היישוב כפר ברא משתרע בשיפולים המערביים של הרי השומרון, סמוך לערוץ נחל קנה ולמישור סחף שהיה מיושב לאורך תקופות ממושכות. האזור מאופיין במסלע מתצורת מנוחה — כיסוי נארי על גבי סלע קירטון הנושא שברי צור. בחפירות הצלה שנערכו באתר בעבר נחשפו שרידי יישוב מהתקופות הרומית, הביזנטית, האסלאמית הקדומה והממלוכית (סארי תשנ"ח; ארבל תשנ"ט; אבו פנה תשס"ג; אבו פנה 2010; Ariel and Sokolov 2018). במאה הכ' נוסד באתר יישוב, שהושתת על גבי שרידי היישוב הקדום (גרוסמן תשנ"ד:190).
החפירה נערכה בשלוש מערות (19, 54, 64), ארבעה קברים (79, 82, 85, 104), בור מים (51) וגת (62), כולם חצובים בסלע, וכן במדרגה חקלאית (123L), שתועדו בסקר שנערך באתר טרם החפירה (רישיון מס' 671/2016-S). עוד תועדו בסקר זה קירות שדה וחלקות חקלאיות. ממצאי החפירה מהתקופות הקדומות — הניאוליתית הקדם-קרמית ב', הניאוליתית הקרמית, הכלקוליתית והברונזה הקדומה — יתוארו להלן באופן ראשוני ויפורסמו בעתיד באופן נרחב, ואילו הממצאים מהתקופות המאוחרות — הרומית, הביזנטית, האסלאמית הקדומה, הממלוכית והעות'מאנית — יתוארו להלן באופן נרחב.
 
מערות חצובות
מערה 19. בחלק הצפוני של המערה התגלו שני פתחים: פתח עגול קטן בצפון-מערב, שהיה כנראה הפתח המקורי של המערה, ופתח רחב בצפון-מזרח, כנראה פרצה או קריסה מאוחרת. הפתחים מוליכים אל אולם כניסה סגלגל (168 מ"ר; איור 2). בקרקעית האולם נחצבו חמישה בורות עגולים (איור 3), ולצדם נחשפו שרידים של ריצוף אבן. בדופן הדרומית של האולם נחצבו שתי מחילות, הנמשכות לדרום ולדרום-מזרח. המחילה הדרומית (11 מ' אורך חשיפה, 1–3 מ' רוחב; איור 4) מתפצלת בקצה לשלוש מחילות, הממשיכות לדרום ולדרום-מערב. בבור בדיקה שנחפר לפני נקודת הפיצול שבקצה המחילה נחשפו שלוש רצפות מאדמה מהודקת שהונחו זו על גבי זו, מעל סלע האם, וביניהן מילויי אדמה (כ-1.5 מ' עובי כולל). קצה המחילה הדרומית-מזרחית (6 מ' אורך חשיפה, כ-2.5 מ' רוחב) מתרחב צפונה לחלל גדול (6 מ"ר), שנחשף בחלקו בלבד.
במערה נחשפו ממצאים משמונה תקופות. בחלקו הדרומי של אולם הכניסה, סמוך לפתח המחילה הדרומית, נמצאו פריטי צור משלהי התקופה הניאוליתית הקדם-קרמית ב' (7000–6400 לפסה"נ; טנדלר, בריילובסקי-רוכסר וקריספין תשפ"ג:86–94). דומה שבתקופה זו נחצב אולם הכניסה של המערה. בתקופה הניאוליתית הקרמית הורחבה המערה באופן משמעותי. מתקופה זו (התרבות הירמוכית; 6400–5800 לפסה"נ) נחשפו ממצאים רבים, ובהם כלי חרס מעוטרים שלמים (Tendler and van den Brink 2022:7–11), כלי צור ותליון מאבן ירוקה, שנמצאו על רצפת אדמה מהודקת לאורך המחילה הדרומית ובשני בורות עגולים באולם הכניסה של המערה, צמוד לפתח המחילה הדרומית. ממצאים נוספים מתקופה זו נחשפו בבור הבדיקה שבקצה המחילה הדרומית, על שלוש רצפות האדמה ובמילויים שביניהן. על רצפת הסלע של אולם הכניסה ובשלושה בורות עגולים החצובים לתוכה נתגלו ממצאים מהתקופה הכלקוליתית המאוחרת (התרבות הע'סולית; 4000–3900 לפסה"נ), ובהם שברי גלוסקמות ומעט עצמות אדם, המלמדים שהמערה שימשה לקבורה בתקופה זו. במרכז המחילה הדרומית, במחילה הדרומית-מזרחית ובבור עגול באולם הכניסה התגלו ממצאים מתקופת הברונזה הקדומה 1 (3300–3050 לפסה"נ), ובהם כלי חרס ושבר של לוח צפחה מעוטר (פלטה) שמקורו במצרים וששימש לשחיקת חומרי איפור. הממצאים מתקופת הב"ק 1 אופייניים למערות קבורה ומלמדים שהמערה שימשה לקבורה גם בתקופה זו. מתחת לשרידי ריצוף האבן שבאולם הכניסה של המערה נחשפו כלי חרס מהתקופה הביזנטית (לא צוירו). מעל לשרידי הריצוף נחשפו שברי כלי חרס מהתקופה העבאסית, ובהם קערה (איור 1:5), סיר בישול (איור 2:5), קנקן (איור 3:5), פכים (איור 4:5, 5) ונרות (איור 6:5, 7). דומה שכלי החרס קשורים ליישוב ששכן במקום בתקופות אלה. על פני השטח במערה התגלו ממצאים מהתקופה הממלוכית, ובהם בקבוקון זכוכית (ר' נספח: איור 8:1), ושברי כלי חרס מהתקופה העות'מאנית, ובהם קערות (איור 8:5, 9), פכים (איור 10:5, 11) ומקטרות (איור 12:5, 13). עוד התגלו במערה ממצאים מימינו, ובהם רסיסי פגזים ממלחמת העולם הראשונה, המלמדים שבמערה התקיימה פעילות ארעית דוגמת הלנת עדרי צאן ואיסוף מתכות.
המערה היא מערכת תת-קרקעית נרחבת ומסועפת שנחצבה בתקופה הניאוליתית. פעילות במערות טבעיות במהלך התקופות הפרהיסטוריות מוכרת בסביבה הקרובה במערת נחל קנה (Gopher and Tsuk 1996), במערת אלקנה (זיסו ואחרים תשע"ה:18) ובמערת צרדה (Freikman 2017:82–90), ובהן התגלו ממצאים מהתקופות הניאוליתית הקרמית (התרבות הירמוכית), הכלקוליתית המאוחרת והברונזה הקדומה. בשונה ממערות אלה, מערה 19 ייחודית בכך שאינה מערה קרסטית טבעית אלא הוכשרה לשימוש בחציבה.
 
מערה 54 (כ-57 מ"ר; איור 6) נחצבה בסלע הקירטון הרך שמתחת לכיסוי הנארי הקשה. המערה צרה ונראה שבצדה המערבי היה פתח רבוע רחב. במערה נחשפו מפלסי קבורה משנית של פרטים רבים מתקופת הב"ק 1. צמוד לדופנות הצפונית והדרומית של המערה התגלו קירות, שנבנו מאבני שדה גדולות, שתחמו את אזור הקבורה. לצד עצמות הנקברים נחשפו חפצים ומנחות קבורה הכוללים כלי חרס קטנים מעוטרים, קערת בזלת וחרוז קרנליאן. עוד נחשפו במערה שברי כלי זכוכית וזכוכית גולמית מהתקופה הביזנטית (ר' נספח: איור 5:1, 6). במפלס גבוה יותר במערה נמצאו טבון חרס וכלי חרס מהתקופה העות'מאנית; נראה שבתקופה זו שימשה המערה למגורים ארעיים.
 
מערה 64 (341 מ"ר; איור 7). נחשף חלל גדול, שנחצב בסלע הקירטון הרך שמתחת לכיסוי נארי הקשה. ניכר כי המערה הורחבה בחציבה כמה פעמים לאורך התקופות. באחד משלבי השימוש במערה נחצבו בדופנה המערבית גרם של חמש מדרגות (איור 8) ובתקרתה פתח עגול, והיא הוסבה לשמש מאגר מים. על הדופן הדרומית של המערה נחשפו קטעי טיח עבה, הנושא סימנים שהותירו המים. נראה כי מאגר המים שימש את היישוב ששכן באתר בתקופות הרומית והאסלאמית הקדומה. בתוך המאגר הותקנו מחיצות בנויות, שצמצמו את שטחו. בשלב מאוחר יותר קרסו המחיצות, והמערה שימשה כנראה לפעילות ארעית דוגמת מגורים והלנת עדרים. במערה התגלו ממצאים מהתקופות הניאוליתית הקרמית, הכלקוליתית, הברונזה הקדומה והרומית–העות'מאנית, ובהם קערות (איור 1:9–6), מחבת (איור 7:9) וסיר בישול (איור 8:9) מהתקופה האסלאמית הקדומה; קערות (איור 9:9, 10), סיר בישול (איור 11:9), קנקן (איור 12:9) ונר (איור 13:9) מהתקופה הממלוכית; וקערה (איור 14:9), קנקן (איור 15:9) ופך (איור 16:9) מהתקופה העות'מאנית.
 
קברים חצובים
נתגלו ארבעה קברים חצובים (79, 82, 85, 104). בהתבסס על תקופות ההתיישבות באתר, על תכנית הקברים ועל הממצאים מקבר 104, דומה שכלל הקברים נחצבו בתקופות הרומית התיכונה–הביזנטית.
 
קבר 79 (109L; 0.4 × 0.9 מ', 0.4 מ' עומק; איור 10). נחשף קבר מלבני חצוב בכיוון צפון–דרום. בקצה הצפוני של הקבר נחצבה משענת ראש.
 
קבר 82 (108L; 0.55 × 1.70 מ', 0.9 מ' עומק; איורים 11, 12). נחשף קבר מלבני חצוב בכיוון צפון-מערב–דרום-מזרח. קרקעית הקבר מוגבהת קלות בקצהו הדרומי-מזרחי כמשענת ראש; בדופן שמעליה חצוב מקמר. בצדו המערבי של הקבר התגלו מעט עצמות אדם, שזוהו כאצבעות כף רגל של פרט בוגר (נגר, להלן).
 
קבר 85 (2.3 × 2.7 מ', 1.85 מ' גובה; איורים 13, 14). נחשפה מערת קבורה מלבנית שנחצבה בקפידה באבן גיר. פתח המערה מלבני ופונה לדרום-מזרח; הוא פרוץ כיום, אך נראה כי הוא נסגר בעבר בדלת על ציר. בשלוש מדופנות המערה נחצבו שקתות קבורה (0.7 × 2.0 מ', 0.8 מ' עומק), שבהן משענות ראש ומעליהן מקמרים. בדופנות השקתות נחצבו מגרעות לסגירה בלוחות אבן. לא התגלו במערה ממצאים.
 
קבר 104 (איורים 15, 16). נחשף קבר דו-מקמר כפול שנחצב בכיוון צפון-מערב–דרום-מזרח. הקבר נמצא פתוח וככל הנראה נשדד בעבר והחלל המרכזי שלו הופרע. במרכז הקבר נחשפה חציבה מלבנית עמוקה (110L; 0.65 × 1.80 מ') שמשני צדדיה שקתות קבורה קמורות (160L, 161L). שוקת 160 (0.65 × 2.00 מ', 0.75 מ' עומק) רוצפה באבני פסיפס לבנות. בשקתות הקבורה ובחלל המרכזי התגלו עצמות אדם של כמה פרטים בוגרים וצעירים (נגר, להלן). לצד הנקברים התגלו כלי חרס, ובהם סיר בישול (איור 1:17) וקנקנים (איור 2:17, 3) מהתקופה הרומית התיכונה; קערה מהתקופה הביזנטית (איור 4:17); וקערות (איור 5:17–7) וסיר בישול (איור 8:17) מהתקופה הממלוכית. עוד נמצאו תכשיטים (איור 18) וכלי זכוכית מהתקופות הרומית המאוחרת–הביזנטית הקדומה, הממלוכית והעות'מאנית (ר' נספח). על סמך הממצאים נראה שהקבר נחצב בתקופה הרומית התיכונה. בתקופות הביזנטית והממלוכית שימש הקבר בשימוש חוזר לקבורה.
 
בור מים 51
נחשף בור מים (2.15 מ' קוטר מרבי, 3 מ' עומק; איור 19), שלו פתח רחב (1.2 מ' קוטר). על דופנות הבור השתמרו קטעי טיח בהיר.
 
גת 62
הגת נחצבה במחשוף סלע גבוה (איורים 20, 21). לגת משטח דריכה מלבני (149L; 2.8 × 3.5 מ') ומצפון לו בור איגום רבוע (150L; 0.9 × 0.9 מ', 0.85 מ' עומק), שבקרקעיתו נחצבה גומת שיקוע עגולה.
 
מדרגה חקלאית 123
המדרגה (14 מ' אורך חשיפה, 7 מ' רוחב; איור 22) נתחמה מצפון וממערב בקיר הבנוי מאבני שדה בגדלים שונים, ומדרום במחשוף סלע גבוה. קרקעית הסלע של המדרגה ישרה יחסית, ומעליה נמצאה שכבת אדמה (כ-0.2 מ' עובי). בשטח המדרגה נמצאו כלי חרס וצמיד זכוכית (ר' נספח), המתוארכים לתקופה העות'מאנית המאוחרת.
 
עצמות אדם
יוסי נגר
 
בקברים 82 ו-104, שחציבתם מתוארכת כנראה לתקופות הרומית התיכונה–הביזנטית, נתגלו עצמות אדם. השתמרותן של העצמות ירודה; הן נבדקו בשטח ולאחר מכן נטמנו בחזרה באתר. ההשתמרות הירודה של העצמות והעובדה שהן לא נבדקו במעבדה מנעו שחזור מלא של נתונים אנתרופולוגיים, אך התאפשר להעריך את גילם של הנקברים ואת ומינם.
 
קבר 82. בצדו הצפוני-מערבי של הקבר (108L) נמצאו מעט פרורי עצמות של כף רגל. האפיפיזות באצבעות מאוחות, ממצא האופייני לפרט בוגר (Johnston and Zimmer 1989). דומה שהקבר שימש לקבורת יחיד ראשונית. על פי מיקום הממצא ניכר שראשו של הנקבר, שלא השתמר, הונח על כרית אבן מוגבהת בצדו הדרומי-מזרחי של הקבר. מנח דומה נחשף בעבר בקבורה נוצרית מהתקופה הביזנטית (פלג תשס"ט).
 
קבר 104. בחלל המרכזי של הקבר (110L) נחשפו מעט שברי עצמות, שמקורן בשקתות הצדדיות שנשדדו או בשימוש המשני בקבר בתקופה הממלוכית. רוב השברים אינם אינדיקטיביים, אך זוהתה אצבע של גף תחתון שמראה אפיפיזות מאוחות, ממצא האופייני לפרט בוגר (Johnston and Zimmer 1989).
בשוקת קבורה 160 נחשפו מעט שברי עצמות של כיפת גולגולת, שיניים ועצמות פוסטקרניאליות פזורות. העצמות הארוכות התפוררו, ללא אפשרות לקבוע את מספר הפרטים. השיניים מוינו לפי סוגים ותועדו (פירוט מלא בארכיון רשות העתיקות); הן מייצגות לפחות שני פרטים בוגרים. על פי דרגת השחיקה של השיניים, הוערך שגילם של הפרטים 18–25 ו-30–50 שנה לערך (Hillson 1986:176–201).
בשוקת קבורה 161 נחשפו שברי עצמות של כיפת גולגולת, שיניים ועצמות פוסטקרניאליות פזורות. שברי עצמות ירך מייצגים לפחות שני פרטים בוגרים; באחד מהם הקוטר הוורטיקלי של ראש העצם הוא כ-36 מ"מ, מידה האופיינית לפרט ממין נקבה (Bass 2005:230). השיניים מוינו לפי סוגים ותועדו (פירוט מלא בארכיון רשות העתיקות); הן מייצגות לפחות 11 פרטים. על פי שלבי ההתפתחות של השיניים ודרגת שחיקתן (Hillson 1986:176–201), זוהו לפחות שלושה תינוקות, האחד בגיל 1.5–2.5 שנה והשניים האחרים בגיל 2–3 שנה; שלושה ילדים בגילים 3–5, 5–7 ו-12–15 שנה; וחמישה פרטים בוגרים בגילים 15–25, 20–30, 30<, 30< ו-40< שנה.
קברי דו-מקמר דומים נתגלו באתרים רבים באזור השפלה וכן באתרים מעטים בירושלים (Avni 1997:31), אך אלה טרם נחקרו באופן יסודי. בקברים שנחשפו באזור השפלה — בפרדיסיא (זיסו, מויאל וגנור תשס"ט), בח'ירבת זכרין (הדד תשס"ז), בח'ירבת בית כופה (זלינגר והלל 2007) ובאתרים נוספים — נמצאו עצמות אדם, אך בכל הקברים השתמרותן של העצמות ירודה ותיארוכם של הקברים לתקופה הרומית התיכונה והמאוחרת או לתקופה הביזנטית לא היה מוחלט.