בשנים 1996, 2001-1998 נערך סקר בשטח המשתרע בתחום מפת שער הגיא (רשיונות מס' 31/1996-G, 101/1998-G, 83/1999-G, 17/2000-G, 47/2001-G; מפה מס' 100). הסקר, מטעם רשות העתיקות, נערך על ידי ב' זיסו, ג' סולימני וד' וייס בסיוע ו' אסמן (מדידות).
נסקרו כארבעים אחוזים משטח המפה, בעיקר בחלקה המרכזי והצפוני: כ-80 אתרים, הכוללים כ-20 חורבות, 17 גתות, 12 מחצבות אבן, 11 כבשני סיד, חמישה מבנים מבודדים וכן שומרות, מערות קבורה, מערות מגורים ובורות מים. החורבות הן ברובן שרידים של כפרים ושל בתי אחוזה המתוארכים למן תקופת הברזל ועד לימי הביניים. בשטחי החורבות וסמוך להן נמצאו מיתקנים חקלאיים ומדרגות עיבוד חקלאיות, המלמדות על פעילות חקלאית נרחבת. ברוב החורבות קשה לשחזר את תוכנית המבנים בשל ההרס הרב ופעילות השוד. להלן יתוארו ארבע החורבות הגדולות שנסקרו בחלק הצפוני של המפה.
ח' רפידייה (נ"צ — רי"ח 2098/6367; רי"י 1598/1367). חורבה גדולה המשתרעת על פני שטח של כ-15 דונם בראש הר רפיד. בצפון האתר נראים שרידי חומה, שככל הנראה הקיפה את האתר. כן נסקרו בורות מים מטויחים וכבשן סיד. הממצא הקרמי מתוארך לתקופות הברזל, הרומית והביזנטית.
ח' מג'נונה (נ"צ — רי"ח 2077/6381; רי"י 1577/1381). חורבה המשתרעת על פני שטח של כחמישה דונם בראש כיפה. נסקרו שרידיהם של מבנים הבנויים אבני גזית, וכן פריטים אדריכליים רבים. סביב האתר נמצאו גת, בית בד וחציבות רבות. הממצא הקרמי מתוארך לתקופות הביזנטית והאסלאמית הקדומה.
ח' מסמאר (נ"צ — רי"ח 2069/6357; רי"י 1569/1357). חורבה קטנה המשתרעת על פני כשבעה דונם בראש כיפה. נמצאו בה מבנים שקירותיהם השתמרו לגובה של שניים עד שלושה נדבכים, בורות מים וגורן. הממצא הקרמי מתוארך לתקופות הברזל, ההלניסטית, הרומית והביזנטית.
חורבת חורש (נ"צ — רי"ח 2048/6372; רי"י 1548/1372). חורבה גדולה ששטחה כעשרים דונם, המשתרעת על מדרון שלוחה. נסקרו בה שרידי מבנים, שחלקם בנויים מאבני גזית ונישאים לגובה של עד חמישה נדבכים ופריטים אדריכליים רבים. כן אותרה מערכת מים, הכוללת בורות מים ואמות חצובים ובנויים ואמות חצובות ובנויות. הממצא הקרמי מתוארך לתקופות הרומית והביזנטית.