התקופה הניאוליתית הקדם קרמית ב'. שרידי התיישבות מתקופה זו נחשפו על סלע האם בכל שטח החפירה פרט לקצה המערבי של השטח, אך מפלסי חיים ברורים התגלו בעיקר בחלק המזרחי של החפירה (ריבועים 19–12/C–F; איור 1), באזור שבו לא השתרע היישוב המאוחר מן התקופה הכלקוליתית. כלי הצור האופייניים לתקופה נתגלו בכל שטח החפירה ובסביבתו וכן על פני השטח. חלקו המזרחי של השטח מתאפיין בסלע אם גבוה, ועל כן ההצטברות ברוב הריבועים בחלק זה אינה עמוקה (1 מ' עומק מרבי). בשכבה הובחנו שלב קדום ושלב מאוחר.

לשלב הקדום בתקופה יוחסו מפלסי אדמה בצבע חום-שחור (איור 1:N), שמעורבים לעתים בגרגירי אבן גיר קטנים, שהתגלו על סלע האם בריבועים 16–13/EF ו-D14. במפלסים אלה התגלו כלי צור רבים, ובהם בולטים ראשי חץ רבים מטיפוס חלואן, האופייניים לשלב הקדום בתקופה הנק"ק ב', וכן אלפי זרעים מפוחמים של פול (Vicia Faba), עדשים (Lens Culinaris Moench) וסוג של אפונה שטרם זוהתה. הזרעים המפוחמים הם עדות לביותן של קטניות אלה כבר בשלב קדום של התקופה הנק"ק ב', זמן רב לפני התאריך המקובל לביות מינים אלה. מפלס זה בריבוע D14 הוא מפלס חיים של ממש, ובו התגלו משטח אבנים קטנות ואבן שחיקה מבזלת; בקרבת מקום נתגלתה צלמית טין אנתרופומורפית (כ-5 ס"מ אורך). עוד התגלו במפלסי החיים מן השלב הקדום בתקופה פריטי אובסידיאן רבים, ובהם גרעין אחד, שני ראשי חץ ולהבונים רבים, גרזנים ווטיביים מלוטשים מסלע ירוק שמקורו בצפון הלבאנט או בדרום אירופה (האיים האיגאים?), כלי אבן וכן עצמות רבות של בעלי חיים, שבהם בולטים מינים לא מבוייתים שניצודו, דוגמת צבאים. בחפירה התגלו מתקנים חצובים בסלע ורצפות שהושתתו על הסלע שעליהן נערכו פעילויות שונות. קטע של רצפת טיח נתגלתה בריבוע D9, כמקובל בתקופה זו, והשתיים האחרות כוללות עצמות אחדות ובהקשר אליהן כלי צור ואבן. אחת משתי הקבורות הללו התגלתה בריבוע C9, והיא מלמדת על השקעת מאמץ לצורך הקבורה. תושבי המקום ניצלו לקבורה הפרש גובה של כמטר אחד בין מדף סלע גבוה לשקע מעוגל במפלס סלע נמוך יותר; הם חצבו במדף הסלע הגבוה מגרעת חצי עגולה ששימשה כחזית הקבר (כ-1 מ' קוטר; איור 2). בקבר התגלו עצמות אדם אחדות וכלי צור ששימשו כנראה מנחות קבורה.
לשלב המאוחר בתקופה יוחסו קירות שהושתתו על סלע האם או על קרקע חומה סטרילית ונבנו מאבנים גדולות ובינוניות (1 מ' אורך ויותר; איור 3). בריבועים 19–16/C–D התגלה קיר שהשתמרותו גרועה, היוצר מעגל גדול (איור1:P; כ-15 מ' קוטר). בריבועים 15–12/E–F התגלו שני קירות שמהלכם חצי עגול (איור1:L ,K). הקירות נבנו בשיפוע המדרון, ונועדו כנראה למנוע גלישת אדמה במדרון לכיוון צפון. חלקם התחתון של הקירות נבנה מסלעים גדולים ואילו הנדבכים העליונים נבנו מאבנים בינוניות. אל הקירות ניגשמפלס עבה של סלע גיר כתוש בצבע כתום (0.5 מ' עובי מרבי), שהונח כנראה כדי ליצור בין הקירות מפלס יציב ומפולס, שישמש אולי לבניית בתים או מתקנים. במפלס הגיר הכתום ומעליו לא נתגלה כל ממצא מתארך, אך יש לציין כי מפלס זה התגלה מעל למפלס החום-שחור מהשלב הקדום של התקופה, ולכן ברור כי הקירות ומפלס הגיר הכתום מאוחרים למפלס החום-שחור. בין אבני הקירות התגלו בכמה מקומות כמה ראשי חץ המתוארכים לשלב מאוחר בתקופה הנק"ק ב'. בין ריבוע E13 לריבוע E14 התגלה קיר רחב (איור 1:M), שנבנה בכיוון צפון–דרום והמתוארך לתקופה הכלקוליתית; ממערב לו התגלו שרידי קבורה וחרסים המיוחסים לתרבות ואדי רבה. מפלסו של קיר M גבוה ממפלס קיר K המעוגל, ולכן נראה כי קיר M מאוחר לקיר K. על סמך זה אפשר לומר כי הקירות המעוגלים והמפלס הכתום הניגש אליהם אינם שייכים לשכבה מהתקופה הכלקוליתית אלא לשכבה הקדומה באתר.
 
התקופה הכלקוליתית הקדומה (איורים 4, 5). סנטימטרים ספורים מתחת לפני השטח נחשף חלק גדול משטחו של כפר, ובו שרידי מבנים שהשתמרו היטב. בשרידי הכפר הובחנו שתי שכבות יישוב המתוארכות לאלף הה' לפסה"נ, בדומה ליישובים אחרים בני התקופה, ובהם חורבת עוצה, נחל זהורה ועין ג'רבה. רוב שרידי הבנייה התגלו על סלע האם או על קרקע בתולה בחלקו המערבי של שטח החפירה. בחלקים המרכזי והמזרחי של השטח נתגלו רק בדלי קירות, שחלקם מעל שרידי היישוב מהתקופה הננ"ק, וחרסים. אפשר שהשרידים במזרח השטח לא השתמרו טוב מכיוון שסלע האם במקום גבוה, ואפשר שאנשי המקום העדיפו להשתית את בתיהם על הסלע בחלקו המערבי של שטח החפירה ולא על שרידי היישוב הקדום.
שכבת היישוב הקדומה נתגלתה בשני מקומות בלבד בשטח החפירה, בריבועים 4–E3 ובשטח שבין ריבוע D2 לריבוע E2. נגלו שרידים של שני מבנים, שנבנו באבן בכיוון צפון-מערב–דרום-מזרח. בריבוע E3 נתגלה חלק ממבנה (איור J:4; איור 6), ובו קיר (3.4 מ' אורך), שנבנה משורה אחת של אבנים בינוניות (0.3 × 0.4 מ'), ואליו מתייחסות שתי רצפות טיח שהונחו זו על גבי זו, העליונה אפורה והתחתונה לבנה. שתי הרצפות הושתתו על מצע אבנים קטנות, והן מייצגות שני שלבי בנייה. בריבוע E4 הסמוך התגלו שרידים של אותו מבנה, ובהם שתי רצפות טיח זו מעל זו ומתקנים שנחפרו לתוך הרצפה העליונה. בשטח שנחפר בין ריבוע D2 לריבוע E2 נתגלה קטע קיר (כ-0.5 מ' רוחב), שנבנה גם הוא באבנים בינוניות בכיוון צפון-מערב–דרום-מזרח.
שכבת היישוב המאוחרת התגלתה על הריסות השכבה הקדומה. המבנים בשכבה זו נבנו בכיוון צפון–דרום, קירותיהם רחבים (0.6–1.0 מ') ושיטת הבנייה אחידה. יחידת הבסיס בכל המבנים היא חדר מלבני. קירות המבנים נבנו מפן חיצוני של אבנים גדולות (0.60 × 0.65 מ' מידות מרביות) ופן פנימי של אבנים בינוניות (0.2 × 0.2 מ' בממוצע) ובתווך אבנים קטנות. בפינות המבנים שולבו אבנים גדולות במיוחד. קירות השכבה השתמרו ברובם לגובה של נדבך אחד או שניים; נראה כי אלה הם יסודות הקירות, ואילו החלק העליון של הקירות נבנה מלבנים שלא השתמרו כלל. בשכבת היישוב המאוחרת הובחנו כמה שלבי בנייה, שההבדלים הכרונולוגיים ביניהם אינם ברורים. בשטח החפירה נחשפו שישה מבנים משכבה זו (איור 4:FA), שניים מהם שלמים (A ו-C). מבנה A הושתת על מילוי של אדמה ואבנים קטנות, שהונח על סלע האם, והוא כולל חדר מלבני (3.7 × 4.4 מ'). בקיר הדרומי של המבנה חסר הפן החיצוני של האבנים, אולי מכיוון שהוסר במכוון בשלב בנייה מאוחר יותר. מבנה B נבנה סמוך למבנה A באותו קו בנייה, והוא הושתת על סלע האם. הוא כולל חדר מלבני (כ-4 × 5 מ'), שקירותיו הצפוני והמערבי השתמרו רק בחלקם. מבנה C נצמד בפינתו הצפונית-מזרחית אל מבנה B; הוא חורג למערב מקו הבנייה של מבנים A ו-B. המבנה הושתת על מילוי אדמה שהונח על סלע האם, והוא כולל חדר מלבני (3.5 × 5.0 מ'). הקירות המזרחי והמערבי של מבנה C ניגשים אל הקיר הצפוני, הרחב, של מבנה E. בתוך המבנה עובר קיר בכיוון צפון-מערב–דרום-מזרח משכבת היישוב הקדומה, והוא שימש בשלב זה כספסל. צמוד לפינה שיוצרים מבנים B ו-C, מחוץ למבנים, נבנה מתקן חצי עגול. מבנה D התגלה סמוך למבנה C ממערב. בין שני המבנים נתגלו כמויות רבות של חרסים, לרבות שברי כן גדול שהתגלה באתרו. מבנה D לא השתמר בשלמותו, אך ניתן לשער כי גם הוא היה מלבני. מבנה E השתמר במקוטע בשטח נרחב (ריבועים 3–E1; כ-4 × 6 מ' מידות משוערות). הקיר הצפוני של המבנה רחב וארוך (כ-9 מ' אורך חשיפה), וייתכן כי הוא תחם מבנים נוספים. הקיר הדרומי של מבנה E לא השתמר. בתוך מבנה E, צמוד לקיר המזרחי, נתגלה מתקן, שנבנה מאבנים קטנות (איור4:H), וכוסה במשטח טיח קמור. ייתכן כי זהו מתקן אפייה השייך לשלב קדום ביישוב מהתקופה הכלקוליתית. ממערב למתקן H התגלה מתקן דומה נוסף (איור4:G; איור 7), שנבנה באבנים וכוסה בטיח. מתקן G מבטל תנור טין, השייך כנראה לשלב קדום בתקופה הכלקוליתית. ממבנה F השתמרו הקירות הדרומי והמערבי, המאונכים זה לזה. ייתכן גם כי שני קירות אלה שייכים לשני מבנים שונים שמכל אחד השתמר קיר אחד בלבד. בארבעה מקומות בשכבת היישוב המאוחרת התגלו שרידי קבורת אדם. שתיים מהקבורות כוללות רק עצמות אחדות או חלק מגולגולת. בריבוע F7 נתגלתה קבורה, ובה הגפיים התחתונות מכופפות במנח שאינו אופייני לתקופה הכלקוליתית הקדומה. החלק העליון של הגולגולת חסר, וצמוד לעצמות הראש התגלו חץ וגרזן מלוטש ווטיבי המתוארכים לתקופה הנק"ק ב'. במפלס הקבורה נתגלו חרסים רבים מן האלף הה' לפסה"נ, המקשים על תיארוך הקבורה לתקופה הנק"ק ב'. בריבוע E7 נתגלה חלקו התחתון של שלד, ובו עצמות אחדות של גפיים תחתונות המונחות כנראה במנח מכווץ. בתוך מבני הכפר נתגלו עשרות אלפי שברי כלי חרס המתוארכים לתרבות ואדי רבה שבאלף הה' לפסה"נ, ובהם נפוצים קערות מחופות באפור ושחור וממורקות ('קערות ממורקות אפור'), קערות עמוקות מחופות באדום וממורקות, פערורים ששפתם רבועה, קנקני שפת קשת, פיטסים פערוריים וכנים. כן נתגלו בשכבה שתי ידיות של כלים ייחודיים; הידיות חלולות ורבועות, והן עוטרו בעיטור פלסטי דמוי כפתור וחופו באדום. ייתכן כי הידיות היו חלק מכלי פולחני דמוי קרנוס או מחתה. עד כה לא התגלה כלי דומה במכלולי התקופה בארץ. בחפירה בשכבה התגלו גם עצמות בעלי חיים, ובהן בולטות עצמות רבות של חזירים. שני ממצאים מיוחדים המלמדים על עולם הסמלים של תושבי האתר הם צלמית אבן גיר בצורת פאלוס (כ-7 ס"מ אורך) ושבר לוחית מאבן גיר, ובו מוצג איבר מין נשי, הדומה מאוד לחפץ שנתגלה באתר מונחתה השייך לתרבות 'ואדי רבה'.
 
בחפירות הנרחבות נחשפו שרידיהם של שני יישובים, האחד מן האלף הז' והשני מן האלף הה' לפסה"נ. תושביו הראשונים של האתר התיישבו על סלע האם והתאימו אותו לצרכיהם, הם עסקו בציד וגידלו קטניות מסוגים שונים. ייתכן כי אלפי הזרעים המפוחמים שנתגלו בשכבת יישוב זו מלמדים על ניסיון ראשון וקדום ביותר לביית מינים שונים של קטניות, בשלב הקדום של התקופה הנק"ק ב'. תושבי האתר עסקו גם במסחר, כפי שמעידים פריטי אובסידיאן רבים שמקורם מחוץ לארץ. בראשית האלף הה' לפסה"נ נוסד באתר כפר חקלאי קטן, שתושביו בנו בתים מלבניים, ובהם מתקנים שונים, חלקם מטויחים. כפר זה שייך לתרבות ואדי רבה, ואנשיו ייצרו כלי חרס איכותיים, עסקו בחקלאות ובגידול חזירים. הכפר באתר מצטרף ליישובים אחרים באזור בני תקופה זו, ובהם חורבת עוצה, נחל זהורה, ארד אל-סמרה, עין אל ג'רבה ועין ציפורי. תגליות השנים האחרונות באתרים אלו של ראשית האלף הה' לפסה"נ בצפון הארץ מלמדות שהייתה זו תקופת שגשוג כלכלי וחברתי.