אתר מג'דוליה שוכן בדרום הגולן, מדרום לנחל סמך. החפירה נערכה במטרה לשחזר את תולדות ההתיישבות באתר כפרי זה בתקופה הרומית ולאפיין את ההתיישבות הכפרית בגולן בתקופה זו. לאחר סקר ראשוני הוגדרו תשעה אזורי עניין המשתרעים ברוב שטח האתר. עד כה נערכה חפירה בשישה משטחים אלה (איור 1): בית הכנסת (שטח A); מבני מגורים סמוך למרכז האתר (שטח E); שטח מגורים נוסף בשוליים הצפוניים-מערביים של האתר (שטח M); כבשן יוצר (שטח C); ושני אזורים של ייצור שמן זית, האחד בשוליים הצפוניים-מזרחיים של האתר (אזור B) והשני בשוליו הדרומיים (אזור R). שלושת השטחים שלא נחפרו הם שטחים P ו-S, שתועדו בהם בסקר שרידים להפקת שמן, ושטח T, שתועדו בו בסקר מבני מגורים קרוב למרכז האתר.
רוב הממצאים שהתגלו בחפירה מתוארכים למן סוף המאה הא' ועד המאה הג' לסה"נ. נראה כי בית הכנסת נבנה בתקופה הרומית הקדומה, בראשית המאה הא' לסה"נ, והמשיך לשמש עד התקופה הרומית המאוחרת במאה הג' לסה"נ. כן נחשפו בחפירה שרידים מעטים מהתקופות האסלאמית הקדומה והממלוכית בזיקה למבני המגורים בשטח E.
 
בית הכנסת (שטח A). בסקר שנערך טרם החפירה תועדו על פני שטח A פריטים אדריכליים, ובהם קטע של ספסל, חוליות עמודים ובסיסים וכותרות דוריים. בחפירה נחשפו שרידי בית כנסת (איורים 2, 3)  — מבנה מלבני בכיוון צפון–דרום (13 × 23 מ'), שצמוד לקירו הצפוני נבנו שני חדרים נספחים. קירות המבנה נבנו מאבני בזלת מסותתות באיכות גבוהה והשתמרו לגובה של 1–3 נדבכים, אם כי קטעים שלמים מהקירות החיצוניים של המבנה, במיוחד בצד המערבי, לא השתמרו כלל. במבנה הובחנו כמה שיטות בנייה, המלמדות על שלושה שלבי בנייה עיקריים. בתוך המבנה ובשטח נרחב מחוצה לו התגלו שברים של עמודים ושל כותרות דוריות איכותיות; השטח הנרחב שבו התגלו שברים אלה מלמד אולי כי הם נותצו בכוונה. רק התושבות ששימשו בסיסי עמודים השתמרו באתרן, בעיקר אלה של השורה המזרחית.
פנים בית הכנסת מחולק לאולם מרכזי וסטרות צדדיות. מפלסי הרצפה של הסטרות גבוהים כדי 0.26 מ' מרצפת האולם המרכזי (איור 4). בקיר המערבי של המבנה נמצאו שני ספים של פתחים צדדיים; האחד סמוך לקצה הדרומי והשני סמוך לקצה הצפוני. נראה שבאמצע הקיר המערבי של המבנה היה קבוע הפתח הראשי, אם כי חלק זה של הקיר לא השתמר. לאורך הפן הפנימי של קירות המבנה התגלו קטעים של ספסל, שהיה בנוי כנראה במקור לאורך כל הקירות באופן רציף. לאורך הקיר הצפוני השתמר הספסל בשלמותו, אך לאורך הקיר המזרחי השתמרו רק קטעים אחדים ובפינה הצפונית-מערבית השתמר קטע ספסל קצר. לאורך חלקים מהקיר המערבי ולאורך כל הקיר הדרומי נחשפו יסודות הספסל. בין העמודים של השורות המזרחית והמערבית ולאורך הספסלים ההיקפיים הצפוני והדרומי התגלו שרידי ספסל נוסף, פנימי, שנבנה במפלס נמוך יותר מזה של הספסל ההיקפי, והקיף כנראה גם הוא את האולם המרכזי. על כל אבני הבנייה בקטע הדרומי של הספסל הנמוך הובחנו תווי סתת נראים.
במבנה התגלו רצפות פסיפס שהשתמרותן גרועה. קטעי פסיפס נמצאו בעיקר בחלקו הדרומי של האולם המרכזי, ומעט גם בחלק הדרומי של הסטרות. קטעי הפסיפס של האולם המרכזי עוטרו בתיאור עשיר של בעלי חיים, שהשתמר רק בחלקו, בעוד שבפסיפסי הסטרות הובחן רק דגם גיאומטרי צבעוני (איור 5).
בתוך מבנה בית הכנסת נחפרו שלושה חתכי בדיקה קטנים, ומחוץ לקירו המזרחי נחפר חתך בדיקה יחיד, במטרה לחשוף כלי חרס מתחת לרצפות וליסודות לצורך תיארוך המבנה.  בחפירה מתחת לרצפת הפסיפס של האולם המרכזי, לאחר שזו הוצאה לצורך שימור, התגלתה הצטברות אדמה ובה כלי חרס. במחקר ראשוני זה תוארכה בניית בית הכנסת לתקופה הרומית הקדומה, ואפשר כי היא נערכה בשני שלבים (ר' איור 3: שלב 1; הקיר המזרחי ואולי החדר מצפון). המבנה המשיך לשמש עד המאה הג' לסה"נ עם תוספות ושינויים, כגון בניית גג רעפים, רצפת פסיפס, אומנות לאורך הקיר המזרחי ושני החדרים הנספחים מצפון למבנה (איור 3: שלבים 2, 3). תיארוך שלבים אלה עדיין נחקר ויתברר עוד בעונות החפירה הבאות.
הרצפה הנמוכה של האולם המרכזי ביחס לרצפות הגבוהות של הסטרות, הספסלים ההיקפיים וכותרות העמודים הדוריות האיכותיות הם מאפיינים בולטים של בתי הכנסת מימי הבית השני. בתי כנסת דומים מהתקופה הרומית הקדומה התגלו בגמלא (Syon and Yavor 2010:40–61) ובמגדל (אבשלום-גורני ונג'ר 2013), ושניהם חדלו להתקיים בשנת 67 לסה"נ.
 
כבשן יוצר (שטח C). התגלו שרידי כבשן יוצר עגול (2.8 מ' קוטר פנימי) שהשתמר היטב. הוא נבנה מאבני בזלת ובמרכזו עמוד (איור 6). בחפירת הכבשן התגלו כמויות גדולות של כלי בישול, ובהם קערות, סירים ופכים. כלי המטבח נפוצים בתקופה הרומית המאוחרת, וכמוהם התגלו בגולן ובגליל.
 
בתי מגורים (שטחים E ו-M). בשטח E (איור 7) נחשפה סדרה של רצפות וקירות ויחד איתם כמויות גדולות של כלי חרס, המתוארכים ברובם לתקופה הרומית המאוחרת ובמקצתם לתקופה האסלאמית הקדומה (התקופה העבאסית). מעל שרידים אלה נחשפה שכבת אדמה ובה ממצאים מהתקופה הממלוכית, ובהם שני תנורים.
בסקר הראשוני בשטח M, המשתרע במדרון המשתפל אל נחל סמך, התגלו מפולות בנייה בצפיפות גבוהה (איור 8). בחפירה נחשף מכלול מגורים, שבקירו המערבי נקבע פתח. במכלול התגלו מטבעות וכלי חרס, המתארכים את שלב היישוב האחרון למאה הג' לסה"נ. עוד התגלה בשטח M קיר של מבנה אחר ויחד עימו ממצאים מהתקופה הרומית, שהמאוחר בהם מתוארך למאה הג' לסה"נ.
 
מתקנים של בית בד (שטחים B ו-R). בסקר הראשוני תועדו שרידי מתקנים לכבישת זיתים, ואלה נחפרו בחלקם. בשטח B התגלו שתי משקולות, ומשני עבריהן ומתחתן התגלו כלי חרס מהתקופה הרומית. נראה שהמשקולות התגלו באתרן או סמוך לאתרן המקורי. בשטח R נמצאו משקולת שלמה ושבר של משקולת נוספת, ובמרחק כ-15 מ' ממזרח להם התגלה החלק העליון של מכבש בורג. המכבש נחשף בזיקה לשרידי מבנה (איור 9) — שני קירות ורצפה — שחפירתם העלתה כמויות גדולות של שברי קנקני אחסון מהתקופה הרומית המאוחרת, ומטבע מאמצע המאה הג' לסה"נ. מכבשי בורג מטיפוס זה היו נדירים למדי בתקופה הרומית, אך הלכו והתרבו במהלך התקופה הביזנטית. האתר ננטש בשלהי המאה הג' לסה"נ, ותיארוכו תורם להבנת טווח זמן השימוש במכבש מטיפוס זה.
 
המידע הכרונולוגי מחפירה זו עולה בקנה אחד עם תולדות ההתיישבות בגולן כפי שנדון על ידי בן-דוד (2005), המצביע על כך שההתיישבות היהודית באזור זה נמשכה לאחר המרד הגדול. בית הכנסת במג'דוליה, שנבנה בסביבות המאה הא' לסה"נ (או אולי קודם לכן) המשיך לשמש עד לשלהי המאה הג' לסה"נ, עת ננטש האתר. לא התגלה עד כה בית כנסת אחר שפעל בתקופה הרומית המאוחרת בגולן, ולכן לחפירה זו חשיבות רבה. ממצאים חשובים נוספים מהחפירה הם כבשן היוצר, שעד כה הוא היחיד מסוגו שהתגלה בגולן, ובית הבד שהוא אחת הדוגמאות הקדומות ביותר באזור לטיפוס זה של בית בד.