בחודש יוני 2008 נערכה חפירת הצלה בשבי ציון (הרשאה מס' 5461-A; נ"צ 20834-40/76537-8), בעקבות גילוי שרידים קדומים בעת עבודות פיתוח. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון האגודה החקלאית שבי ציון, נוהלה על ידי ל' פורת, בסיוע י' יעקובי (מנהלה), י' נגר (אנתרופולוגיה פיזית), ח' טחן (ציור כלי חרס), א' שטרן (הנחיה) ופועלים מביר אל-מכסור.
בתחום היישוב נחפרה בעבר כנסייה ביזנטית שמתחתיה קטעי קירות ורצפות מהתקופות הפרסית וההלניסטית (חדשות ארכיאולוגיות 117). סמוך לשם, מצפון לשפך נחל בית העמק, נמצא האתר שבי ציון (צפון; ח' אל-מלאחה) שבו נחשפו שרידים מן התקופות ההלניסטית והביזנטית (חדשות ארכיאולוגיות 119) ונאספו שברי כלי חרס מן התקופות הברזל–הביזנטית (IAA Reports 14:10), ועל גדתו הצפונית של הנחל נחשפו שרידים מן התקופות הרומית והביזנטית (חדשות ארכיאולוגיות 118, חדשות ארכיאולוגיות 119). ממזרח לאתר נמצאים קברים חצובים בסלע (ר' פרנקל, מידע בע"פ).
נפתח ריבוע אחד, כ-100 מטר מדרום לנחל בית העמק וכ-250 מטר מדרום-מערב לכנסייה, בשטח שפניו נפגעו מדחפורים (איור 1).
בתוך החול נתגלו שברי כלי חרס אחדים. בעומק של מטר אחד נמצא קנקן שחלקו העליון שובר במתכוון, שוכב על צדו, בסיסו פונה צפונה (איור 2). לקנקן (איור 1:3) גוף המתרחב במרכזו והולך וצר כלפי הבסיס המחודד; קנקנים דומים מתוארכים למאות הו'–הד' לפסה"נ.
בתוך הקנקן נתגלו שברים קטנים של עצמות שעליהם הונחו שברי קנקנים אחרים ושברי שני נרות (איור 4). העצמות הן של תינוק שזה עתה נולד, ייתכן אף עובר. הנרות (איור 2:3) אופייניים לתקופה הפרסית.
בחתך חפירה כמטר אחד ממערב לקנקן נראו שברים אחדים של עצמות אדם, שלא נחפרו.
קבורת תינוקות ועוברים בקנקנים מוכרת בתקופת הברזל מן החפירות באכזיב, אך המנהג לא ידוע בתקופה הפרסית (א' מזר, מידע בע"פ). העצמות שהתגלו סמוך לקנקן מעידות שלא היתה זו קבורה בודדת. כנראה שבמקום היה בית קברות של יישוב בן התקופה הפרסית ששרידיו נחשפו מתחת לכנסייה.