תקופת הברונזה התיכונה 2. בשכבת חול מעל הכורכר הטבעי בריבוע D6 (ב-L447; כ-3.2 מ' עומק מפני הרחוב) נמצאו קנקן ופכית המתוארכים לתקופת הברונזה התיכונה 2 (איור 2). חלקו העליון של הקנקן חסר. הפכית שלמה, מלבד קצה צווארה, והונחה בתוך הקנקן. זהו הממצא היחיד מתקופה זו שנתגלה מחוץ לשטח התל. מהשוואות לממצאים דומים עולה שהכלים שימשו לקבורת תינוק. העצמות לא השתמרו, ככל הנראה בשל פריכותן ובשל סוג העפר שבו נקברו.

 
התקופה ההלניסטית. שכבות מן התקופה ההלניסטית נתגלו ממזרח לתל יפו בכמה אתרים באזור שוק הפשפשים (פיילשטוקר ואחרים 2006; ארבל 2008; ברקן ובושנינו 2012Peilstöcker and Burke 2011), אך הממצא אינו מספיק לבירור התפשטות העיר בתקופה זו.
חרסים מן התקופה ההלניסטית נמצאו במרבית הריבועים שבהם העמיקה החפירה ל-2 מ' ומעלה, אם כי שכבות מובהקות מתקופה זו אותרו רק בשני מקומות: בעומק של כ-2.1 מ' בריבוע D4 (ב-L438) נמצא מצבור של פסולת ואפר ובו שברים של כלי אגירה וכלי שולחן מטיפוסים מקומיים ומיובאים (איור 3), ללא הקשר אדריכלי; בריבוע E7 נחשפו נדבך יסוד של קיר, הבנוי אבני גוויל מכורכר, ותשתית רצפת עפר וטיח הניגשת אליו (איור 4). כ-10 מ' מדרום לקיר אותר קבר שוחה חתום בעפר ובו חרסים הלניסטיים ורומיים.
בשטח A (איור 5) נמצאו ארבעה קברי שוחה. העצמות בשניים מהקברים (L124 ,L119) היו של בוגרים והשתמרו בארטיקולציה (איור 6). שני הקברים האחרים נפגעו, והעצמות שבהם נמצאו פזורות ובמצב השתמרות גרוע. הקברים דומים לקברים רבים מן התקופה ההלניסטית שנמצאו בגבעת אנדרומדה וברחוב יהודה הימית. בקרבת הקברים נמצאו קנקן רודי שלם, ידיות חתומות של קנקנים, בקבוק כישור תמים וחרסים נוספים מהתקופה ההלניסטית.
מדרום-מערב לקברים נמצאה מערה חצובה (L127) שכנראה שימשה לקבורה. פתחה נפגע כנראה סמוך לזמן השימוש בה. שלושה לוחות אבן שהועמדו זה לצד זה חסמו את הפתח (איור 7). חפירת המערה לא התאפשרה.
בקצה הדרומי-מערבי של השטח (L129 ,L128) נחשף חלל ממוטט וסתום במפולות עפר ובגושי סלע, אולי מערה נוספת בשימוש משני או מערה שנהרסה, על סמך החרסים שנאספו מהמפולת, בתקופות האסלאמית או הצלבנית.
 
התקופה הרומית. בשטח A נחשפו ארבעה קברי ארגז (L116 ,L114–L112), שדופנו וקורו באבני חוף (איור 8). רק באחד הקברים (L112) התאפשרה חפירה חלקית ונמצאו ארבעה בקבוקי זכוכית דמויי פמוט מהמאות הב' או הג' לסה"נ, שלושה מהם תמימים (איור 9). קברים רומיים ממגוון טיפוסים התגלו ממזרח לתל (ארבל 2008; Peilstöcker and Burke 2011:180) ומצפון-מזרח לו (יקואל 2012). חרסים מכמה שלבים של התקופה הרומית נמצאו בהצטברויות עפר בנקודות אחדות לאורך הרחוב, אך לא נמצאו שרידי בנייה. הממצא הכולל מהשטחים בשיפולי תל יפו מעיד על כך שהמרחב העירוני לא חרג בתקופה הרומית מגבולות התל, בניגוד לתקופות שלפניה ושלאחריה.
 
התקופה הביזנטית. בריבועים C6 ו-C7 נמצאו שרידי מבנה ועדות לפעילות כבשן המתוארכים לתקופה הביזנטית. מהמבנה שרדו שלושה קירות בנויים מאבני כורכר, שהשתמרו לגובה מרבי של שני נדבכים, ושימשו כנראה יסודות (איור 10). הקירות נבנו ללא חומרי מליטה וטיוח. הם מתחברים בפינות ישרות ונראה שתחמו לפחות ארבעה חדרים או מרחבים.
כ-5 מ' מצפון למבנה נמצא ריכוז של פסולת כבשן: שכבת סיד דקה (איור 11), שמעליה שכבת חמרה מעורבת בחול ובראשה ערמת אבנים שרופות. ערמת אבנים נוספת נמצאה מדרום לשכבת הסיד. הממצא משכבות אלה כלל סיגי תעשייה וחרסים מן התקופה הביזנטית.
בשטח Bw נחשף קטע של קיר הבנוי בחלקו מאבני כורכר גדולות ומהוקצעות, שכמותן לא נמצאו בשרידי בנייה אחרים לאורך הרחוב. הקיר תוארך לתקופות הביזנטית או האסלאמית הקדומה על סמך ממצא החרסים בשכבה הניגשת אליו, אך בשל החשיפה הצרה ההקשר הכרונולוגי של הקיר אינו ברור.
בחלק הדרומי של שטח Bw נחשפו שני קברי תיבה צמודים ומכוסים בלוחות כורכר או אבן חול (איור 12). הקבר המערבי נחצב בסלע הכורכר הטבעי ודופן בלוחות אבן. בתוכו היו עצמות שבדיקתן לא התאפשרה וחרסים שאינם קדומים למאה הה' לסה"נ; הקבר המזרחי לא נחפר. כאמור, קברים נוספים מהתקופה הביזנטית נחשפו בחפירות קודמות ברחוב (פיילשטוקר 1998; פיילשטוקר 2006). הופעת קבורה לצד מבנים ושרידי תעשייה מעידה על התמורות שעבר חלק זה של העיר במהלך התקופה הביזנטית. נראה שהקברים מייצגים שלב קדום יותר, הממשיך את מסורת הקבורה הרומית במקום, ואילו המבנים ושרידי הכבשן משתלבים בפעילות התעשייתית שהתפתחה בשלבים המאוחרים יותר של התקופה, המיוצגים גם הם בחפירות בשוק הפשפשים.
 
התקופה הצלבנית. בצד המערבי של הרחוב, לאורך הגבול המזרחי של שוק הפשפשים, נתגלו שני קטעים מחומת עיר המיוחסת לחידוש ביצורי יפו הצלבנית על ידי המלך הצרפתי לואי התשיעי באמצע המאה הי"ג לסה"נ (פיילשטוקר ואחרים 2006; ארבל 2008). קטע ביצור נוסף שבנה המלך נחשף ברחוב יהודה הימית, סמוך לנמל (הדד 2011). בחפירות השוק נמצאו רמזים לחפיר מתקופה זו בתוואי שכיום נמשך לאורך הרחוב. בריבוע B10 אותרה חציבה אנכית בסלע הטבעי. במילוי החולי שבה נמצאו חרסים, חלקם מהתקופה הצלבנית. רמזים לתעשיית קרמיקה מהתקופה הצלבנית התגלו בחלק הצפוני-מזרחי של שטח A, שם נמצאה לצד חרסים רבים גם פסולת ייצור.
 
התקופה העות'מאנית המאוחרת. עיקר הממצא מתקופה זו כלל שרידים של מערכות השקיה של פרדסי יפו, שנעקרו במהלך העיור המואץ במחצית הראשונה של המאה הכ'. ממצא דומה נתגלה בחפירות רבות שנערכו בין התל לבין שדרות ירושלים. האופי החקלאי של שכבה זו ברחוב רבי יהודה מרגוזה משתקף בממצא הקרמי, הכולל בעיקר כלים שימושיים מייצור מקומי ורק מעט כלי פורצלן או כלים דמויי פורצלן מאירופה, הנפוצים באתרים הקרובים יותר לעיר. חרסים עות'מאניים נמצאו בחלק מהריבועים עד לעומק של יותר משני מטרים, עדות למילוי מכוון שנועד למתן את השיפוע הטבעי לפני סלילת הרחוב המקורי. תופעה דומה זוהתה בחפירות נוספות ביפו מתקופה זו, כגון הקישלה ורחוב הצורפים (ארבל 2009; ארבל 2010).
בריבוע B2 נחשפה תעלת מים ששולבו בה שתי חוליות מלבניות מאבן גיר קשה, שלאורכן נקדח צינור גלילי (איורים 13, 14). חוליה דומה, שהשתייכה כנראה לאמה, שנבנתה בתחילת המאה הי"ט לסה"נ, ושהובילה מים ממעיינות כברי לעכו מוצגת במוזיאון ארץ ישראל בתל אביב; חוליות רבות נוספות נמצאו בחפירות בעכו. המשכה של תעלת המים נמצא אולי מעברו המערבי של הרחוב (שטח Bw), שם נחשפה פינה של תעלה בנויה מאבני חול ומטויחת ובה סבכת ברזל לסינון פסולת (איור 15). תעלת השקיה נוספת (L637; איור 16) נחשפה בחלק הדרומי-מערבי של הרחוב. ייתכן שמקור המים שלה היה באר הצמודה למבנה מהתקופה העות'מאנית ברחוב רבי יהודה מרגוזה 38 (מחוץ לגבולות החפירה). ועם זאת ייתכן שהבאר, על סמך ממדיה הקטנים, שימשה בית מגורים, כמקובל ביפו בתקופה זו, ללא קשר למערכות השקיה. מצפון לנקודה שבה פונה התעלה מזרחה התגלה משטח גס סלול מאבני בנייה בשימוש משני, ששימושו אינו ברור. מדרום לתעלה נחשף קיר יוצא דופן (W709; כ-19 מ' אורך, 2.15 מ' גובה) ששרדו ממנו 15 נדבכים של אבני כורכר מלוכדות בחומר מליטה אדום, חלקן בשימוש משני. רק הפן הצפוני של הקיר היה חשוף, הקיר שימש ככל הנראה תמיכה למבנה או למתחם שנבנו מאחוריו.
שרידי קיר (21 מ' אורך חשיפה), שתחם אולי חלקה חקלאית, נחשפו בשטחים B ו-C. קטעי קירות נוספים משלהי התקופה העות'מאנית התגלו ליד צומת הרחובות רבי יהודה מרגוזה ויפת.
החומה הצפונית של מתחם המופיע בתצלומי אוויר ממלחמת העולם הראשונה ניצבת סמוך לשטח D. החומה והשער שבמרכזה מיועדים לשימור וישולבו במבנה חדש המוקם בשטח שמאחוריהם. במזוזות השער קבועים בשימוש משני שני פסי רכבת מברזל הנושאים כתובות בערבית, שמצוינת בהן השנה 1907 (איורים 17, 18). הכתובות הן ברכת הסולטאן הטורקי לכבוד סיום הנחת קטע מסילה של הרכבת החיג'אזית (על פסי רכבת עם כתובות ותאריך דומים שנמצאו בארץ, ר' לבנוני תשס"ו). פסי הרכבת תועדו במהלך החפירה אך נעלמו במהלך עבודות הבנייה במתחם.
 
תקופת המנדט הבריטי. לכל אורך הכביש המודרני נחשפה תשתית הרחוב מתקופת המנדט, שכללה אבני גיר שבורות המונחות על צדן הצר (סולינג). התופעה מוכרת מרחובות רבים ביפו מתקופה זו, למשל במתחמי מגן אברהם ובן גמליאל שבקרבת שדרות ירושלים (ארבל וראוכברגר 2015; ראוכברגר 2015). במפה משנות השלושים של המאה הכ' מכונה הרחוב זוקאק אל-בוטמה (סמטת האלה), שם המרמז על ציר פחות רחב, שלאורכו צמחו עדיין עצים מגני יפו. עדויות נוספות לשלבים קודמים בהתפתחות הרחוב הן שכבת עפר מהודק ומחוזק באבני חצץ שנמצאה בריבועים אחדים ושורת אבני שפה (L200) שקטע ממנה (14.6 מ') שרד לאורך הגבול הצפוני-מערבי של שטח B (איור 19). על פני חלק מהאבנים שרידי צבע, עדות שהובאו לרחוב בשימוש משני. ייתכן שמקורן בחורבות של מבנים ערביים משלהי התקופה העות'מאנית או מראשית תקופת המנדט, שבקירותיהם נפוץ השימוש בצביעה כזאת.
 
בחפירה לאורך רחוב צפוי שהממצאים ישתייכו למגוון מכלולים ותקופות; כך גם ברחוב רבי יהודה מרגוזה. לפיכך אי אפשר לחבר סקירה כרונולוגית מסודרת אלא לסקור את האלמנטים שנמצאו בהקשרם המיידי בלבד, ולהוסיף הערכות המבוססות עליהם בהקשר הכללי של התמונה הארכיאולוגית ביפו. הקבורה מתקופת הברונזה התיכונה היא יחידה מסוגה עד כה בחלק זה של יפו, ואי אפשר לקבוע אם זוהי תופעה יחידה ומקרית או חלק ממערך קבורה שלא השתמר או שלא נחפר. למרות היעדר כמעט מוחלט של ארכיטקטורה, הממצא הקרמי ההלניסטי משקף פעילות או התיישבות סמוכה לרחוב, הנחה המתאימה לתמונת הממצא משוק הפשפשים. הקברים מהתקופה הרומית במערב הרחוב משתלבים בנקרופוליס שהתפתח סביב העיר, שחזרה והצטמצמה אז לגבולות התל. מערך קבורה כזה התקיים כנראה משלהי התקופה ההלניסטית ועד שלהי התקופה הביזנטית, אז התפשטה הבנייה מזרחה והגיעה עד לשטח הרחוב. דומה כי בתקופה הצלבנית נמשך תוואי הרחוב לאורך חפיר שעבר ממזרח לקו הביצור של המאה הי"ג לסה"נ. במאה הי"ט שולב שטח הרחוב במערך החקלאי הפורח של יפו, שחוסל עם הבנייה המואצת שחלה בתקופת המנדט, אז נסלל הרחוב לראשונה.