שכבה VIII (התקופה ההלניסטית). בריבוע הדרומי נחשפה מתחת לשרידי שכבה VII הצטברות אדמה, שמעורבים בה חרסים מהתקופה ההלניסטית.

 
שכבה VII (התקופה הרומית; המאות הב'–הג' לסה"נ). בריבוע הדרומי נחשפו רצפה ומעליה ומתחתיה רובדי עפר, שמעורבים בהם חרסים מהתקופה הרומית, השייכים לטיפוסי כלים המוכרים בגליל.
 
שכבה VI (התקופה הביזנטית; המאות הד'–הו' לסה"נ). בשני הריבועים נחשפו קירות, שנבנו באבני גזית, ולצדם מפלסי חיים ורצפות. חלק מהרצפות עשויות מטיט מהודק, שמעורבים בו חרסים, וחלקן נבנו מלוחות אבן. בריבוע הדרומי התגלו שתי רצפות, זו מעל זו, התחתונה עשויה מעפר מהודק והעליונה עשויה מסיד כתוש ומעליו ריצוף אבן. שתי הרצפות ניגשות לקיר, שנבנה היטב בכיוון כללי צפון–דרום באבני גזית מגיר קשה; סיתות האבנים נאה ובניית הקיר מדויקת. אל הקיר הוצמדה אומנה, שעליה השתמר טיח אפור בהיר. בריבוע הצפוני נחשפו שני קטעים של ריצוף אבן, אחד מהם ניגש לקיר, שנבנה אף הוא בכיוון צפון–דרום באבני גזית. בחתך שנחפר צמוד למחיצה שבין שני הריבועים נחשפה חוליית עמוד עגול מאבן גיר (0.8 מ' קוטר, כ-0.4 מ' גובה). בשכבה התגלה ממצא כלי חרס, הכולל כלי ייבוא רבים.
 
שכבה V (התקופה האומיית; המאה הז' לסה"נ). משני צדי המחיצה שבין שני הריבועים נחשף חלק ממבנה. בריבוע הדרומי נחשף קיר שנבנה בכיוון כללי צפון–דרום. בריבוע הצפוני נחשף קיר נוסף, שנבנה בכיוון מזרח–מערב, ובמרכזו סף בנוי. בתווך בין שני הקירות נחשפה רצפת עפר מהודק. על הרצפה התגלו כלים מהתקופה האומיית.
 
שכבה IV (התקופה העבאסית; המאות הז'–הח' לסה"נ). בשני הריבועים נחשפה על גבי הרצפה משכבה V רצפה עשויה מסיד מעורב בטיט, השייכת כנראה לאותו מבנה שנחשף בשכבה V. על הרצפה התגלו שברי כלי חרס מהתקופה העבאסית.
 
שכבה III (התקופה הצלבנית; המאה הי"ב לסה"נ). בריבוע הצפוני התגלו שרידי בנייה נאה. בחלק המערבי של הריבוע נחשפה פינת מבנה שקירותיו רחבים (כ-1 מ'). בחלק הצפוני של הריבוע התגלה קיר נוסף, שנבנה בכיוון כללי מזרח–מערב. הקירות נבנו מאבני גיר בינוניות, שביניהן הוכנסו אבנים שטוחות מבזלת לחיזוק הקירות ('קלינים'); בבניית הקירות נעשה שימוש רב במלט אפור שמעורב בו בעפר. הקירות השתמרו לגובה של כ-1.5 מ'; הם חדרו לשכבות קדומות יותר. כן התגלו רצפות עשויות מעפר מהודק. בקירות ובהצטברויות מעל הרצפות התגלו פריטים אדריכליים אחדים בשימוש משני. על הרצפות התגלה ממצא עשיר, ובו עצמות בעלי חיים ושברי כלי חרס, ובהם קערות מקומיות וכלים מיובאים.
 
שכבה II (התקופה הממלוכית; המאות הי"ג–הי"ד לסה"נ). בשני הריבועים התגלו קירות ורצפות עשויות ממגוון חומרים, ובהם רסק גיר, עפר ואבנים. נראה ששרידים אלה הם חלק ממכלול מגורים נרחב. בשכבה זו התגלו שברים של כלי חרס מקומיים ושל כמה קערות מיובאות.
 
שכבה I (אמצע המאה הכ' לסה"נ). נחשפו שרידי תעלת הגנה (כ-5 מ' אורך חשיפה, 0.7 מ' רוחב) מימיו הראשונים של קיבוץ מגידו. התעלה התגלתה מלאה באבני מפולת, קרשים ושרידי חביות פח ששימשו לדיפון התעלה. על תחתית אחת מחביות הפח התגלו פיסות עיתון משנת 1949, עדות מימיו הראשונים של הקיבוץ.
 
שרידי הבנייה שנחשפו בחפירה, בעיקר אלה בשכבות מן התקופות הביזנטית, האסלאמית הקדומה, הצלבנית והממלוכית, ובהם בניית גזית ואומנות מטויחות, מלמדים כי באתר שכנה אוכלוסייה אמידה. מגוון כלי הייבוא שהתגלה באתר מלמד שלתושבי המקום היו קשרי מסחר ענפים. שרידי בנייה למן התקופה ההלניסטית ועד לתקופה הממלוכית לא התגלו באתר מאז חפירותיו של שומאכר בראשית המאה הכ'. היישוב מהתקופה ההלניסטית טרם זוהה במרחב לגיו-מגידו, אך ממקורות היסטוריים ידוע כי מדרום לתל מגידו שכנו עיר מהתקופות הרומית והביזנטית (מאקסימיאנופוליס), אחוזה צלבנית (ליאון) ויישוב מהתקופה האיסלאמית הקדומה שהתקיים ברציפות עד לתקופה העות'מאנית (לג'ון). אפשר שבחפירה זו נחשפו לראשונה שרידי בנייה מיישובים אלו. שכבות היישוב הרבות שנחשפו בחפירה זו מעל זו מחזקות את ההערכות שעלו ממחקרים קודמים, בהן נטען כי הגבעה הדרומית בקיבוץ מגידו היא אתר ארכיאולוגי רב שכבתי.