בחודשים ספטמבר-אוקטובר 2006 נערכה חפירת בדיקה בחורבת לופית (הרשאה מס' 4869-A; נ"צ 184186-405/623976-4143) בעקבות גילוי שרידים ארכיאולוגיים לקראת הנחת צינורות גז. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון החברה נתיבי גז טבעי לישראל, נוהלה על ידי ס' טליס בסיועם של ח' לביא (מנהלה), א' האג'יאן (מדידות), צ' שגיב (צילום), א' בלשוב (שרטוט), א' שור (רפאות), כ' הרש (ציור ממצא) וק' עמית (צילום ממצא).
האתר שוכן בקצה המערבי של שפלת יהודה, על גבול פלשת ויהודה המקראיות, כקילומטר אחד ממערב לתל צפית וכקילומטר אחד מדרום-מזרח לאתר בית היוצר מתקופת הברזל 2 שזוהה ונחפר בשנת 2001 (הרשאה מס' 3471-A; איור 1), בתוך עמק מוקף גבעות נמוכות. השטח שנחפר (750 מ"ר) חולק לשני שטחי חפירה (A ו-B), כ-50 מ' זה מזה. נחשפו שרידי מבנה מתקופת הברזל 3-2 (שטח A) ועדויות מעטות של בית יוצר מתקופה זו (שטח B).
שטח A (כ-160 מ"ר; איור 2) משתרע על מורד גבעה נמוכה המשתפלת דרומה. נחשפו שרידי מבנה בן חדרים אחדים. המבנה נבנה בחלקו על גבי מפלס חיים בן התקופה שקדם לו. במפלס הקדום נחשפו מפלסי אפר, שברי כלי חרס ואבני גיר אחדות (לוקוסים 112, 129). קירות המבנה נבנו מאבני שדה מהוקצעות בגסות שלוכדו בטיט ובאבנים קטנות. מעל נדבכי אבן אחדים נמצאו שברי לבני חרס צרופות. הנדבכים העליונים היו ככל הנראה בנויים מלבני בוץ. במבנה נחשפו שמונה חדרים.
בחלק הדרומי של השטח נחשפו שלושה חדרים (לוקוסים 125, 135 ו-137). קירות החדרים נבנו משתי שורות אבנים והשתמרו לגובה מרבי של שני נדבכים (W14–W11; גובה 0.1–0.4 מ'). ייתכן שהחלל בקיר 11 מצביע על הפתח שבין החדרים 125 ו-137. בחדרים אלה נחשפו רצפות אדמה מהודקת שניגשו אל בסיסי הקירות.
מצפון לחדרים אלה נמצאו שני חדרים מלבניים (לוקוסים 130, 104/134). החדר המערבי נחשף בחלקו ואילו החדר המזרחי נחפר ברובו (2.20×4.75 מ'). קירות שני החדרים נפגעו קשות מחריש מודרני והשתמרו במקוטע לגובה נדבך אחד בלבד. מהקיר הצפוני של חדר 104/134 (W3) השתמרה שורה אחת של אבנים החותמת בור קדום (לוקוס 117) שנמצא מלא באבני שדה ואבני שחיקה וכתישה שיצאו מכלל שימוש. בשני החדרים הותקנו רצפות מאדמת לס מהודקת. בפינה הדרומית-מזרחית של חדר 130 (בין קירות W4 ו-W12) נחשף טבון (1.2 מ' קוטר, 0.28 מ' עומק; איור 3) שנבנה לתוך בור שנחפר ברצפת החדר. חלקו הפנימי של הבור דופן בחומר לבנים. בתחתית הטבון נמצא מפלס אפר ובתוכו ממצא אורגני שרוף.
ממזרח לחדר 104/134 נחשפו שני חדרים נוספים (לוקוסים 115, 116). קירות החדרים נבנו משתי שורות אבנים והשתמרו לגובה מרבי של ארבעה נדבכים (0.6 מ'). חדר 115 נמצא מלא במפולות אבנים. מתחת למפולות נחשפה רצפת אדמה מהודקת ועליה נתגלו כלי חרס וכתמי אפר. צמד אבנים גדולות ושטוחות נמצא במרכז חדר 116 אולי שימשו בסיסי עמודים שתמכו בתקרה. בשלב מאוחר הוצר חדר 116 וחולק לשני מרחבים קטנים בהוספת מחיצה W7 שהשתמרה לגובה נדבך אחד (0.25 מ') ובסיסה הושתת על רצפת החדר. לא ניתן היה להבחין ברצפת השלב המאוחר בשל קרבתו לפני שטח. בחלק המערבי של קיר W6 נמצא פתח המקשר בין שני החדרים.
ממזרח לחדרים אלה נחפר חדר נוסף (לוקוס 127; איור 4) שנתחם בשלושה קירות
(W15 ,W9 ,W8) שנבנו משורה אחת של אבנים גדולות ובינוניות והשתמרו לגובה 2–4 נדבכים (0.2–0.6 מ'). נמצא כי הנדבך העליון של קיר 15 הדרומי נבנה משילוב של אבנים ולבנים. ראשו של קיר 9 הצפוני נבנה משתי שורות – אחת של אבנים ושנייה לבני בוץ צרופות המונחות על צדן. רצפת החדר שנמצאה מכוסה במפולות אבנים הותקנה מאבני שדה שטוחות (0.15×0.10 מ') שהונחו על גבי תשתית של אדמת לס.
מצפון לחדרים שתוארו לעיל נמצאה עדות לחדרים נוספים. נתגלה קיר (W2) בנוי משתי שורות אבנים שהשתמר לגובה שני נדבכים (0.36 מ'). הקיר משותף לשני חדרים. אל צדו המזרחי ניגשת רצפת אדמה מהודקת עם אפר על גביה (לוקוס 114) ואילו אל הפן המערבי ניגש משטח עשוי אבנים קטנות (לוקוס 110). טיב הבנייה ומיקום השרידים בקרבת המבנה מעידים על מכלול אחד.
על רצפות המבנה נמצאו כלי חרס אופייניים למאות הח'–הז' לפסה"נ, תקופת הברזל 3-2. המכלול כלל מגוון כלים שהושפעו הן מהקרמיקה של יהודה הן מזו של חוף פלשת. כלי האבן כללו כלי שחיקה וכתישה, משקולות וכלי צור.
בשטח B נפתחו שני ריבועים. בריבוע הצפוני (1.08 מ' מפני השטח) נמצאו שרידים שאולי מצביעים על בית יוצר מתקופת הברזל 2–3. הממצא הכולל שברי כלי חרס רבים, סיגים, שברי לבנים וחומר לבנים מומס, מעיד על בור פסולת של בית יוצר. החפירה בשטח זה הופסקה ולכן לא ניתן היה לעמוד על מהות הממצאים.
המבנה שהתגלה בחלקו כלל חדרים מספר ומגוון ממצאים כגון טבון וכלי שחיקה וכתישה המעידים על מגורים. ניתן לקבוע כי בתקופת הברזל 2–3 היה במקום יישוב קטן או חווה מבודדת האופייניים לתקופה והמעידים על עלייה ניכרת בצפיפות האוכלוסייה במאות הח' והז' לפסה"נ.