שכבה V (התקופה ההלניסטית, המאות הג'–הב' לפסה"נ). התקופה מיוצגת בריכוז נמוך של חרסים, בדרך כלל בתוך שכבות מאוחרות יותר. רק בתחתית בורות אחדים, בתוך קרקע אדמדמה השונה מהעפר הכהה יותר שמעליה, ושהממצא ממנו מאוחר יותר (ר' שכבה III), נמצא ריכוז נקי של חרסים מהתקופה ההלניסטית. נמצאו שברי קנקנים, סירי בישול, קערות מקומיות וקערות מיובאות, לחלקן חיפוי שחור או אדום. בין שברי האמפורות המיובאות גם ידיות אחדות שעליהן טביעות חותם.

 
שכבה IV (התקופה הביזנטית, המאות הה'–הז' לסה"נ). בשטחים Cb ו-E נחשפו בעומק 1.7 מ' מפני הרחוב שרידי מתקן תעשייתי גדול למיצוי נוזלים. המתקן נחשף חלקית. נחשפו חלקי עשרה משטחים מרוצפים בפסיפס תעשייתי לבן המופרדים זה מזה במחיצות מטויחות. הגישה אל המתקן הייתה באמצעות מדרגות אחדות שנקבעו בקיר התוחם המערבי ויורדות מפני השטח אל אחד המשטחים (איור 2). לפחות שלושה מהמשטחים התחברו באמצעות נקבים שבהם שולבו גלילי חרס לבורות איגום מעוגלים ומטויחים בטיח ורדרד, ההולכים וצרים כלפי מטה (1 מ' קוטר ראשי הבורות, 0.55 מ' קוטר תחתיתם, כ-0.8 מ' עומק; איור 3). מהבורות אין חיבור אל בורות אחרים, כך שהיותם בורות איגום אינו מוטל בספק. ממדיהם קטנים בהרבה מאלו של בורות איגום בגתות תעשייתיות ליין ולכן נראה שהמתקן שימש לייצור נוזלים מסוגים אחרים. בחלק ממשטחי הפסיפס ניכרים תיקונים ושיפוצים, ככל הנראה מזמן הפעילות המקורית של המתקן, ללא פערי זמן משמעותיים או שינויי תכלית ותפקוד (איור 4). על פי הממצא הקרמי בשכבה שלתוכה נחפר המתקן ובהצטברויות העפר שמעליו הוא נבנה בתקופה הביזנטית ויצא משימוש בתקופה האסלאמית הקדומה, אם כי ייתכן שהמשיך לשמש זמן מה גם במהלכה. למתקן לא נמצאו עד כה מקבילות ולא ניתן לקבוע בשלב זה של המחקר את סוג הנוזלים שיוצרו בו.
 
שכבה III (התקופה האסלאמית הקדומה–התקופה הצלבנית, המאות הח'–הי"ג לסה"נ). לא נחשפו מבנים או מתקנים, אבל שברי כלי חרס וזכוכית המתוארכים לתקופות אלה נמצאו בכל הריבועים שבהם העמיקה החפירה מתחת לשכבה העות'מאנית (שכבה II). רוב החרסים הם של קנקני אגירה ומיעוטם של סירי בישול. קערות, כלי הגשה, נרות וכלים מיובאים כמעט ואינם מיוצגים. העפר הכהה והדחוס שבו נמצאו החרסים מאפשר עיבוד חקלאי וטיפוסי הכלים שנמצאו מאפיינים מכלולי שדה, שתפוצת שימושם בעבודה חקלאית מחוץ ליישוב (איור 5). עיקר הכלים מהשלבים המאוחרים של התקופה האסלאמית הקדומה (המאות הי'–הי"א לסה"נ), אם כי מיוצגים גם חרסים צלבניים מעטים מכלים מיובאים. ייתכן שחלק מטיפוסי כלי האגירה המשיך לשמש גם בתקופה זו. 
 
שכבה II (התקופה העות'מאנית, המאות הי"ט–הכ' לסה"נ). חרסים מתקופה זו נמצאו במפלסים הגבוהים בכל רחובות המתחם, אך שרידי בנייה של ממש נמצאו רק בשטחים X ,A ו-XW. השרידים נחשפו מתחת לריצוף הרחוב ושכבת האספלט של הכביש.
בשטחים XW, X נחשף מכלול של בית באר שבו חדרים אחדים ובאר גדולה (L16, עומק 6.5 מ', כעומק פני הים מנקודה זו; איור 6). ביפו ובדרום תל אביב יש בתי באר במגוון רמות השתמרות אך זהו המכלול השלם ביותר שנחשף בחפירה ארכיאולוגית באזור זה. הבאר ומבנים המיוחסים לה נחשפו בשטח X, בחלק המזרחי של השדרה. הבאר, שדופנותיה צופו באבנים מסותתות, נחפרה רק בחלקה. מצפון וצמוד לבאר נחשף חדר (L41) ובו שרידי מסד למנוע שהחליף בשלהי המאה הי"ט או בתחילת המאה הכ' לסה"נ את מתקן האנטיליה המקורי. שברי כלי חרס גדולים ששימשו לשאיבה באמצעות מתקן אנטיליה נמצאו פזורים סביב המבנים (Ayalon 2000:216–220; Kark 1990:239–245, 1998:534–535). מהבאר הסתעפו תעלות מטויחות שהובילו מים למאגרים, שלא נחשפו, או לחלקות החקלאיות.
החדרים סביב הבאר נבנו באבני כורכר מעובדות, מחוזקות בחומר מלכד אדמדם ודחוס וחלקם נסמכו על קשתות יסוד. שיטת בנייה זו מאפיינת את התקופה העות'מאנית המאוחרת ביפו. על חלק מהקירות שרד טיח. השתכבות רצפות טיח והיחס בין הקירות מעידים כי במכלול לפחות שני שלבי בנייה ואולי אף שלושה.
בחלק המערבי של המכלול (שטח XW) מבנה גדול (L76; איור 7) מרוצף אריחי אבן, שפינותיו עבות ואולי נשאו קמרונות. רמת הבנייה וההשתמרות שלו הן הגבוהות במכלול. מבנה דומה מאוד מופיע באיור אמנותי שצויר מהמושבה האמריקנית בשנות ה-60 של המאה הי"ט ומתאר בית באר ואת פרדסי יפו. מצפון למבנה ולבאר נחשפו מבנים אחדים שאולי שימשו מחסנים.
מצפון-מזרח לבית הבאר, בשטח A, נתגלה קטע מתעלת השקיה חקלאית (L115, כ-16 מ' אורך; איורים 8, 9) שנבנתה באבני כורכר מלוכדות בחומר מליטה אדום; בחלקה העליון קטעי טיח לבן ששרדו מרצפתה. התעלה בנויה היטב בתוואי ישר ומדויק. בקצה המזרחי שלה פיצול שהזרים מים לערוגות שנחפרו בין החלקות. זהו הקטע הארוך ביותר של תעלת השקיה שנחשף עד כה במטעי יפו העות'מאנית, אך בשל מגבלות החפירה בעיר הוא אינו ממחיש את עצמת התופעה. דוגמה לכך הן תעלות מסוג זה שנחפרו בשטח פתוח ליד נס ציונה (גולן 2015), שנמתחו לאורך כ-80 מ', עם פיצולי ויסות בנקודות אחדות.
 
שכבה I (תקופת המנדט, עד שנות ה-50). בשלב זה נעשו בבית הבאר שינויים רבים. המנוע שולב בבאר ככל הנראה בשנים הראשונות של תקופת המנדט או בשנים שחתמו את התקופה העות'מאנית. משטח אלכסוני דמוי מגלש הותקן בין רצפת החדר הצפוני הצמוד לבאר (L41) לבין הדופן הצפונית שלה. לצורך שילוב המשטח הוסרו אבני הכורכר שבדופן המקורית ועם התקנתו נסתם הפער בבטון. אין עדויות לשימוש בחלקים אחרים של בית הבאר בשלב זה וייתכן שמלבד הבאר עצמה ננטש המכלול. סביר להניח שחלק ממבני בית הבאר נותרו על מכונם, גם אם ללא שימוש, עד לתנופת הבנייה שלאחר קום מדינת ישראל, שבמהלכה נסלל הרחוב ונבנו בניינים לאורכו. פיתוח זה ממשיך מגמה שתחילתה בתקופת המנדט; רחוב יהודה הימית הסמוך הוא רחוב מנדטורי מובהק. תנופת הפיתוח ביטלה את פעולת הבאר והרסה את הבניינים הנטושים עד ליסודותיהם. ההריסה בוצעה בכלים מכניים וחלקים מהקירות הושלכו אל תוך הבאר עצמה. בין הפריטים שסתמו את הבאר נמצא אגן מתומן של מזרקה שככל הנראה הוצבה בחצר כלשהי בקרבת מקום (איור 10). אגן דומה, בנוי אבני כורכר ומלט, נמצא בחפירות רחוב מפרץ שלמה (ארבל, חאטר ויחיאלוב 2012) ומיוחס למזרקה של בית מרחץ עות'מאני שעמד במקום במאה הי"ט. האגן בשדרות אבוטבול הותקן מבטון מחוזק בצדפים, האופייני לבנייה בתקופת המנדט.
 
בשטחים F ,E ,D ,Cb ,Ca ,B נחשפו בעומק של 0.4–0.6 מ' תחת האספלט המודרני תשתיות של דרכים בנויות משכבה עליונה של עפר כבוש מעורב בסיד ותחתיה שכבות של גיר כתוש ועפר מהודק שנסללו עם התפשטות המרחב העירוני של יפו אל השטחים החקלאיים. על גבי דרכים אלו נסללו במהלך התקופה כבישים בשיטת הסולינג ששימשה לסלילת כבישים ממצע של אבנים שבורות (איור 11). רחובות אלה מופיעים במפות מתקופת המנדט. בחלק הצפוני-מערבי של שטח F התגלו אבני השפה של הרחוב תחת אבני השפה המודרניות (איור 12). פרט נוסף של תשתיות מתקופת המנדט הם מכסי ביוב מקוריים עשויים ברזל, הנושאים כתובות של עיריית יפו דאז באנגלית ובערבית. שני מכסים מסוג זה נשמרו באתרם בכביש המודרני בשטח B (איור 13) אך הוחלפו במהלך פיתוח הכביש לאחר החפירה. מכסים דומים נותרו עד לאחרונה ברחובות נוספים ביפו – השמור בהם ברחוב דרור, סמוך לצומת רחוב יהודה מרגוזה – אך הוסרו ונעלמו בנסיבות דומות. כמו כן נחשפו בורות סיד אמורפיים מתקופה זו, שסיפקו חומר בנייה להקמת המבנים הסמוכים ומולאו בפסולת ובעפר לקראת סלילת הרחוב. בשטח D צפיפות רבה במיוחד של בורות סיד. במרבית הרחובות נמצאו אבני כורכר מסותתות בתפזורת לצד פסולת שזמנה למן תקופת המנדט ועד לשנות החמישים. אבני הבנייה נפלו כנראה מחורבות מבנים משלהי התקופה העות'מאנית בטרם נסללו הרחובות והוקמו הבניינים החדשים.
 
מחפירות מתחם מגן אברהם, וכן מחפירות שנערכו בשנים האחרונות ברחוב יהודה הימית שמדרום לו ומהחפירות הנוכחיות במתחם בן גמליאל שמצפון לו (הרשאה מס' 7071-A) עולה שאזורים אלה מעולם לא היו חלק מהעיר יפו אלא שימשו לעיבוד חקלאי וכללו גם חוות, בתי באר ומתקנים לעיבוד תוצרת. כך כבר בתקופה ההלניסטית, אם כי בהיקף לא ברור. אחרי פער בתקופה הרומית, שממנה כמעט ואין ממצא בחלק זה של העיר המודרנית, חודש בתקופה הביזנטית הניצול החקלאי של השטח. המתקן התעשייתי עמד ככל הנראה בלב אזור מעובד בצפיפות, בין השאר בגידולים, שאינם ברורים בשלב זה, שמהם הופקו בו תוצריו. גילוי גתות תעשייתיות במתחם שוק הפשפשים (פיילשטוקר, ראם, הדד וגנדלמן 2006) הבהיר שבסביבות יפו היו גם כרמים בתקופות אלה. ההערכה כעת היא שעובד במרחב גם פרי אחר, ובכמות שמצדיקה תעשיית מיצוי ועיבוד. המתקן שיצא משימוש והממצא הקרמי הרב ללא הקשר ארכיטקטוני מעידים כי אופי המתחם החקלאי וכנראה גם הגידולים שבו השתנו בין התקופה האסלאמית לימי הביניים. בתקופה העות'מאנית היה מתחם מגן אברהם חלק ממרחב הפרדסים רב המוניטין של יפו. הפרדסים ניזונו מרשת תעלות מסועפת; ויסות המים והפיקוח נעשו מבתי באר הפזורים ביניהם, כמו בית הבאר שנחשף במתחם. המערך הזה נמחק בהדרגה בתקופת המנדט עם התפשטות המרחב העירוני, ונעלם כמעט כליל בתנופת הבנייה ביפו המתרחבת שלאחר מלחמת העצמאות.