בורות. הפירים או הבורות העגולים (איור 2) נחפרו לתוך אדמת החמרה הסטרילית ולעתים עד לסלע הכורכר מתחת לחמרה. לבורות שלושה גדלים: פירים צרים ועמוקים

(0.7–0.8 מ' קוטר; איורים 3–5), בורות בינוניים עמוקים (1 מ' קוטר; איור 6), ובורות גדולים ורדודים אחדים (כ-2 מ' קוטר; איור 7).

פירים צרים ועמוקים. בחפירה לא נחשפה תחתית הפירים בשל עומקם הרב (2.5–4.5 מ') ורוחבם הצר (כ-0.8 מ' קוטר). המילוי בפירים היה מורכב מסדימנטים של טין אפור מהודק ללא כל ממצא ארכיאולוגי. נראה שפירים אלה נחפרו כדי להגיע למים תת-קרקעיים.
בורות בינוניים עמוקים. בורות אלה עמוקים למדי אולם קוטרם (1.0–1.2 מ') רחב יותר מזה של הפירים ובכמה מהם נמצאו שרידים ארכיאולוגייםשכללו חרסים, צור, עצמות בעלי חיים ופחם וכן מפולות כורכר אקראיות, המתוארכים לתקופה הכלקוליתית. דומה שבורות אלה שימשו לאיסוף אשפה.
בורות גדולים ורדודים. נחשפו רק שני בורות מטיפוס זה. אחד הבורות (C10; איור 7), היה בקרבת השרידים הבנויים (W301 ,W300; איור 8) ונמצאו בו שרידים של לפחות חמישה קנקנים באתרם וכן כלי צור אחדים ובהם מגרד שטוח. נראה שבורות אלה שימשו לאחסון מזון.
שרידי בנייה. שרידי בנייה נמצאו רק בקטעים הצפוני והדרומי של שטח החפירה (ריבועים C8 ו-P7). בריבוע C8 נחשפו שרידים דלים של נדבכי יסוד של שני קירות
(W301 ,W300). הקירות נבנו מאבני כורכר בינוניות שהושקעו בתוך שכבת סדימנטים של טין אפור מהודק שהייתה מונחת הישר על אדמת החמרה הסטרילית מתחתיה (איור 8). לא השתמרה כלל רצפה ולא נמצאו כל ממצאים מתארכים.
מדרום לקיר 300 וסמוך אליו נמצאו שברי כלי חרס ובקבוקי זכוכית מהתקופה המודרנית – ממצא שחדר באקראי ואינו שייך לשרידים העתיקים. נראה שהשרידים שנחשפו מייצגים מבנה כלקוליתי, החמישי במספר, שהיה שייך ליישוב הכלקוליתי הסמוך שבו נתגלו בעבר ארבעה מבנים (חדשות ארכיאולוגיות 118).
ממגורה. נחשף מבנה מעוגל שהשתמר היטב (W302; קוטר חיצוני 1.9 מ', קוטר פנימי 0.8 מ', גובה 1.7 מ'; איור 9). קיר המתקן נבנה מאבני כורכר ולוחות כורכר שהושקעו בשכבה סטרילית עבה ומהודקת של משקעי טין אפור שנמצאו מעל אדמת החמרה. שני הנדבכים העליונים של קיר 302 נבנו משורה כפולה של אבנים בגודל בינוני ואילו הקטע האמצעי של הקיר נבנה מלוחות כורכר אופקיים ודקים שהונחו בקפידה מעל שלושה נדבכי בסיס שנבנו מאבני כורכר לא אחידות (איור 10). נראה שמבנה מעוגל זה שימש ממגורה או מתקן אחסון.
בממגורה הובחן רצף של שלוש רצפות, כל אחת מרוצפת בלוחות אבן כורכר קטנים (איור 11). החפירה בממגורה העמיקה ל-0.4 מ' מתחת לרצפה התחתונה. בניגוד לשכבת הבסיס של הממגורה בצדה החיצוני שהייתה מונחת על אדמת חמרה סטרילית, מילוי האדמה מתחת לרצפה התחתונה בתוך הממגורה היה מורכב מטין אפור מהודק, בדומה למילוי שנחשף בפירים הצרים והעמוקים. דמיון זה מוביל למסקנה שהממגורה נבנתה הישר מעל בור או פיר שלא ניתן היה להגיע לתחתיתו בשל אילוצי זמן.
מלבד חרסים כלקוליתיים אחדים שנמצאו מעל הרצפה השלישית והעליונה, לא נמצא כל ממצא ארכיאולוגי במילוי של הממגורה או בבור שמתחתיה.
מתקני אחסון ואגירה דומים מהתקופה הכלקוליתית נחשפו על ידי ח' קפלן בחפירת מגרשי התערוכה  שנמצאת בגדה המזרחית הנגדית של נחל איילון (קפלן ח', 1972. מגרשי התערוכה בתל אביב. שנתון מוזיאון הארץ 14: 13–16).
 

מיעוט שרידי הבנייה, וכן כלי החרס, הצור ועצמות בעלי החיים שנמצאו בחלק מהבורות שנחפרו מעידים ששטח החפירה היה החלק הצפוני של יישוב קטן מהתקופה הכלקוליתית (בערך 4000 לפסה"נ; חדשות ארכיאולוגיות 118). רפאות כלי החרס מבור C10 ובדיקות פחמן 14 של דגימות הפחם שנאספו עשויים לאשש מסקנה זו.