בחודש יוני 2006 נערכה חפירת בדיקה בחורבת צפרת (הרשאה מס' 4819-A*; נ"צ — רי"ח 19705/63653-4, רי"י 14705/13653-4), בעקבות פגיעה בעתיקות. החפירה, מטעם רשות העתיקות, נוהלה על ידי ר' אבנר, בסיועם של ר' אבו חלף (מנהלה), ו' אסמן וט' קורנפלד (מדידות ושרטוט), צ' שגיב (צילום), נ' זאק (תוכניות סופיות), י' גורין-רוזן ונ' כצנלסון (זכוכית) וא' בראון ומ' אבישר (סיוע בזיהוי חרסים).
החפירה נערכה בשוליים הצפוניים-מערביים של חורבת צפרת, סמוך לכביש המוליך ליישוב נווה שלום (איור 1). טרם החפירה הובחנו על פני השטח שברי זכוכית רבים. תחילה נחפרו שני ריבועים צמודים זה לזה, אך לאחר חפירה לעומק של כ-0.75 מ' צומצם שטח החפירה לשני ריבועים קטנים (2.5×2.5 מ' כל אחד), במטרה להגיע לעומק מרבי (איור 2). נחשפו ארבע שכבות: מתקופת הב"ת 2 (שכבה IV), מהתקופה האסלאמית הקדומה (שכבות III ,II) ומהתקופה הממלוכית (שכבה I). כן התגלו על פני השטח שני שברים של נרות חרס ושברי זכוכית, לרבות סיגים, המתוארכים לתקופה הביזנטית. ממצא זה אינו מתייחס לשכבה מסוימת, ולכן הציעו גורין-רוזן וכצנלסון שממצא הזכוכית הוא פסולת של בית יוצר לזכוכית שהיה קיים במקום כלשהו באתר בתקופה הביזנטית.
שכבה IV. בריבוע הצפוני התגלה על הסלע מילוי של אדמת טרה-רוסה אדומה (לוקוסים 109, 110), ובו שברי כלי חרס מתקופת הב"ת 2, רובם שברי גוף של קנקנים. כן התגלו שרידי קיר מתעגל (1.65 ; W1 מ' אורך חשיפה), שנבנה על הסלע באבני שדה קטנות והשתמר לגובה מרבי של שלושה נדבכים (0.4 מ'); הוא נמשך למערב בשטח שלא נחפר. בחתך הדרומי של הריבוע (איור 2, חתך 1-1) הובחנו שש לבני בוץ. בחפירת המחיצה הדרומית של הריבוע התגלה מילוי אדמה (לוקוס 111), ובו שברי כלי חרס מתקופת הברונזה התיכונה ומהתקופה האסלאמית הקדומה; במחיצה לא התגלו לבנים שלמות או שרידי קיר לבנים. בחפירת המחיצה המערבית של הריבוע (לוקוס 110; איור 2, חתך 4-4) התגלה חומר של לבני בוץ.
שכבה III. בריבוע הצפוני, מעל למילוי של שכבה IV, התגלה מילוי אדמה בצבע אפור בהיר, ובו מעט אבני שדה קטנות וכן חרסים מתקופת הב"ת 2 ומהתקופה האסלאמית הקדומה. הממצא הקרמי מתקופת הב"ת 2 כולל קערות (איור 3: 1, 2), קנקנים (איור 3: 6-3) ושבר גוף, כנראה של קנקן, מעוטר בחריתה של דגם אידרה (איור 3: 7). במילוי בשכבה התגלתה גם לוחית עצם ועליה מגולפת סצנה סימטרית של שתי ציפורים הראלדיות וביניהן מוטיב הדומה לשמש שלה חמש קרניים (איור 4). על סמך הסגנון האומנותי תוארכה לוחית העצם לתקופה האסלאמית הקדומה.
שכבה II. בשני ריבועי החפירה התגלה מילוי של אדמה אפורה (לוקוסים 105-102), ובו אבני שדה קטנות ובינוניות ושברי כלי חרס, רובם מהתקופה האסלאמית הקדומה ומקצתם מהתקופה הממלוכית. הממצא הקרמי מהתקופה האסלאמית הקדומה כולל שתי קערות (איור 3: 8, 9), שני קנקנים (איור 3: 10, 11), פך (איור 3: 12) ושבר נר (איור 3: 13). נראה כי הממצא הקרמי מהתקופה הממלוכית חדר מהמילוי של שכבה I.
שכבה I. על פני השטח בשני ריבועי החפירה התגלה מילוי של אדמה אפורה בהירה, שגרגריה הדקים נישאים ברוח (לוקוסים 100, 101), ובו שברי כלי חרס מהתקופות האסלאמית הקדומה והממלוכית. הממצא מהתקופה הממלוכית כולל קערות (איור 3: 14, 15), קדרה (איור 3: 16) ושבר גוף של כלי שנעשה ביד ועוטר בצבע אדום (איור 3: 17).
בשני אתרים נוספים הקרובים לחורבת צפרת התגלה ממצא מתקופת הב"ת 2. בחורבת אבימור, המרוחקת כ-900 מ' מדרום לאתר, לוקטו בסקר בחלקה הגבוה חרסים מתקופת הברונזה התיכונה. בחפירת בדיקה שנערכה במורד המערבי של חורבת אבימור לא התגלו חרסים מתקופה זו (ר' חדשות ארכיאולוגיות 117). נראה אם כן כי החורבה יושבה בתקופת הב"ת 2 רק בחלקה הגבוה. בח' אל-חמיר, המרוחקת כ-1.75 ק"מ מדרום-מערב לאתר, נחשפו בחפירה קירות ורצפות מתקופת הב"ת 2ב' (ר' חדשות ארכיאולוגיות 117). סמיכותם של שלושה יישובים אלה בני תקופת הב"ת 2 מלמדת כנראה על התיישבות צפופה באזור זה של עמק איילון בתקופה זו. ייתכן שהסיבות להתיישבות זו הן האדמה החקלאית הפורייה של העמק והיותו ציר תחבורה נוח בין ההר לשפלה ולמישור החוף.