניטש במהלך התקופה האומיית. עד כה התגלו שרידי יישוב זה ממערב ומדרום לחורבה. בחפירה זו נחשפו לראשונה שרידי יישוב גם ממזרח לחורבה, המלמדים כי שטח היישוב היה נרחב יותר משחשבו קודם.