חלקה הצפוני-מערבי של המערה נהרס ותקרתה הוסרה בעבודות פיתוח טרם החפירה (איור 1). המערה נחצבה בסלע גיר רך, וסימני חציבה של קווים אלכסוניים ולעתים מתעגלים ניכרים בכל הדפנות. המערה כוללת חדר קבורה (L100; רוחב 3.2 מ'; איור 2), שבמרכזו נחצב בור עמידה (L107; רוחב 1.06 מ', עומק 0.85 מ'), שנהרס בחלקו בעבודות הפיתוח, ובפינתו המזרחית נחצב בור ליקוט רבוע (L108; מידות 0.85 × 0.87 מ', 0.8 מ' עומק). בבורות העמידה והליקוט התגלתה אדמת סחף בצבע חום-בהיר, שמקורה במדרון שמעל למערה, ומעורבים בה מעט חרסים לא אינדיקטיביים ואבנים בינוניות וקטנות, שחלקן כנראה שברים מתקרת המערה. באדמת הסחף שבבור הליקוט התגלתה שפה מקופלת של קערה שזמנה תקופות הברזל 2, 3. קרוב לתחתית בור הליקוט התגלו מעט עצמות. רק בחלק העליון של המילויים בשני הבורות התגלתה פסולת בת זמננו, ולכן נראה שהבורות התמלאו באדמת סחף לפני זמן רב. משטח הסלע הגבוה שמסביב לדפנות בור העמידה הוחלק, ומעליו התגלה מילוי של אדמת סחף (0.2 מ' עובי מרבי), שמעורבים בה מעט חרסים לא אינדיקטיביים, אבנים קטנות ופסולת בת זמננו. במערה השתמרו שישה כוכי קבורה מלבניים (L106–L101; איורים 3, 4), שפתחיהם מלבניים וקמורים קמעה. אורך הכוכים אחיד (2.2 מ'), אך רוחבם משתנה. תחתית הכוכים כוסתה באדמת סחף, ובה התגלו מעט חרסים לא אינדיקטיביים, אבנים קטנות ופסולת בת זמננו. כוך 101 (0.52 × 0.80 מ' מידות הפתח) רחב יותר ונמוך יותר בחלקו האחורי (0.72 מ' רוחב, 0.35 מ' גובה). בתוך הכוך התגלתה אבן סגירה רבועה (0.18 × 0.48 × 0.50 מ'; איור 1:5). לכוך 102 (0.49 × 0.90 מ' מידות הפתח) חתך דמוי טרפז בחלקו האחורי (0.35 מ' רוחב הקרקעית, 0.25 מ' רוחב התקרה, 0.8 מ' גובה; איור 6). כוך 103 (0.46 × 0.74 מ' מידות הפתח) נחצב ברוחב ובגובה אחידים לכל אורכו. כוך 104 (0.50 × 0.82 מ' מידות הפתח) נחצב ברוחב אחיד לכל אורכו אך גובהו יורד עד ל-0.72 מ' בחלקו האחורי. בתוך הכוך התגלתה עצם יחידה, שבר גוף של גלוסקמה ושתי אבנים בינוניות, שהן אולי שברים של אבני סגירה (איור 2:5, 3). לכוך 105 (0.50 × 0.76 מ' מידות הפתח) חתך דמוי טרפז בחלקו האחורי (0.6 מ' רוחב הקרקעית, 0.48 מ' רוחב התקרה, 0.72 מ' גובה). גם לכוך 106 (0.48 × 0.84 מ' מידות הפתח) חתך דמוי טרפז בחלקו האחורי (0.55 מ' רוחב הקרקעית, 0.43 מ' רוחב התקרה, 0.68 מ' גובה).

 
תכנית המערה אופיינית למערות קבורה יהודיות משלהי ימי הבית השני. על סמך שבר הגלוסקמה שהתגלה בכוך 104 יש להניח שבמערה היו גלוסקמות שנשדדו. הפסולת בת זמננו שהתגלתה רק בחלקם העליון של מילויי אדמת הסחף בבורות העמידה והליקוט מלמדת שהבורות התמלאו באדמת הסחף לפני זמן רב וכי הם נשדדו עוד לפני כן. בתל אל-פול התגלו עד כה שרידי יישוב דלים בלבד מימי הבית השני, ולכן ייתכן שמערת הקבורה שנחשפה בחפירה ומערות קבורה אחרות מתקופה זו שהתגלו בתל אל-פול קשורות ליישוב היהודי הגדול והמבוסס ששכן בשועפט בתקופה שבין המרד הגדול למרד בר כוכבא (סקלר-פרנס 2005; סקלר-פרנס 2006; בר נתן וסקלר-פרנס 2007).