בחלק המערבי של שטח החפירה נחשף חדר, ככל הנראה מרתף (L1008), שהוקם בבור שבמהלך כרייתו מפני השטח הקדומים עד לפני הסלע הוסרו שרידים קדומים יותר. חדר 1008 נחשף כמעט בשלמותו: הוא תחום בשלושה קירות (W13 מדרום, W15 ממערב ו-W10 ממזרח; כ-1.2 מ' עובי) שנבנו מאבני גוויל בשימוש משני והשתמרו עד לפני השטח; מצפון לא נמצא קיר סוגר. לאורך קיר 13 הוקם מתקן הבנוי מאבני גוויל קטנות מלוכדות בטיט אפור (W14). חלקו העליון מפולס ונישא על גבי ארבע קשתות (0.7 מ' רוחב, 0.6 מ' גובה; איור 3). מתחת לכל קשת נמצא שקע רדוד ברצפה (כ-10–15 ס"מ מתחת למפלס הרצפה בחדר 1008). רצפת החדר עשויה טיח בצבע ורוד שכיסה את פני הסלע. השקעים מתחת לקשתות במתקן טויחו בטיח דומה. נראה כי הטיח, אשר נועד אולי למנוע חלחול נוזלים, מעיד כי החדר והמתקן בו היו בשימוש תעשייתי או חקלאי. על רצפת החדר ועל הקרקעית המטויחת בכל אחד מן השקעים במתקן נמצאו רבדים עבים של חרסית (0.5 מ' עובי כולל) בגוני צהוב בהיר וחום אפרפר, שהורבדו בתוך מים. קשה לקבוע בוודאות אם מפלסי החרסית הם תוצאת השימוש שנעשה במתקן או שהם נוצרו בתהליך טבעי בשל חלחול מים לאחר שהמתקן המטויח יצא משימוש אך קודם לקריסת המבנה שבו הותקן. הרבדת חרסית בשכבות מפולסות אינה אופיינית לתהליכי הרבדה טבעיים, לכן סביר להניח שהרבדה זו היא תוצאת השימוש שנעשה במתקן. תפקידו של המתקן והסיבה להקמתו על רצפת מרתף אינם ברורים. אין כיום בספרות דיון במתקנים מסוג זה, אולם מתקן מטויח דומה, אף הוא מן התקופה הממלוכית, נמצא כ-100 מ' לצפון-מערב (אטרש 2016: איורים 9, 10; איור 1: 5500-A), וזוהה שם כחלק מריהוט החדר ששימש גם לאחסון.

את מפלסי החרסיות כיסתה מפולת של אבני בנייה שנמצאה בכל שטח החדר עד לגובה פני השטח. בין אבני המפולת נמצאו עצמות בעלי חיים, שברי זכוכית, חלקי ברזל וחרסים ממגוון תקופות, רובם מסוף התקופה הממלוכית. בתחתית המפולת, על משקעי החרסית, נמצאו שברי מקטרות ונר תמים פתוח. נרות פתוחים מעין אלה מופיעים לראשונה בתקופה הממלוכית, וייצורם נמשך עד למאות הי"ח והי"ט לסה"נ. אחת המקטרות נושאת כתובת תורכית באותיות ערביות, תופעה שראשיתה במאה הי"ח לסה"נ ושיאה במאה הי"ט לסה"נ. יש בממצא ייחודי זה כדי לתארך את חורבן המבנה שבו הותקן החדר/המרתף לתקופה העות'מאנית.
 
מצב השתמרותם של השרידים בחלק המזרחי של החפירה גרוע (איור 4). נחפרו שני רבדים של שפכי יישוב: רובד תחתון (L1006; עובי 0.3–0.5 מ') שנמצא על הסלע, ומעליו רובד של שפכים ומפולת של אבני גיר (L1003). הרובד התחתון כיסה על בור חצוב בסלע, שנחשף בחלקו ונמצא מלא בשברי כלי חרס מתקופת הברונזה המאוחרת 2ב'. ברובד העליון נתגלו שברי כלי חרס מתקופת הברזל 2 (המאות הי"ב–הח' לפסה"נ בלבד) ושבר גלוסקמה מן התקופה הכלקוליתית. נראה כי מעל שפכים אלה נבנה קיר (W11), שנחשפו ממנו רק שתי אבנים מהוקצעות במחיצה הדרומית של החפירה. המשכו של קיר זה מערבה נחתך בעת הקמת קיר מאוחר יותר (W16), שיסודותיו הונחו על פני הסלע; רק הפן המזרחי של הקיר נחשף. בחתך הדרומי של החפירה ניכר כי אל קיר 16 ניגשה הצטברות (מילוי בתעלת יסוד?), ובה שברי כלי חרס מן התקופה האסלאמית הקדומה: כלים רבים עם זיגוג מתקלף בגוני תכלת חיוור ואפור בהיר. לא נמצאו חרסים ממשפחת Buff Ware, שגונם צהוב בהיר ולבנבן, ולכן אין לדעת אם זמנו של הקיר הוא התקופה האומיית או התקופה העבאסית. קיר 10, התוחם את חדר/מרתף 1008 ממזרח, הוקם על תוואי קיר 16.
 
נראה כי אפשר לזהות בשרידים שנתגלו בחפירה עדות לחמישה שלבי יישוב: רובד 1006 מתקופת הברונזה המאוחרת 2ב' ורובד 1003 מתקופת הברזל (המאות הי"ב–הח' לפסה"נ), שמקורם – על פי טיפוסי הכלים – אינו בקברים אלא ביישוב סמוך, ככל הנראה בחלקו המערבי של הכפר נין; קיר 11, שזמנו אינו ברור; קיר 16 מן התקופה האסלאמית הקדומה; וחדר/מרתף 1008 מן התקופות הממלוכית–העות'מאנית. שבר הגלוסקמה ושברי חרס ספורים נוספים מן התקופה הכלקוליתית מעידים, לראשונה בנין, על נוכחות באתר גם בתקופה זו. מממצאי החפירה עולה כי עד לתקופה האסלאמית הקדומה, השטח שנחפר היה מחוץ ליישוב ונזרקו בו שפכי יישוב ממגוון תקופות.