החפירה נערכה בשני שטחים (A, B; איור 1), על מדרון מתון, כ-50 מ' ממערב לגרעין הכפר הקדום שסביבו התפתחה השכונה. נחשפו שרידים של שלוש מערות חצובות בסלע גיר רך, קיר ובור מים. השרידים נשדדו בעבר, ולא נמצא בהם ממצא מתארך. מדרון זה, בדומה לשאר המדרונות באזור, מאופיין במערות חצובות בקרטון רך, שרובן נוצלו לקבורה (קלונר תשס"א:90–93, אתרים 206–217; עדוי, ברדה ודגן 2013, ושם הפניות). בקרבת מקום אפשר להבחין בשרידים של מדרגות עיבוד חקלאיות, ששימשו את תושבי הכפר.
 
שטח A

מערות (A ו-B). למערה A (כ-3.0 × 3.5–5.0 מ', 2 מ' גובה; איורים 2, 3) פתח (כ-2 מ' רוחב, 2.3 מ' גובה) בפינה הדרומית-מערבית, הפונה לדרום. בחלל המערה נמצאו שלוש שכבות של הצטברויות: בשכבה התחתונה פסולת חציבה לבנה-צהובה, שנועדה לפלס את קרקעיתה (102L; 0.2 מ' עובי); בשכבה האמצעית אדמה אפורה כהה, כנראה פסולת טבון (101L; 0.15–0.20 מ' עובי); ובשכבה העליונה אדמת סחף, ובה ממצא מודרני (100L; כ-1.0–1.2 מ' עובי). בקרקעית המערה נחפר חתך בדיקה, ולא התגלה ממצא מתארך.

למערה B (איור 4) שני מרחבים מוארכים מזרחי (201L) ומערבי (220L). המרחב המזרחי (כ-2.0–2.5 × 6.5 מ'; איור 5) נחצב בציר צפון–דרום ומתחבר אל המרחב המערבי (2–3 × 6.5–7.0 מ'; איור 6), שנחצב בציר מזרח–מערב. מרחבים אלה נוצרו כנראה בפעולות חציבה מאוחרות שנעשו באזמל חד וטשטשו ופגמו בתכנית המערה המקורית. עם זאת, מערכת הכניסה נותרה כנראה מהשלב המקורי, והיא כללה פיר כניסה ושתי מדרגות. פיר הכניסה מלבני, אנכי (204L; כ-0.8 × 1.5 מ', 0.4–0.8 מ' עומק; איור 7), נחצב בתקרת המערה, ובתחתיתו נמצאו שני לוחות כיסוי באתרם, שהונחו על מדפים צרים סביב שולי הפיר (0.1 מ' רוחב). בעומק כ-0.4 מ' מתחת ללוחות הכיסוי נחצבה מדרגה (0.5 מ' רוחב, 0.35 מ' גובה; איור 8), שנועדה לירידה אל חלל המערה. שרידי מדרגה נוספת נמצאו מתחתיה, אך היא נפגעה בפעולות החציבה המאוחרות. שני פתחים נוספים, אנכיים אף הם, נחצבו בתקרת המערה: האחד ממזרח לפיר 204 (205L; כ-0.65 × 2.00 מ', 0.8 מ' עומק), והאחר  ממערב לו (206L; 1.05 × 1.20 מ', 0.8 מ' עומק). פיר 206 נמצא סתום בתחתיתו בהצטברויות של אדמה, והוא הוביל אל חלל המרחב המערבי (220L; איור 9). פתח נוסף (207L; כ-1.2 מ' רוחב), שהוביל אל המערה, הוכשר בדופן הדרומית של המרחב המזרחי (201L), כנראה עם הרחבת חלל המערה (איור 8). בחלל המערה נמצאו שתיים או שלוש שכבות הצטברות. במרחב המערבי נמצאו שתי שכבות של פסולת חציבה (221L — 0.8 מ' עובי; 201L — 0.3–0.5 מ' עובי), שהתחתונה (221L) שבהן מהודקת ומפולסת. במרחב המזרחי נמצאו שלוש שכבות הצטברות: בשכבה התחתונה פסולת חציבה (203L; 0.7 מ' עובי), שהושארה במערה ונועדה כנראה לפלס את הקרקעית; בשכבה האמצעית אדמת סחף חומה בהירה (202L; 0.05–0.10 מ' עובי); ובשכבה העליונה אדמת סחף ובה אבני שדה קטנות וממצא מודרני. השכבה העליונה חדרה אל המערה מהפתח שנפרץ בדופן הדרומית של המרחב המזרחי. במערה לא התגלה ממצא מתארך.

 
קיר. בחתך בסלע, מצפון-מערב למערה (איורים 2: חתך 1–1; 10), הובחן קיר (5 מ' אורך השתמרות), שהשתמרו ממנו ארבעה נדבכים שנבנו בתוך מגרעת חצובה בסלע (210L). הקיר נחשף בחלקו, ונראה כי תמך בפסולת חציבה שנמצאה מאחוריו. ייתכן כי במקור שימש פתח למבנה או לחלל שהשתרע מצפון לו ולא שרד.
 
שטח B
מערה (C; 3.5–4.0 × 6.5 מ', 2 מ' גובה; איור 11). במערה C מרחב יחיד, ופתחה (כ-3.5 מ' רוחב, 1.5 –2.3 מ' גובה) נקבע בדופן הדרומית. בצדו המזרחי של הפתח נבנה קיר אבן (איור 12), שנועד כנראה לשמש מזוזת פתח. בחלל המערה נמצאו שלוש שכבות הצטברות: בשכבה התחתונה פסולת חציבה שגונה לבן-צהוב (0.2 מ' עובי), והיא נועדה כנראה לפלס את קרקעית המערה; בשכבה האמצעית אדמת סחף חומה (301L; 0.15–0.20 מ' עובי; איור 13); ובשכבה העליונה, שנמצאה סמוך לפתח, אדמת סחף חומה-אפורה (כ-0.4 מ' עובי), ובה ממצא מודרני. בתוך חלל המערה זוהו חציבות מודרניות, ובהן בולטים קווי חציבה רחבים, אך לא זוהו חציבות קדומות, המאופיינות בקווי אזמל. ממערב לפתח הובחנו שני חללים חצובים בדופן הסלע (איור 14): האחד (1.2–1.5 מ' רוחב, 0.8 מ' גובה) דומה למקמר, ושייך כנראה במקור למערת מקמרים; והאחר (כ-1.2 מ' רוחב, 0.35 מ' גובה) נוצר כנראה בחציבה מודרנית, ושימושו אינו ברור.
 
בור מים (איור 15) תועד ממערב למערה C, סמוך לאחד המבנים בשכונה. חלקו העליון של הבור וחלק מדופנו הדרומית נחתכו בעבר, כנראה בעת בניית המבנה הסמוך. מתאר הבור היה כנראה דמוי אגס (כ-6 מ' קוטר, 0.85 מ' עומק עד למילוי מודרני), ונמצאו על דופנותיו שרידי טיח.
 
מערות B ו-C שימשו כנראה במקור מערות קבורה, ובשימוש משני הוסבו למחסנים לתושבי אל-עיסאוויה. מערה A נחצבה כנראה רק בתקופה מאוחרת, או שפעילות מאוחרת לא הותירה עדויות לשימוש קדום. ברחבי שכונת אל-עיסאוויה תועדו מערות קבורה רבות שהיו חלק מהנקרופוליס של ירושלים בתקופות הרומית והביזנטית. נראה שהקיר היה חלק מחזית מבנה או מחזיתה של מערת קבורה נוספת, שהשתרעה מתחת לכביש שמצפון לחפירה. בור המים קשור כנראה לפעילות חקלאית, בדומה למדרגות החקלאיות שזוהו בקרבת מקום.