בתי מגורים הבנויים מעל מערות קבורה מעוררים בעיה הלכתית. לכן, ביזמת ארגון אתרא קדישא, הוחלט לאתר את מערות הקבורה שבתחום שטחי המגורים ולהתקין בתוכן פתרונות לשחרור הטומאה. המערה הראשונה שנבחרה לשם כך נמצאת מתחת לחצר בית מגורים ברחוב סנהדרין 1 בירושלים (איור 2). מכלול זה (מס' 3 במפת קברי הסנהדרין שפרסם יותם-רוטשילד) תועד בעבר על ידי ברנדנבורג (Brandenburg 1926: 37–47). בתחילת שנות ה-70 של המאה הכ' נבנה בית מגורים על גבי מערה מס' 3 ועל חלק משטח החצר שלה. המבואה של המערה שימשה לגניזת ספרי קודש, והחצר החצובה שבחזיתה משמשת כיום מחסן לדיירי הבית.

 

בחפירה הנוכחית נחפרה מערת קבורה, החצובה בדופן הצפונית של החצר. מערה זו לא תועדה בעבר למעט המבואה שלה. המערה סומנה על ידינו כ-3ב', בהמשך לשיטתו של יותם-רוטשילד. המערה נמצאה פתוחה וניכר שנשדדה בעבר.
 
החצר. שתי מערות הקבורה 3א' ו-3ב' נחצבו בדופנותיה של חצר מכלול מס' 3 רחבת הידיים (22 × 16 מ'; איורים 2, 3), ששרדה חלקית. קירות החצר (כ-4.5 מ' גובה) זקופים ומעובדים בקפידה, למעט חלקם העליון הבלוי. בעבר הוצע שחצרות הקברים בשטח זה הם שריד של מחצבות שפעלו כאן עוד לפני חציבת הקברים. המערות חצובות בסלע מסוג 'מאלכה', ויש להניח שאבני הגזית שנחצבו כאן שימשו לבניית בנייני הפאר של ירושלים בימי הבית השני.
 
מערה 3 ב' (איורים 4, 5).תכנית המערה עשויה היטב ומורכבת משלושה חלליםערוכים בטור, בציר צפון–דרום. בדופן הצפונית של החצר נחצב מעבר רחב ידיים (כ-3 מ' רוחב), המוביל למבואה וממנה אל שני חדרי קבורה (A ו-B), הסדורים זה אחר זה. במערה נמצאו שברים של עצמות אדם, אשר נותרו בתוכה מבלי שנערכה בהם בדיקה אנתרופולוגית. למבואה מתאר מלבני (4.9 ×  2.8 מ', 2.9 מ' גובה התקרה), וקירותיה נחצבו היטב במקבת משוננת. המבואה הייתה מלאה כמחצית גובהה במילוי של אדמת טרה רוסה, עם הרבה מאוד שברי אבנים. המילוי כלל פסולת בנייה מודרנית שנערמה בעת בניית בית המגורים, ומעט חרסים ממגוון תקופות.  
חדר קבורה A (איור 6). הפתח לחדר הקבורה נחצב במרכז הדופן האחורית של המבואה. לפתח (0.53 × 0.55 מ', כ-0.75 מ' עומק) מסגרת משוקעת שנועדה לקלוט את אבן הגולל. סף הפתח גבוה בכ-0.7 מ' מרצפת החדר עצמו. החדר רבוע, צלעותיו כמעט שוות באורכן (4.0 × 4.2 מ', עד 2.5 מ' גובה התקרה). הקירות חצובים בקפידה אם כי הסלע עצמו מחורץ וחלקים ממנו מתפוררים. ברצפת החדר שני מפלסים: המפלס הקדמי גבוה בחצי מטר לערך מהמפלס האחורי. חלל החדר היה מלא בסחף של אדמת טרה רוסה. לאורך קירות החדר נחפרו שלוש רצועות צרות (כ-0.8 מ' כל אחת) עד לרצפת החדר. במילויים התגלו שברים מעטים של כלי חרס ושברים אחדים של גלוסקמות. בקיר הצפוני נחצב פתח מלבני (1.6 מ' גובה, 0.6 מ' רוחב, 0.75 מ' עומק) המוביל לחדר הקבורה האחורי (חדר ב'). 
חדר קבורה B. החדר ריבועי (2.5 × 2.4 מ', 1.4 מ' גובה), חצוב היטב. בדופן המזרחית נחצב מקמר (ארקוסוליה), כ-0.9 מ' מעל מפלס הרצפה (2.00 × 0.65 מ'; איור 7). מתחת למקמר נחצבו שני כוכים קמורים (דרומי כ-0.60 × 1.85 מ', צפוני כ-0.6 × 2.1 מ'). בניקוי המשכב שבמקמר התגלו סימני פטינה בצבע חום כהה, היוצרים דפוס של שלוש גלוסקמות שהונחו עליו (איור 8). בקיר הצפוני של החדר נחרת על גבי הקיר מתאר של מקמר נוסף שלא נחצב (1.9 מ' רוחב בסיס; איור 9).
 
הממצא. נמצאו מעט מאוד חפצים ונראה שהמערה נשדדה בעבר. הממצא כלל בעיקר שברי כלי חרס: קנקנים מהמאות הא'–הב' לסה"נ (איור 1:10–5); פך מהמאה הא' לסה"נ (איור 6:10), שבר גוף (איור 7:10) וארבעה  שברים של גלוסקמות, אחת מהן מעוטרת בשתי דופנותיה בדגם של ורדה (רוזטה) בת שישה עלים, סביבה שני מעגלים חד-מרכזיים חרותים במחוגה, וביניהם עיטור גלי (איור 1:11). עוד נמצא מטבע ברונזה שחוק שאי אפשר לזהותו בוודאות (פרוטה?). רוב החפצים מתוארכים לשלהי ימי הבית השני, תקופת השימוש במערה. נוסף עליהם נמצאו חרסים שחוקים שמקורם בסחף, והם מאוחרים לזמן השימוש במערה.
 
מערת הקבורה מצטרפת למכלול מערות הקבורה של בית הקברות בסנהדריה מימי הבית השני. בית קברות זה היה מהגדולים שבשטחי הקבורה של ירושלים, והוא מתאפיין במערכות קבורה מפוארות למדי. מערכות אלה נחצבו בחלקו הצפוני של בית הקברות, ואילו בחלקו הדרומי הותקנו קברים פשוטים. מעט הממצאים שהתגלו במערה מאפשרים לתארך את השימוש בה למן ימיו של הורדוס (המחצית השנייה של המאה הא' לפסה"נ) ועד לחורבן הבית. נראה שלאחר שבית הקברות יצא מכלל שימוש ואולי אף בד בבד עם זמנו, פעלו בשטח זה מחצבות רחבות ידיים שבהן נחצבו אבני גזית. 
 
תכנית מכלול קבורה 3 מעידה על תכנון מוקדם של בוניו. התכנית מורכבת מחצר קדמית רחבת ידיים, המשותפת למערות הקבורה 3א' ו-3ב'. למערה 3ב' תכנית טורית המורכבת ממבואה ושני חדרי קבורה זה אחר זה. תכניתו של חדר הקבורה הגדול יותר (חדר א') פשוטה, תקרתו גבוהה יחסית והוא נעדר מתקני קבורה מיוחדים כגון כוכים, מקמרים ומשכבים. מתקני הקבורה הותקנו בחדר האחורי (חדר ב'). תכנית דומה, שבה החדר המרכזי, הגדול יותר, נותר ללא מתקני קבורה מיוחדים, מוכרת במערות קבורה נוספות בסנהדריה (Jotham-Rothschild 1954: Pl. VI) והיא ממאפייני האדריכלות של בית קברות זה. עוד עולה, כי המערה תוכננה לשימוש ממושך יותר מכפי שאכן נעשה בה אך מסיבה כלשהי הקבורה בה פסקה, ככל הנראה בעקבות אירועי החורבן של שנת 70 לספירה.