שטח B – בית הקברות מהתקופה הממלוכית
נחשפו 112 קברים חפורים בקרקע חמרה קשה. הקברים צפופים, 2.0-1.5 מ' זה מזה, נמצאו בכמה מפלסים לא אחידים, בעומק כולל של 0.6 מ'. מחצית מהקברים הם קברי שוחה ללא כיסוי או מצבות. שני קברים מלבניים, מדופנים בלבנים (1 × 2 מ') ומעליהם הונחו 6-5 לבני כיסוי לקבר. המחצית השנייה של הקברים לא הייתה מדופנת ונמצאה מכוסה ב-5-4 לבנים מחרסית אפורה, מעורבת בחרסים. כל הנקברים הונחו על צדם הימני, ראשם למערב ופניהם לדרום (לכיוון מכה). תיארוך בית הקברות מתבסס על החרסים שנמצאו בתוך לבני החרסית שדיפנו וכיסו את הקברים. רוב החרסים שנמצאו בלבנים הם חרסים מצולעים מהתקופה הביזנטית. שלושה חרסים מן התקופה הממלוכית מעוטרים בזיגוג ירוק כהה ובצהוב, מתארכים את בית הקברות לתקופה זו.

 

שטחים C ,A – בית הקברות מתקופת הברונזה הקדומה 4
נחשפו 134 קברים חפורים בקרקע חמרה קשה כסלע. חלק מהקברים נפגעו בפעולות הפיתוח אבל רובם נמצאו שלמים. לכל קבר שלושה חלקים: פיר כניסה גלילי (1.2 מ' קוטר, 3 מ' עומק), מעבר צר וקצר וחדר קבורה שאליו הוביל המעבר. חדרי הקבורה מגוונים בצורתם ובממדיהם (2-1 מ' אורך) רובם סגלגלים ומיעוטם עגולים (איורים 1, 2). ברוב הקברים נמצא חדר קבורה יחיד לכל פיר; בשלושה קברים נמצא פיר משותף לשני חדרי קבורה. נמצאו שלדים שלמים אף שמצב העצמות היה רע.
ראשם של רוב הנקברים פנה אל הפתח וגבם הוצמד לדופן. לצד הנקברים נמצאו כלי חרס ולעתים כלי ברונזה וחרוזים. מגוון כלי החרס בבית דגן דומה לכלים שנמצאו בחפירות בחורשים (עתיקות 21: 8-1), בבית הקברות באזור (עתיקות 55: 28-1), בבניה (הרשאה מס' 16/1962-&) ובחולון (הרשאה מס' 566-A). לכל כלי החרס בסיס שטוח ועיטור מסרק והם דומים לכלי החרס המאפיינים את דרום ארץ ישראל. לא נמצאו כלי חרס עם גוף כדורי ובסיס עגול המאפיינים את מישור החוף הצפוני. עיטורי הכלים נעשו בחריטה, טביעה, סרוק והדבקה. רוב הכלים מעוטרים בחרוץ או בסרוק אופקי שנעשה ביד. כלים מעטים מעוטרים בסרוק, בהדבקת זיזים או בחריטה. על כמה נרות עיטור בחריטה המוכר עד היום באגן האיילון בלבד ולא נמצא באזורים אחרים של ארץ ישראל.