בחודשים יוני 2004 ואפריל 2005 נערכה חפירת הצלה לפני ביצוע עבודות פיתוח במגרש פרטי ברחוב מפרץ שלמה 5 ביפו (הרשאות מס' 4175-A* ו-4430-A*; נ"צ — רי"ח 17680-3/66251-3; רי"י 12680-3/16251-3). החפירה, מטעם רשות העתיקות, ובמימון מר מ' דדש, נוהלה על ידי צ' קניאס ומ' פיילשטוקר (2004) ומ' פיילשטוקר (2005) בעזרת מ' עג'מי (ארכיאולוג מחוז תל אביב), ש' יעקב-ג'ם (מנהלה), ו' פירסקי (מדידות) ומ' שויסקיה-ארנוב (ציור).
שטח החפירה נמצא על המדרון הצפוני של תל יפו שלא נחקר בפירוט; בעבר נערכה חפירה קטנה על ידי י' קפלן בבניין בית החרושת לסבון לשעבר הנמצא כ-200 מ' מצפון לחפירה הנוכחית. שלוש עונות חפירה נערכו על ידי מחלקת העתיקות ב-1948 ו-1949 ואוניברסיטת לידס ב-1952 בשטח שמול לכנסיית סט' פטרס, כ-150 מ' דרומית-מערבית לחפירה. השרידים מכל העונות תוארכו כמעט לכל התקופות למן תקופת הברונזה התיכונה ועד לתקופה העות'מאנית.
שטח החפירה הנוכחית היה בנוי בצפיפות עד 1948. בתים עמדו סמוכים זה לזה על גבי טרסות, שהיו מחוברות ברחובות צרים. בעקבות נטישת חלק זה של העיר, עמדו הבתים החרבים עד לשנות השישים, אז החליטה עיריית תל אביב-יפו לנקות את השטח ולהקים בו גן ציבורי – גן המדרון.
נפתחו שלושה ריבועים (C–E) לאחר שהוסרה שכבה עבה של מפולות מודרניות שכיסתה את האתר (איור 1). ריבועים D ו-E העלו שרידים של מבנה כמעט רבוע בעל קמרון (לוקוס 220). קירותיו (W10–14), שהיו מטויחים משני צדיהם, השתמרו במקומות אחדים עד לתקרה שקרסה לתוך החדר. הכניסה לחדר היתה דרך פתח (1 מ' רוחב) במערב. שרידי רצפה על גבי חלקים מקיר 14 מצביעים על קיומה של קומה שנייה שהכניסה אליה היתה, ככל הנראה, גבוה יותר על המדרון. רצפת האבן המטויחת נוקתה רק בבדיקה שנעשתה סמוך לפתח (לוקוס 208). ממערב לכניסה היתה חצר פתוחה ולה רצפת אבן מטויחת שנתחמה בקירות W15–17. הכניסה לחצר היתה מסמטה (לוקוס 205) שנמשכה לאורך הקיר הצפוני של המבנה (W10) ושל החצר (W15). בשלב מאוחר נחסמה הכניסה ולא ברור אם היתה כניסה אחרת למבנה, ייתכן שהחדר יצא מכלל שימוש. הקיר המערבי של החצר (W16) הפריד אותה מהיחידה הסמוכה שלא נחפרה, למעט קטע מקיר W18. הסמטה (לוקוס 205) היתה גם היא מרוצפת אבן ומטויחת; היא ירדה מערבה בארבע מדרגות.
כדי לקבל מידע על תאריך המבנה ושלביו נערכו שתי בדיקות. הבדיקה הראשונה נעשתה ברצפת האבן המטויחת של הסמטה (לוקוס 216). מתחת לרצפה נמצאו שרידים של שתי שכבות טיח אפור שהיו כנראה שכבות חיים קדומות. בעומק של 0.5 מ' במרכז הסמטה נמצאה תעלת ניקוז בנויה אבן (לוקוס 224) שכיוונה מזרח–מערב. בתוך התעלה ותחת מפולות אבני הכיסוי שלה נמצאה קרמיקה עות'מאנית ומצביעה על כך שהתעלה יצאה מכלל שימוש לפני החורבן של מבנה 220. העבודה נעצרה בעומק 19.54 מ' מסיבות בטיחות. הבדיקה השנייה נעשתה בכניסה למבנה 220. רצפת העפר הכבוש המאוחרת ביותר של החצר (לוקוס 207) נחשפה בשטח קטן (1.5 × 2.5מ'). בעומק 0.25 מ' נמצא ריצוף אבן (לוקוס 215) מכוסה בחלקו בטיח אפור. נראה כי זה היה הריצוף המקורי של החצר. מניקוי החלק המזרחי עולה כי מבנה 220 נבנה על גבי יסוד בעל קמרון (איור 1, חתך 1-1) – טכניקה מוכרת מאוד בארכיטקטורה של יפו העות'מאנית. שכבת המילוי מתחת לריצוף 215 היתה של אדמה חומה שהכילה קרמיקה עות'מאנית ומקטרות טבק. בפינה הדרומית-מזרחית של הבדיקה התגלה חלק מבור מעוגל (לוקוס 221) שהיה מלא בחול, לבנים ושברי חרסים מהתקופות ההלניסטית והביזנטית. לחרסים היו שוליים מוחלקים המצביעים על כך שהיו מונחים במים זורמים ורק מאוחר הועברו לבור. לא נמצא בבור ממצא שעשוי להסביר את תפקידו. החפירה מתחת לתחתית הבור העלתה שכבת אדמה חומה–אפורה (לוקוס 223) שהכילה חרסים מתקופת הברזל וקדומים יותר (איור 2: קערות [1, 2]; קדרה [3]; סירי בישול [4, 5]; קנקנים [6, 7] ופך [8]). החפירה הופסקה מסיבות בטיחות בעומק 20.05 מ'.
הקרמיקה שהתגלתה מתחת לרצפות של מבנה 220, החצר והסמטה תוארכה לתקופה העות'מאנית המאוחרת (איור 2: קנקנים [9, 10]; זרבובית [11]; ומקטרת חרס [12]). נראה שהמבנה היה אחד מרבים שהוקמו על טרסות צרות לאורך המדרון. ההופעה האקראית של קרמיקה צלבנית עשויה לרמוז על ראשית קדומה הרבה יותר של המבנה. השימוש ביסודות בעלי קמרון והקרמיקה מתחת לרצפה הקדומה ביותר של המבנה מתארכים אותו למאות הי"ח או הי"ט לסה"נ. לקרמיקה מתקופת הברזל מלוקוס 223 יש חשיבות רבה. אף שהבדיקה היתה מוגבלת בשטחה ולא הובחנו שרידים אדריכליים, נראה שהמדרון היה מיושב כבר בתקופה זו. המכלול הקרמי רומז לשימוש ביתי. כמות החרסים מצביעה על שכבת יישוב ולא על חומר שנשטף מחלקו העליון של התל. על פי ממצאי החפירה ושכבות היישוב מתקופת הברזל שהתגלו לאחרונה בחפירות במנזר הארמני ובשטח כיכר השעון, יש לבחון מחדש את ההתרחבות של יפו לעבר הים ולצפון-מערב.