בריבוע הצפוני של החפירה נחשפו שרידי מבנה רבוע (L101; מידות 3.8 × 4.1 מ'), שהושתת על הסלע. מן המבנה השתמרו שרידים של ארבעה קירות (W106–W104 ,W102). קיר 104 המזרחי נבנה משני נדבכי יסוד של אבני גוויל בינוניות וקטנות ומעליהם נדבכים של אבנים גדולות מלבניות (איור 5). קיר 102 הדרומי נבנה לתוך נישה בסלע, והוא השתמר לגובה נדבך אחד. מקירות 105 ו-106, הצפוני והמערבי, השתמרו רק קטעים לגובה נדבך אחד. בצפון המבנה התגלו שרידים דלים של רצפת אבנים, הניגשת אל הקיר הצפוני של המבנה (איור 6); אפשר גם שאלה הם שרידים של תשתית רצפה. במבנה נחשפו מעט שברי כלי חרס, ובהם קערות ייבוא וקנקנים. בריבוע הדרומי של החפירה נחשף משטח סלע (L100), ובו התגלו כמה תעלות חצובות וסימני חציבה. על משטח הסלע התגלתה הצטברות גדולה של שברי כלי חרס, הכוללים בעיקר קנקנים וכן סירי בישול וקערות ייבוא.

מרבית ממצא כלי החרס בחפירה נחשף על משטח הסלע ומקצתו נחשף במבנה, והוא כולל קערות מיובאות, כלי בישול, קנקנים ורעפים. כן נחשפו בחפירה שברי זכוכית אחדים, ובהם שברי חלון מלבני, המלמדים אולי על קיומה של כנסייה סמוכה, ושבר גביע יין (י' גורין-רוזן, מידע בעל פה), וכן כמה שברים של אריחי שיש מריצוף אופוס סקטילה.
 
ממצא כלי החרס. הקערות המיובאות ממורקות אדום ושייכות למשפחות LRC ו-CRS, ובהן קערות LRC3 (איור 1:7–5) המתוארכות למן אמצע המאה הה' ועד לאמצע המאה הו' לסה"נ, בסיס קערה מעוטר בעלים ובמעגלים (איור 6:7), עיטור האופייני לקערות LRC מראשית המאה הה' ועד שלהי המאה הו' לסה"נ, קערת LRC10 (איור 7:7), המתוארכת למן אמצע המאה הו' ועד ראשית המאה הז' לסה"נ, קערת LRC2A שלה שפת מדף קעורה (איור 8:7) והיא מופיעה כבר במחצית הראשונה של המאה הה' לסה"נ, וקערת CRS9 שיובאה מקפריסין (איור 9:7) ומתוארכת למאה הו' ועד לראשית המאה הז' לסה"נ.
כלי הבישול כוללים מחבת (איור 10:7), קדרות בישול פתוחות שלהן ידיות אופקיות (איור 11:7, 12) ומכסים במגוון גדלים (איור 13:7, 14), המתוארכים לתקופה הביזנטית, מראשית המאה הד' ועד ראשית המאה הז' לסה"נ, וכן סירי בישול סגורים משני טיפוסים, לאחד צוואר גבוה וזקוף (איור 15:7) ולאחר צוואר קצר (איור 16:7), והם מופיעים בשכבות VIIIVII בעוצה ומתוארכים למאות הה'–הו' לסה"נ.
הקנקנים הם עיקר ממצא כלי החרס בחפירה. הובחנו שלושה טיפוסי קנקנים, שנבדלים זה מזה בשפתם ויוצרו כנראה בבתי יוצר שונים. (1) קנקנים שלהם צוואר גבוה, רכס בבסיס הצוואר ושפה מעובה (איור 17:7, 18); גופם חביתי בדרך כלל. קנקנים אלה נפוצים באתרי הצפון, כגון רמה ועוצה (שכבות VIIVIII), ותיארוכם למן שלהי המאה הד'–ראשית המאה הה' ועד המאה הו' לסה"נ. (2) קנקני בתה (איור 19:7, 20), שמוצאם בבית יוצר שנחשף בח' בתה, ולהם שפה מעובה שחתכה רבוע וצוואר נמוך וקעור, צר יותר מהשפה. קנקנים אלה עשויים באיכות טובה ומתוארכים למאות הה'–הו' לסה"נ. (3) קנקני עוצה 7 (איור 21:7–23), הדומים מאוד בצורתם לקנקני בתה אך קוטרם צר יותר ועיבוד שפתם ירוד. כן התגלו מכסי קנקנים, שלהם ידית דמוית כפתור (איור 24:7, 25), כמוהם התגלו בשכבות IXVIII בעוצה.
בשטח המבנה ועל משטח הסלע התגלתה כמות גדולה של רעפים (איור 26:7), המלמדים כנראה שהמבנה היה מקורה ואולי אף שהייתה בו קומה שנייה.
 
המבנה שנחשף באתר הוא חלק ממכלול נרחב, כנראה של מנזר, שנפגע בחלקו המערבי. על סמך הממצא הקרמי, לרבות הרעפים, ואריחי השיש נראה שהמבנה שימש למגורים. בחפירה נחשפה כמות גדולה של קנקנים שיוצרו בבית היוצר בח' בתה, המרוחקת אך קילומטרים אחדים מהאתר (אבשלום-גורני תשנ"ט:62–63). המנזר בחורבת מדרסה הוא מנזר כפרי טיפוסי, שהתקיים במאות הה'–הו' לסה"נ והיה קשור לפעילות חקלאית. אפשר שבמערת בית הבד שתועדה באתר יוצר שמן, וזה הועבר בקנקנים מהמנזר ליישוב המרכזי ששכן בח' בתה.