שטח A. בחלק המרכזי והגבוה של האתר הובחן טרם החפירה מבנה מלבני גדול בולט בפני השטח. בחפירות בדיקה שנערכו בשנים 2009 ו-2011 התברר כי זהו בית חווה מבוצר או חאן דרכים מהתקופה הביזנטית. ניתן לחלק את השטח לשני חלקים: המבנה הביזנטי הגדול והשטח מסביב לו (איור 3).

בחפירת החצר הגדולה התברר כי סלע האם קרוב לפני השטח, לעתים ממש חשוף, ולעתים 0.3–0.7 מ' ס"מ מפני השטח. כל שכבת יישוב נבנתה הישר על הסלע ומחקה את מרבית השרידים מהתקופות שקדמו לה. בכל ריבוע חפירה השתמרו נתונים על אודות שניים או שלושה שלבי יישוב, וסיכום הנתונים מכל ריבועי החפירה מאפשר להצביע על ההצטברות בשטח A. בהעדר מניין סופי לשכבות הן נמנות כאן באותיות, מלמטה למעלה:
א. סלע אם.
ב. ברונזה תיכונה 2: שכבת אדמה עם חרסים גדולים ולא שחוקים שנמצאה בקטע קטן בלבד. לא נמצאו שרידי ארכיטקטורה.
ג. תקופת הברזל: שרידי קירות וחרסים של עיר בעלת חומת סוגרים ושני שערים.
ד. התקופה הפרסית המאוחרת–ההלניסטית הקדומה: שימוש משני בכמה קירות של תקופת הברזל, בנייה של קירות אבן קצרים וממגורה.
ה. יסודות של קירות הבנויים בניית גזית, חלקה התחתון של ממגורה ומקווה חצוב בסלע אם ומטויח. אלו מתוארכים לשלהי תקופת הבית השני על סמך ספל אבן גיר רך האופייני לתקופה זו שנמצא בשנת 2011. לא נמצאו מפלסי הרצפות, אלה הוסרו בפעילות בנייה מאוחרת.
ו. שלב ביזנטי קדום שבו נבנה המבנה. שלב זה נהרס כנראה ברעידת אדמה, על סמך ריכוזים גדולים של אבנים שנמצאו בעיקר בחלק המערבי של השטח.
ז. שלב ביזנטי נוסף של תיקון, כנראה לאחר רעידת אדמה. 
ח. שני מבנים העומדים חשופים בפני השטח ונראה שיש לתארכם לתקופה העות'מאנית.
ט. מגוון פעילויות מאוחרות: יציקת מסגרת בטון סביב בור מים בימי המנדט הבריטי, חפירה של שלושה חדרים במבנה הביזנטי (על ידי תושבים מקומיים, שוד עתיקות?), ומגוון חפצי מתכת מאמצע המאה הכ'.
בשטח שמדרום למבנה הביזנטי הובחנו שרידי בנייה משתי תקופות:
1. על סלע האם נמצא קיר עבה (כ-30 מ' אורך; איור 4), הקצה הדרומי של בניין מרובע גדול מאוד (כ-900 מ"ר). מיקום הבניין בנקודה הגבוהה באתר מאפשר תצפית טובה על חלקים גדולים של העיר, על עמק האלה, על הרי יהודה ממזרח ועל השפלה ומישור החוף ממערב. ברור שזהו המבנה המרכזי של האתר, ארמון או בית מושל. תיארוך הקיר מסתמך על רצפות שניגשו אליו מצפון ומדרום שעליהן נמצאו כלי חרס האופייניים לעיר מתקופת הברזל, ובהם פכית שחורה (הרביעית שנמצאה באתר).
2. בתקופה הפרסית המאוחרת–ההלניסטית הקדומה נבנו קירות נוספים וממגורה צמוד למבנה ולעתים בתוכו.
 
שטח C. בשטח החפירה העיקרי, בחלקו הדרומי של האתר, נחשפו בעונות החפירה הקודמות שער, רחבת שער, ארבעה מבנים גדולים ממזרח לשער, וחלק ממבנה נוסף ממערב לרחבת השער. המבנה הראשון ממערב לרחבת השער (בניין 10C) מעניין במיוחד, שכן באחד מחדריו נמצאו בעונת 2011 עדויות לפולחן, שכללו שני דגמי מקדשים, אחד מחרס (איור 1:5) והשני מאבן (איור 2:5). מטרת החפירות בעונה הנוכחית הייתה לחשוף את המבנה בשלמותו. לפיכך נפתחו תשעה ריבועי חפירה ממערב לרחבת השער (איור 6). בשטח המערבי של שטח C חומת הסוגרים במצב השתמרות טוב יותר מבכל שאר חלקי האתר, והיא מתנשאת לעתים לגובה של כ-3 מ' (איור 7). לאורך שלושת הסוגרים הראשונים ממערב לשער נחשפה במלואה רחבת שער (איור 8).  
למבנה 10C שני אגפים ברורים. בעונת 2012 הושלמה חפירת האגף המזרחי שרובו נחפר כבר בעונת 2011. חצר האגף מצטיינת בשכבת חורבן עשירה וריכוז של כלי חרס שבורים בפינה הדרומית-מזרחית. כאן נמצאו שני חותמות טביעה מאבן. באגף המערבי חדרים אחדים, עמודי אבן, ספסל, ומגוון מתקנים (איור 9). נתגלו כלי פולחן אחדים המצטרפים למכלול שנחשף בעונת 2011. המבנים חרבו בפתאומיות כפי שמעידים עשרות כלי חרס, כלי אבן, ומגוון ממצאים שנמצאו מונחים על רצפות החדרים (איור 10). באחד החדרים נתגלה קנקן מלא אפר ובתוכו כ-20 חרצני זיתים שרופים. ההקשר החתום שבו נמצא ריכוז החרצנים יאפשר לקבוע בוודאות את תאריך החורבן של העיר מתקופת הברזל.
ממערב לבניין C10 נחשף בשלמותו מבנה נוסף, C11, שכלל כניסה מפוארת במיוחד, המודגשת בסף אבן גדול ושתי מדרגות. למבנה שלושה מרחבים: חדר כניסה קטן, מרחב גדול במיוחד, וסוגר חומה. נתגלו ממצאים רבים שכללו שפע של כלי חרס לרפאות, כלי אבן, ואמבט גדול מאבן גיר רכה. כן נמצאו שברים של כתובת באותיות כנעניות, שנחרטו על כלי חרס לפני הצריפה. 
 
שטח F. שטח חפירה חדש בחלקו הצפוני של האתר (איור 11). מטרת החפירה הייתה למצוא את הנקודה בחומת העיר שבה פתחי הסוגרים משנים את מיקומם בסוגר. באתר שני שערים, ובחומת הסוגרים פתחי הסוגרים נבנו תמיד בפינה הרחוקה מהשער. פתחי הסוגרים הצמודים לשער הדרומי נמצאים תמיד בפינה הרחוקה מהשער, וכך גם בשער המערבי, ולפיכך ברור שלאורך החומה שתי נקודות, בצפון ובדרום, שבהן כיוון הפתחים משתנה. נקודה זו אכן נמצאה בשטח F ונמצאו שני סוגרים שפתחיהם צמודים זה לזה. במהלך החיפושים אחר נקודת המפגש של פתחי הסוגרים נחפרו תשעה ריבועים צמוד לחומה (45 מ' אורך).
צמוד לנקודת המפגש של פתחי הסוגרים נמצא בית עמודים המחולק לשלושה מרחבי אורך, כמקובל במבני עמודים של תקופת הברזל (איור 12). חלק מרצפת המבנה מדופן בלוחות אבן. נחפר רק חלקו הצפוני של המבנה, ותידרש עונה נוספת לשם חשיפת המבנה בשלמותו. המבנה נבנה בתקופת הברזל והיה בשימוש גם בתקופה הפרסית המאוחרת–ההלניסטית הקדומה.
בשני ריבועים בחלקו המזרחי של שטח F נמצא חלק ממבנה המתוארך על סמך כלי החרס והמטבעות לתקופה החשמונאית, תקופה שלא הייתה מוכרת עד כה בח' קיאפה.
 
שטח W. השטח על המדרון המערבי של האתר, כ-100 מ' ממערב לעיר המבוצרת של תקופת הברזל 2א. לפני שנים אחדות מצא א' דוידוביץ על פני השטח ידית עם טביעת ורדה, האופיינית לשלהי תקופת בית ראשון, מסוף המאה הז' ותחילת המאה הו' לפסה"נ. בחפירת בדיקה מצומצמת בעונה זו נחשף קטע ממבנה מסיבי, שקירותיו עבים במיוחד (איור 13). מעט ממצאים שנאספו בחפירה מאשרים את תאריך המבנה לשלהי תקופת בית ראשון, תקופה שאינה מיוצגת בשטח המבוצר של ח' קיאפה.
 
בעונת 2012 הובהרו היבטים ציבוריים ומנהליים בח' קיאפה:
1. מבנה גדול בשטח A שבראש האתר, שצדו הדרומי נמשך לאורך של כ-30 מ'. זהו המיקום הטוב ביותר באתר, שממנו תצפית טובה על העיר התחתית של ח' קיאפה, על עמק האלה, על הרי יהודה במזרח ועל השפלה הנמוכה ומישור החוף במערב. זהו ללא ספק ארמון המושל, בדומה למבנה המרכזי של תקופת הברזל במרכז תל לכיש.
2. מבנה מחסנים בן שלושה מרחבים בשטח F. למבנה שני טורים של עמודי אבן גדולים, היוצרים מעבר מרכזי, בדומה למבנים דומים שנתגלו באתרי תקופת הברזל תל הדר, חצור, ובאר שבע. למבנה ריצוף אבן במרחב המרכזי והמערבי.
3. חשיפה מלאה של רחבת השער הדרומי, לאורך כ-20 מ'. הרחבה תחומה מצפון בקיר מסיבי, וברור שזהו מחסום נוסף בכניסה לעיר. מסתבר שהיו אנשים שהיו מורשים להיכנס לתוך הרחבה, אבל לא היו מורשים להיכנס לתוך פנים העיר. הרחבה שימשה למגוון פעילויות, ויכלה לשמש מקום התרכזות של ציבור גדול לצורכי פולחן, סמוך לחדר הפולחני, שבו נמצאו שני דגמי מקדשים.
4. שני חותמות טביעה נמצאו במבנה C10. בכל עונות החפירה הקודמות שבהן נחשפו שטחים גדולים במיוחד, נמצא באתר רק חותם אחד. עתה גדלה קבוצה החותמות לשלושה פריטים, והיא מדגישה את הצד המנהלי של האתר, ואת תפקידו המיוחד של המבנה הצמוד לשער, הקושר בין מִנהל לפולחן.
5. חשיפה של כתובות נוספות מעידה כי האוסטרקון שנחשף בשנת 2008 אינו ממצא מקרי, וכי נמצאו באתר אנשים שידעו את מלאכת הכתיבה והקריאה.