נחשפו שרידי בנייה מהתקופות הממלוכית (המאות הי"ג–הט"ו לסה"נ; שכבה 2) והעות'מאנית (המאות הי"ט–הכ' לסה"נ; שכבה 1).

 
שכבה 2 – התקופה הממלוכית
שרידי קיר מסיבי (W2; אורך 4.5 מ', רוחב כ-1 מ'; איורים 2, 3) בנוי במקביל לקו המדרון בכיוון צפון–דרום. קצהו הדרומי נפגע מבור ספיגה שנחפר בשנות ה-40 או ה-50 של המאה הכ' לסה"נ. הקיר הושתת על סלע קירטון פריך אפור שהשתפל במדרון ממערב למזרח. ברווחים בין הקיר למדרון, משני עבריו, מילוי אדמה חומה כהה ומעליה שכבה קשה במיוחד ומבוטנת (L6) המורכבת מאבנים קטנות, שברי סלע קירטון אפור וחרסים קטנים. פני השטח ממזרח לקיר (L4) וממערב (L5) פולסו בשכבה מהודקת של אבנים קטנות וחרסים קטנים (0.07–0.10 מ' עובי), ששימשה תשתית ומצע לרצפה שלא שרדה. שולי התשתית שממזרח לקיר דופנו באבנים גדולות כדי למנוע את שקיעתה. השכבה הקשה נבנתה כנראה לחזק את יסוד קיר 2 ואת תשתית הרצפה, בעיקר זו שממזרח לקיר. השכבה הקשה לא עמדה בלחץ והעומס מכיוון המדרון ובשלב מסוים הצד המזרחי שקע והשכבה המבוטנת נטתה מזרחה. כדי לתמוך בשכבה זו ובתשתית הרצפה ולמנוע את קריסתם, נבנה במדרון קיר (W3; איור 4) במרחק של כ-2.7 מ' מיסוד קיר 2. לשם בנייתו חפרו בתשתית הרצפה תעלה עמוקה (L10) שהגיעה עד לשכבת המילוי המבוטנת, עליה נבנה יסוד הקיר שהגיע עד לגובה תשתית הרצפה; מעליו שרד נדבך אחד בנוי מאבני גיר מקומיות מסותתות. 
חרסים שנמצאו בשכבות המילוי, בתשתית הרצפה ובתעלת היסוד של קיר 3 מתוארכים לתקופה הממלוכית ובהם כלי חרס לא מזוגגים כגון קערות (איור 1:5, 2), קדרה (איור 3:5), סירי בישול (לא צוירו), פכים וקנקנים (איור 4:5, 5) וקערות מזוגגות בזיגוג ירוק וצהוב (איור 6:5), חלקן מעוטרות בעיטור חריטה עדינה (Fine Sgrafitto) (איור 7:5) ובחריטה רחבה (Gouged Sgrafitto) (איור 8:5, 9) שיוצרו במקום. יש לציין שלא נמצאו כלי ייבוא.
אף שלא נמצאו שרידי בנייה נוספים, ממדיו המרשימים של יסוד קיר 2 מעידים על מבנה גדול מידות. שכבה זו יצאה מכלל שימוש כנראה עוד בתקופה הממלוכית.
 
שכבה 1 – התקופה העות'מאנית
השכבה נהרסה ברובה בעקבות עבודת כלי מכני ובניית בור הספיגה. שרידי בנייה רבים הובחנו בחתכים אך השתמרותם דלה מאוד, פרט לחתך הצפוני שבו השתמר קטע קמרון שכיוונו צפון–דרום, בנוי מאבן גיר מקומית (יותר מ-3 מ' אורך, כ-2.5 מ' רוחב; איור 6). בקיר הצפוני של הקמרון קבוע חלון שנסתם ומעל לפתח החלון נמצאה אבן משקוף ארוכה. הקיר המזרחי של הקמרון (W11; איור 7) הושתת בחלקו על יסוד קיר 2 מהתקופה הממלוכית ואילו הקיר המערבי (W12) הושתת על שכבת מילוי עבה וקשה שכללה אבנים קטנות וחרסים (L17). שכבה זו דומה לשכבת המילוי המבוטנת, L6 משכבה 2. כנראה ששימוש בתערובת של אבנים קטנות וחרסים להכנת שכבת מילוי או תשתית מבוטנת היה נהוג ומוכר אצל הבנאים הממלוכים והעות'מאנים. 
בממצא כלי החרס, שנאספו ממפולת אבנים שנערמה בשטח החפירה ומתוך הקמרון, כמות גדולה של כלי 'רשאיה אל-פוחר' שיוצרו בכפר בדרום לבנון שתוצרתו נמכרה בצפון ארץ ישראל בראשית המאה הכ' לסה"נ. כמו כן נמצא שבר קערה מטיפוס כלי צ'נקאלה (Çanakkale Ware) (איור 10:5) שמוצאם בדרדנלים שבמערב טורקיה והיו נפוצים בארצות הים התיכון במאות הי"ח–הי"ט לסה"נ (Vroom 2005:180–182).
 
לראשונה נחשפו במדרון המזרחי של מצודת צפת שרידים אדריכליים מהתקופה הממלוכית (המאות הי"ד–הט"ו לסה"נ). אלה מצטרפים לעדות שעולה מכתובת הבנייה שנמצאה במסגד אל-ג'כנדאר הסמוך. אמנם הממצאים מועטים אך מעידים על קיומה של שכונה בתקופה הממלוכית במדרון המזרחי של המצודה. עדיין לא ידוע מהו היקפה וגודלה של השכונה, אך נראה שאפשר להצביע על אופי תושביה. העדר כלי ייבוא במכלול כלי החרס מעלה את ההשערה שלתושבים לא הייתה אפשרות לרכוש כלי ייבוא יקרים, להבדיל מתושביה האמידים של השכונה המערבית אל-ווטא שעסקו במסחר, השתמשו במטבעות ממלוכיים ובמטבעות ונציאניים ובבתיהם נמצאו כלי ייבוא מארצות רבות (עמוס וגצוב, בהכנה). לא ברור האם התיישבות זו נמשכה ברציפות עד לתקופה העות'מאנית הקדומה, אך מהתקופה העות'מאנית המאוחרת (המאות הי"ט–הכ' לסה"נ) נמצאו שרידי בנייה צפופה של שכונת מגורים.