בחודש יוני 2013 נערכה חפירת בדיקה באתר שער העמקים (הרשאה מס' 6831-A; נ"צ 210079-194/736509-795), לקראת המשך סלילת כביש 6. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון חברת כביש חוצה ישראל בע"מ, נוהלה על ידי ד' קירזנר (צילום), בסיוע י' עמרני וא' לבן (מנהלה), ר' מישייב ומ' קאהן (מדידות וסרטוט), א' דגוט (GPS), א' גורזלזני (הנחיה), ע' סעיד (בדיקות מקדימות) וכ' סעיד ול' תלמי.
החפירה נערכה בתחומו של אתר העתיקות המוכרז שער העמקים, שבו נחשפו בחפירות ותועדו בסקרים בעבר שרידי יישוב למן התקופה הפרסית ועד לימינו, וכן מערות קבורה, בורות מים ומתקנים חקלאיים (רבן 1982: אתרים 4, 5; סג"ל ונאור תשמ"ח). היישוב מן התקופה ההלניסטית שנחשף באתר היה יישוב מבוצר. כן תועדו בסקר בקרבת מקום אתרים פרהיסטוריים (רבן 1982: אתרים 2, 3, 6). בחפירה שנערכה במרחק של כ-50 מ' מדרום לחפירה זו נחשפו ממצאים מהתרבות המוסטרית בתקופה הפליאוליתית התיכונה (קירזנר 2014).
נפתחו שני ריבועי חפירה (A2 ,A1; כ-50 מ"ר) ממערב לקיבוץ שער העמקים, בשטח חקלאי ששימש טרם החפירה מטע רימונים של הקיבוץ, במרחק של כ-15 מ' מצפון לכביש 75. נחשפו שרידי קירות יסוד של מבנה (איורים 1, 2), ובהם שלושה קירות חיצוניים של המבנה (W10–W12) ושני קירות פנימיים שלו (W14 ,W13). הקירות נבנו על אדמה מאבני גוויל במגוון מידות והשתמרו לגובה מרבי של שני נדבכים. קירות 13 ו-14 ניגשים אל קיר 10 ומחלקים את המבנה לשלושה חדרים (איור 3). לא התגלו רצפות שניגשות אל קירות המבנה. בחפירה התגלו חרסים אחדים שחוקים ולא אינדיקטיביים. על-פי הבנייה אפשר להניח כי המבנה קדום לתקופה האסלאמית הקדומה.
סג"ל א' ונאור י' תשמ"ח. ארבע עונות חפירה באתר הלניסטי בשער העמקים. קדמוניות 81–24:82–30.
רבן א'. 1982. מפת נהלל (28) (סקר ארכיאולוגי של ישראל). ירושלים.