שכבה 8 (התקופה הפרסית). התגלו סימני החלקה במשטח סלע, ששימש בסיס לקיר, שרק סימנים ממנו השתמרו. הקיר פורק כנראה לצורך בניית מבנה בתקופה מאוחרת. בקרבת מקום התגלה מתקן עגול, שנבנה מאבנים שטוחות. התגלו שברי כלי חרס רבים מהמאות הה'–הד' לפסה"נ.

 
שכבה 7 (התקופה ההלניסטית; המאות הג'–הב' לפסה"נ). בכל שטח החפירה, ובעיקר בחלקו המזרחי, התגלו שרידי מבנים, שנבנו בשיטת בנייה פניקית, המשלבת אבני גוויל בינוניות עם אבנים שטוחות וארוכות הניצבות ביניהן. במזרח השטח התגלה מבנה צר, שנבנה בכיוון צפון-מזרח–דרום-מערב וחולק בקירות הפרדה לתאים צרים (איור 1). בקצה הדרומי של הקיר המערבי של המבנה התגלתה אבן סף. המבנה לא נחשף בשלמותו, וחלק מקירותיו ממשיכים מזרחה. אפשר שמבנה זה הוא מחסן. מתחת לרצפת המבנה ומעליה התגלו חרסים מהמחצית השנייה של המאה הב' לפסה"נ, ובהם קערות פניקיות רבות ושברים רבים של אמפורות. על חלק גדול מידיות האמפורות מוטבעת חותמת. על הרצפה באחד התאים התגלה ראש חץ.
 
שכבה 6 (המאה הא' לפסה"נ ועד למחצית הראשונה של המאה הא' לסה"נ). התגלו שרידים של כמה מבני מגורים, ובהם הובחנו כמה שלבי בנייה. רצפות המבנים במזרח השטח חותמות את קירות שכבה 7. המבנים נבנו במדורג במדרון, בבנייה טובה בכיוון מזרח–מערב (איור 2). במזרח שטח החפירה נחשף מבנה שהשתמר לגובה מרבי של 2 מ' (איור 3), שקירות האורך שלו נבנו היטב בכיוון צפון–דרום מאבני גזית ואילו בנייתם של קירות הרוחב מוקפדת פחות. בין הקירות במבנה שולבו שתי תעלות מים. בחפירת השכבה התגלה ממצא קרמי, הכולל נרות מקורצפים, שברי כלי אבן ושבר קלל, המאפיינים אוכלוסייה יהודית.
 
שכבה 5 (המחצית השנייה של המאה הא' לסה"נ עד למחצית הראשונה של המאה הב' לסה"נ). במבנה הגזית משכבה 6 נערכו שינויים. בחלקו הצפוני נבנו קירות רוחב מפרידים (איור 4), שיסודותיהם חודרים עד לסלע האם ותעלות היסוד שלהם חותכות את רצפת המבנה משכבה 6. בחלקו המערבי של המבנה נבנה קיר שצמצם כנראה את שטחו. אחת מתעלות המים נחסמה בחלקה הצפוני. השטח שבין מבנה הגזית למבנים אחרים במזרח השטח מולא במכוון באדמה מהודקת ובאבנים קטנות, כנראה בניסיון ליצור מעין חומה או מתרס להגנה על המבנים שבמזרח השטח. במילוי זה התגלו שברי כלי חרס מהמחצית השנייה של המאה הא' לסה"נ.
 
שכבה 4 (המחצית השנייה של המאה הב' לסה"נ והמאה הג' לסה"נ). במזרח השטח נחשפו שרידי קירות הניגשים לקירות מבנה הגזית משכבות 6 ו-5 ומחלקים אותו לתאים קטנים. בכל רחבי שטח החפירה נחשפו בדלי קירות, שאינם מצטרפים לתכנית ברורה.
 
שכבה 3 (המאות הד'–הה' לסה"נ). נחשפו כמה מכלולי מגורים. במזרח שטח החפירה נערכו שינויים במבנים מהשכבות הקדומות, ובהם תיקונים וחסימת פתחים בקירות והגבהת מפלסי הרצפות. בחלקים הדרומי והצפוני של השטח נחשפו קטעים ממבנים רחבי ידיים. רק בדרום-מערב השטח נחשף מבנה שלם, ובו חלוקה לחדרים. המבנה לא נחפר בשלמותו כיוון שקירותיו נמשכים אל מחוץ לשטח החפירה. בחפירת השכבה התגלו קערות מיובאות רבות מטיפוס LRC לצד כלים מקומיים. ראויים לציון נרות קדושים, המעוטרים בצלב או בפני אדם ומלמדים כי האוכלוסייה במקום השתנתה והיא נוצרית עתה.
 
שכבה 2 (המאה הו' עד לתחילת המאה הח' לסה"נ). המבנים משכבה 3 תוקנו והורחבו והמשיכו לשמש. במערב שטח החפירה נבנו מבנים חדשים. על חלק מרצפות המבנים התגלה רובד שרפה עבה (איור 5), ובו כלי חרס שלמים. חלק מקירות המבנים נוטים על צדם. נראה ששכבה 2 נחרבה בחורבן אלים, אולי ברעידת האדמה של שנת 749 לסה"נ.
                                                                                                            
שכבה 1 (שלהי המאה הי"א עד לראשית המאה הט"ו לסה"נ). השכבה נפגעה קשות מבנייתו של מפעל טמבור ונותרו בה שרידי בנייה מעטים. בדרום שטח החפירה התגלו כמה בדלי קירות, קטע מריצוף אבן, שהונח על קיר משכבה 3 (איור 6), ומתקן אבן עגול. בשכבה התגלו ממצאים רבים המעידים על אתר גדול ונרחב, שהתקיים לאורך זמן רב ובו אולי חלוקה לשלבי משנה. הממצא הקרמי כולל כלים למיצוי סוכר וכלי ייבוא מאיטליה מהמאה הי"ד לסה"נ.
 
הבנייה במרבית השכבות איכותית ומעידה שהאוכלוסייה במקום הייתה אמידה. הממצא הקטן שהתגלה בכל השכבות בחפירה מלמד על פרנסת תושבי האתר לאורך התקופות, והוא כולל אבני שחיקה ואבני טחינה רבות, ריחיים של חמור, ריחיים עגולות, ריחיים רבועות, מגל ברזל, משקולות נול, כפתורי פלך רבים וכלים למיצוי סוכר. בשכבות האתר התגלו כלי ייבוא רבים, כנראה בשל קרבתו לדרך המסחר הראשית לעכו. לדרך זו חשיבות רבה בתולדות האתר, בעיקר במעבר הצבא הרומי בדרכו מעכו לגליל.
כלי האבן שנחשפו בשכבה 6 מלמדים כי באתר ישבה במאה הא' לפסה"נ ובמאה הא' לסה"נ אוכלוסייה יהודית. בר"ג (תשמ"א) ואביעם (תשמ"ג) זיהו את היישוב כפרתא, הנזכר ברשימת ביצורי יוסף בן מתתיהו (חיי יוסף לב, 187–188), ככפר אתא. כפרתא נזכר כאחד הכפרים שבוצרו בהכנות למרד הגדול. מיקום האתר סמוך לדרך הרומית הראשית המובילה לעכו, שבה חנה אספסיינוס ערב המרד הגדול, מחזק השערה זו. ייתכן כי מילוי האדמה והאבנים משכבה 5 היה חלק מהביצור. בשכבה 5 ניכרים שינויים מעטים במבנים, ונראה שהיישוב המשיך להתקיים גם לאחר כיבוש אספסיינוס, בתקופה שבין המרידות. היישוב באתר ממשיך גם בשכבה 4, ימי דור אושה, שבהם ישבה הסנהדרין באושה, המרוחקת שלושה קילומטרים מהאתר. נרות הקדושים שהתגלו בשכבה 3 מעידים כי בתקופה הביזנטית, למן סוף המאה הד' לסה"נ, התחלפה האוכלוסייה באתר לאוכלוסייה נוצרית. החורבן בשכבה 2 מעיד שהיישוב התקיים ברצף עד שחרב בתחילת המאה הח' לסה"נ. נראה שגם בתקופה הצלבנית הייתה באתר אוכלוסייה נוצרית; האתר היה אז חלק מן העורף החקלאי של עכו. בחוזה שביתת נשק שנחתם בשנת 1283 בין הסולטן הממלוכי קלאון לבין הפרנקים (מסדר האבירים הטמפלרים) בעכו צוין שהיישוב כפרתא שבקרבת שפרעם ייוותר בתחומי שלטון הפרנקים. גם אחרי שעכו נותרה מעוזם האחרון של הצלבנים בארץ המשיך האתר להיות תחת חסותם, אם כי על סמך מיעוט הממצא הקרמי מהמאה הי"ג לסה"נ בחפירה נראה שהיישוב הצטמצם בתקופה זו. במאה הי"ד לסה"נ התרחב היישוב בחזרה, וכלי החרס הרבים המיובאים מאיטליה מעידים על השתתפותו במסחר. בשנת 1517 עבר היישוב כפרתא לידי האימפריה העות'מאנית. ברישומי מפקד קרקעות שנערך במחצית המאה הט"ז לסה"נ מכונה המקום כופרתא והיו בו כשישה בתי אב. בסוף המאה הט"ז לסה"נ עמד מניין בתי האב במקום על 15. במפת ז'קוטן משנת 1799 מצוין במקום היישוב Koufour Tai.